两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

------------------------------------------ 安装fastqc--------------------------------------------------- 1)下载:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html 2) ------------------------------------------ 安装tophat------------------------…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

Seq简介 Seq是老外开发的一个针对.NET平台非常友好的日志服务.支持容器部署,提供一个单用户免费的开发版本. 官网:https://datalust.co/seq 使用文档:https://docs.datalust.co/docs Seq主体功能如下所示: 支持主流的编程语言,尤其对.NET非常友好 丰富的事件格式 以结构化形式记录上文信息与应用程序事件,支持消息模板将文本数据与结构话数据无缝连接.下图中所有属性都是由使用者自定义的. 支持筛选语法和SQL查询,非常简单和灵活 多种查询方…

上一次我们介绍并演示了如果使用 Consul 做为我们微服务的注册中心,来实现服务的注册与发现.那么本次我们讲会演示如何做日志聚合.日志聚合比较常用的有 ELK 等,但是这次我想要介绍的是一款比较小众的日志聚合工具 - Seq . 日志聚合 日志是我们写程序离不开的一个东西.在我们排查问题的时候日志就是我们的救命稻草.我们的每个服务都在不停的生产日志.但是实施微服务后,如果按照传统的写本地文件的日志方案,显然会面临跟修改配置一样麻烦的境地.不同的日志分散在各个服务器.容器内,这种情况下查日志简直…

文献:Sahraeian S M E, Mohiyuddin M, Sebra R, et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):59. 这是一篇在NC上发表的使用RNAseq工具对比的一篇文献,解读这篇文献对我们使用RNAseq…

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA…

这么多工具和基因组版本,选择困难症犯了,到底用哪个好呢? 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 2017 Molecular Cell - Single-Cell Alternative Splicing Analysis with Expedition Reveals Splicing Dyn…

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea…

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装: tophat-fusion 是集成在tophat软件中的,具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法: 对于tophat-fusion 而言,要求固定的目录结构,比如我在result 文件夹下进行tophat-fusion的分析 那么我需要在该目录下准备几个文件: 1)物种对应的re…

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build,bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2,bowtie2-build,bowtie2-inspect,默认会找bowtie2      bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件      bowtie2-build建index,运行结果得到一些.bt…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas…

一.安装Erlang 1.rabbitMQ是基于erlang的,所以首先必须配置erlang环境. 从erlang官网下载 otp 18.3.下载链接:http://erlang.org/download/otp_src_18.3.tar.gz linux 可以使用wget http://erlang.org/download/otp_src_18.3.tar.gz 下载 2.解压并配置,编译,安装过程 # tar zvxf otp_src_18..tar.gz # mv otp_src_18.…

Redis-Cluster实战--.使用redis-cli安装 博客分类: redis 缓存 redis-cluster redisCluster指派槽cluster-infomeetslots 转载请注明出处哈:http://carlosfu.iteye.com/blog/2240426 安装视频: redis-cluster安装1 redis-cluster安装2 redis-cluster安装纠正 一.目的 为什么官方提供了ruby构建集群工具,还要实现一个redis-cli版的集群构建?…

Spark本身用Scala语言编写,运行于Java虚拟机(JVM).只要在安装了Java 6以上版本的便携式计算机或者集群上都可以运行spark.如果您想使用Python API需要安装Python解释器(2.6或者更高版本),请注意Spark暂不支持Python 3. 下载Spark 首先下载Spark并解压,我们从下载预编译版本的Spark开始.在浏览器中访问 http://spark.apache.org/down loads.html 选择"Pre-built for Hadoop 2.…

1.登录官网 http://nodejs.org ,install 下载安装包.. 2.安装过程基本直接“NEXT”就可以了. 3.安装完成后可以使用cmd(win+r然后输入cmd进入)测试下是否安装成功.方法:在cmd下输入node -v,出现下图版本提示就是完成了NodeJS的安装.…

sysbench是一款开源的多线程性能测试工具,可以执行CPU/内存/线程/IO/数据库等方面的性能测试. 项目主页: http://sysbench.sourceforge.net/ 安装文档http://sysbench.sourceforge.net/docs/#install 但是好像这两天打不开,在这儿提供一个0.4.12版的下载:sysbench-0.4.12.tar.gz 一.安装三步骤: 1.configure ./configure --prefix=/u01/sysbench…

[原理基础]  Hping是一个命令行下使用的TCP/IP数据包组装/分析工具,其命令模式很像Unix下的ping命令,但是它不是只能发送ICMP回应请求,它还可以支持TCP.UDP.ICMP和RAW-IP协议,它有一个路由跟踪模式,能够在两个相互包含的通道之间传送文件.Hping常被用于检测网络和主机,其功能非常强大,可在多种操作系统下运行,如Linux,FreeBSD,NetBSD,OpenBSD,Solaris,MacOs X,Windows. Hping的主要功能有: 防火墙测试 实用的…

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里…

目录 [TOC] 1.环境准备 ​ 本文中的案例会有四台机器,他们的Host和IP地址如下 c1 -> 10.0.0.31 c2 -> 10.0.0.32 c3 -> 10.0.0.33 c4 -> 10.0.0.34 ​ 四台机器的host以c1为例: [root@c1 ~]# cat /etc/hosts 127.0.0.1 localhost localhost.localdomain localhost4 localhost4.localdomain4 #::1 local…

一:solr启动 目前solr最高版本为5.5.0版本,很多solr安装都是说将server文件copy到tomcat中,但是solr版本自带有jetty的启动方式 首先下载solr-5.5.0版本,解压后文件目录:…

一.Oracle XE 数据库与连接工具安装使用 Oracle数据库历来以价格昂贵出名,当然贵有贵的道理,成为一个Oracle DBA也是令人羡慕的事情,如果程序员熟悉Oracle使用也有机会接触到大型的项目,但是Oracle似乎对一般程序员不怎么友好,因为其繁琐的安装配置过程和对系统硬件的苛求,另一般人望而止步,我最早从Oracle 9i开始接触它,深有感受,特别是熟悉了SqlServer的开发人员,初次接触Oracle还是很不习惯的.比如它没有SqlServer数据“库”的概念,一个sa账号…

参考http://blog.csdn.net/lalaguozhe/article/details/10912527 环境:hadoop2.3cdh5.0.2 hive 1.2.1 目标:安装lzo 测试作业运行与hive表创建使用lzo格式存储 之前安装试用snappy的时候,发现cdh解压后的native中已经包含了libsnappy之类的本地库,但是没有包含lzo. 所以lzo的使用,除了要安装lzo程序之外,还要编译安装hadoop-lzo. 1.安装lzo.可以yum安装,也可以根据上…

一  Erlang安装 1.RabbitMQ是基于Erlang的,所以首先必须配置Erlang环境. 从Erlang的官网http://www.erlang.org/download.html 下载最新的erlang安装包,Linux和MacOSX下载的版本是 http://www.erlang.org/download.html 2.然后解压下载的gz包 tar  -zxvf  *.tar.gz 3.cd 进入解压出来的文件夹 4.执行./configure --prefix=/opt/erl…