标题:Directed Biosynthesis of Alkaloid Analogs in the Medicinal Plant Catharanthus roseus 作者:Elizabeth McCoy and Sarah E. O’Connor  (Massachusetts Institute of Technology) 期刊:JACS,2006, 128, 14276-14277 摘要:萜类吲哚生物碱(TIA)----长春花碱的unnatural natural product…

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng…

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制…

在一些网页应用中,有时会碰到一个超级巨大的列表,成千上万行,这时大部份浏览器解析起来就非常痛苦了(有可能直接卡死). 也许你们会说可以分页或动态加载啊?但是有可能需求不允许分页,动态加载?网络的延迟也会造成体验不好. 那么适时候介绍本文的实现思路了. 首先上最终的效果: 主要思路如下: 首先,创建如上图所示的三个DIV,scrollbar用于显示具体的滚动条(CSS需要设置zindex,要显示在demo-list的底层),real-panel用于计算列表的实际高度(每一个li的高度是固定的,有多…

参考资料: https://blog.csdn.net/hongliang2009/article/details/73302986 https://blog.csdn.net/bohaijun_123/article/details/69660713 https://blog.csdn.net/Changer_sun/article/details/79211981 https://blog.csdn.net/owldestiny/article/details/7951679 ROS使用Xs…

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro…

全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接.组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究.基因组重测序 是对有参考基因组物种的不同个体进行的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析. 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs).拷贝数变异(CNV).插入/缺失(I…

肿瘤免疫治疗,实际上分为两大类.一种把肿瘤的特征“告诉”免疫细胞,让它们去定位,并造成杀伤:另一种是解除肿瘤对免疫的耐受/屏蔽作用,让免疫细胞重新认识肿瘤细胞,对肿瘤产生攻击(一般来说,肿瘤细胞会巧妙伪装,逃脱免疫的监视). 第一种情况,因为要利用机体自身的免疫细胞,因此,目前多为免疫细胞治疗:后一种主要是阻断被屏蔽的免疫信号,因此,多为小分子药物和抗体药物,如大家熟知的PD-1/PD-L1一类,当然,还有其它类别,甚至联合应用效果更好. 而在第一种情况(免疫细胞治疗)中,一直是研究的热点.包括…

生物信息学——RNA的剪切过程   外显子(exon expressed region)是真核生物基因的一部分,它在剪接(Splicing)后仍会被保存下来,并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质. 外显子是最后出现在成熟RNA中的基因序列,又称表达序列.既存在于最初的转录产物中,也存在于成熟的RNA分子中的核苷酸序列.术语外显子也指编码相应RNA外显子的DNA中的区域.所有的外显子一同组成了遗传信息,该信息会体现在蛋白质上.      内含子(intron)在转录后的加工中,从最初的转录产物…

题目:Integrated Metabolomics and Lipidomics Analyses Reveal Metabolic Reprogramming in Human Glioma with IDH1 Mutation 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:December 31, 2018 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00663 作者单位: 中科院大连化物所 中国科学院大学 郑州大学附属第一医院 分享人:黄旭蕾 采用…

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy…

文献名:Modulation of Lipid Metabolism by Celastrol (雷公藤红素对脂质代谢调节作用的研究) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年2月 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00797 IF: 3.95 单位: 1.中国科学院昆明植物研究所 2.中国科学院大学 3.美国国立卫生研究院 4.江西中医药大学 实验材料:老鼠.3T3-L1 脂肪细胞 技术:非靶向脂质组学技术 分享人:赵倩倩 1…

2017年4月28日,核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上,在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版,前3版年均引用250次,累计引物1600+:可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测.   临床上使用的大部分抗生素和药物均来自植物或微生物的天然产物.结合基因组挖掘的经典分离与分析法使得能鉴定和描述基于宏基因组的天然产物途径,该过程与研究结果是天然产物研究领域中在近二十年来较为创新的技术.为使…

ylbtech-院校-美国:哈佛大学(Harvard University) 哈佛大学(Harvard University),简称“哈佛”,坐落于美国马萨诸塞州波士顿都市区剑桥市,是一所享誉世界的私立研究型大学,是著名的常春藤盟校成员.截至2018年10月,哈佛大学共培养了8位美利坚合众国总统,而哈佛的校友.教授及研究人员中共走出了158位诺贝尔奖得主(世界第一).18位菲尔兹奖得主(世界第一) .14位图灵奖得主(世界第四),其在文学.医学.法学.商学等多个领域拥有崇高的学术地位及广泛的影响…

维C是:维生素C又叫抗坏血酸,是一种水溶性维生素. 维生素C主要生理功能 1. 促进骨胶原的生物合成.利于组织创伤口的更快愈合: 维生素C在体内参与多种反应,如参与氧化还原过程,在生物氧化和还原作用以及细胞呼吸中起重要作用.从组织水平看,维生素C的主要作用是与细胞间质的合成有关.包括胶原,牙和骨的基质,以及毛细血管内皮细胞间的接合物.因此,当维生素C缺乏所引起的坏血病时,伴有胶原合成缺陷,表现为创伤通难以愈合,牙齿形成障碍和毛细血管破损引起大量瘀血点,瘀血点融合形成瘀斑. 维生素C和坏血病有一段…

在一些网页应用中,有时会碰到一个超级巨大的列表,成千上万行,这时大部份浏览器解析起来就非常痛苦了(有可能直接卡死). 也许你们会说可以分页或动态加载啊?但是有可能需求不允许分页,动态加载?网络的延迟也会造成体验不好. 那么适时候介绍本文的实现思路了. 首先上最终的效果: 主要思路如下: 首先,创建如上图所示的三个DIV,scrollbar用于显示具体的滚动条(CSS需要设置zindex,要显示在demo-list的底层),real-panel用于计算列表的实际高度(每一个li的高度是固定的,有多…

文献名:Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schistosoma mansoni Pinpoints Secreted Proteins for Vaccine Development(从人类血吸虫曼氏血吸虫中富集的食道和肠道组织的定量蛋白质组学确定了用于疫苗开发的分泌蛋白) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:…

题目:Quantitative Proteomics of Th-MYCN Transgenic Mice Reveals Aurora Kinase Inhibitor Altered Metabolic Pathways and Enhanced ACADM To Suppress Neuroblastoma Progression 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:September 27, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteom…

文献名:Bisecting GlcNAc is a general suppressor of terminal modification of N-glycan(平分GlcNAc是N-聚糖末端修饰的一般抑制剂) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年10月) 单位: 广岛大学物质科学研究科 爱尔兰国立大学糖业科学小组 RIKEN-Max Planck联合研究中心结构糖生物学小组 物种:小鼠大脑组织.肾组织 技术:转染.蛋白印迹.凝集素印迹.免疫荧光.定量PCR.糖基转移酶化验.LC-MS\MS…

文献名:Proteomic Profiling of Paired Interstitial Fluids Reveals Dysregulated Pathways and Salivary NID1 as a Biomarker of Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma(口腔癌配对肿瘤组织液的蛋白质组学分析揭示了通路失调和唾液中NID1作为口腔腔鳞状细胞癌的生物标志物) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2…

文献名:Proteomic analysis of Rhizobium favelukesii LPU83 in response to acid stress.(酸胁迫下根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii)的蛋白质组学分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: 2019年10月 IF:3.78 单位:国立拉普拉塔大学,阿根廷 物种:根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii) 技术:非标定量蛋白质组学(Lab…

期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2019年8月) IF:3.78 单位: 上海第九人民医院药学系,上海交通大学药学院 上海交通大学药物与生物化学系   物种:人源A549细胞系 技术:代谢组学及转录组学 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 持续的顺铂(cisplatin,DDP)给药会诱发耐药性而影响药效,然后机制仍未明了.通过整合代谢组和转录组数据,以药敏A549细胞株和耐药A549/DDP细胞株作为材料去挖掘潜在的代谢机制及耐药相关的关键靶标.广泛分析的…

Title: Single-Shot Capillary Zone Electrophoresis−Tandem Mass Spectrometry Produces over 4400 Phosphopeptide Identifications from a 220 ng Sample Journal: Journal of Proteome Research Published Date: June 10, 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00244 R…

目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki bean (Vigna angularis) provides insight into high starch and low fat accumulation and domestication 二.研究一(小豆基因组草图) 基因组组装 基因与重复序列预测 小豆驯化痕迹 标记开发及育种应用 红豆基因…

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因…