RepeatModeler安装及使用

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RepeatModeler安装及使用

如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)RepeatModeler安装之前需要安装以下软件 perl RECON - De Novo Repeat Finder; 鉴定重复家族 RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列 TRF - Tandem Repeat Finder RMBla…

【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此…

生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast

以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下. 今天在重新装repeatmasker. 整个过程是这样的,有关联的事情有两个. 1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到: For RMBlast ( NCBI Blast modified for use with RepeatMasker/RepeatModeler ) please go to our download pa…

docker——容器安装tomcat

写在前面: 继续docker的学习,学习了docker的基本常用命令之后,我在docker上安装jdk,tomcat两个基本的java web工具,这里对操作流程记录一下. 软件准备: 1.jdk-7u79-linux-x64.tar.gz 2.apache-tomcat-8.0.36.tar.gz 下载centos镜像:(下载centos这个过程极其漫长) # 启动docker服务 service docker start # 检索centos镜像 docker search centos #…

网络原因导致 npm 软件包 node-sass / gulp-sass 安装失败的处理办法

如果你正在构建一个基于 gulp 的前端自动化开发环境,那么极有可能会用到 gulp-sass ,由于网络原因你可能会安装失败,因为安装过程中部分细节会到亚马逊云服务器上获取文件.本文主要讨论在不变更网络环境的前提下安装 gulp-sass / node-sass . 问题描述执行 npm install 安装软件包 gulp-sass $ npm install gulp-sass 这个过程中会先安装 node-sass ,因为 gulp-sass 依赖于 node-sass .中间出现的错…

Sublime Text3安装JsHint

介绍 Sublime Text3使用jshint依赖Nodejs,SublimeLinter和Sublimelinter-jshint. NodeJs的安装省略. 安装SublimeLinter Sublime的包管理器安装SublimeLinter. 安装成功后如下: Package Control Messages ======================== SublimeLinter ------------- ____ _ _ _ _ _ _ / ___| _ _| |__ | (…

Fabio 安装和简单使用

Fabio(Go 语言):https://github.com/eBay/fabio Fabio 是一个快速.现代.zero-conf 负载均衡 HTTP(S) 路由器,用于部署 Consul 管理的微服务. Fabio 由 eBay Classifieds Group 开发,用于处理 marktplaats.nl 和 kijiji.it 的流量.Marktplaats 所有的流量都经过 Fabio ,每秒有 250000 个请求,分发于数个 Fabio 实例,并且没有出现任何延迟. 简单流程图…