Google determines Quality Score slightly differently for each of the different advertising networks that it runs. Here we'll learn how Quality Score is calculated for Google Search, which is the largest source of traffic for most advertisers. [谷歌针对它所…

楼主跑以下程序时分别弹出了“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '.' ord 46 quality value -18) on line 12”和“fastq_quality_filter: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4”的错误提示 fastq_quality_filter -q 20 -p 70 -i…

https://www.biostars.org/p/198405/ Quick question is: I have some mapped reads in bam file which have good read quality, but they have sam flag 0x200 which means they didn't pass the vendor check. Should I include them or not in downstream analysis?…

http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents expected learning outcomes getting started exercise 1: checking Illumina data with the FASTX-Toolkit exercise 2: checking 454 data with the FASTX-Too…

phred-scale quality score起源于人类基因组计划,最初是用来评估碱基质量分数,后来,被广泛的推广到基因领域的其他内容. phred-scalequality score表示这件事情做对的可能性,值越高,则做对的可能性越高.一般说来,值可以从0到无穷大. phred-scale quality score的计算公式:Q=-10 * logE :Q表示score ,E表示这件事情出错的概率. 下表为一一对应的Q值和E值: 下图为上表的曲线图: 可以看得出来,phred scor…

Here is a list of key performance indicators (KPIs) that should be used in contact centres, alongside other insights from six experts. Any balanced scorecard should include the following measures: Customer Satisfaction (How well am I serving my custo…

最近接触的数据都是靶向测序,或者全外测序的数据.对数据的覆盖深度及靶向捕获效率的评估成为了数据质量监控中必不可少的一环. 以前都是用samtools depth 算出单碱基的深度后,用perl来进行深度及捕获效率的计算.今天无意中看到了bamdst(https://github.com/shiquan/bamdst)这个软件,用起来也很方便,参考GitHub,在此记录使用方法. 下载并安装:下载安装包并解压后, cd ./bamdst-master make 安装好后,需要准备.bed文件及.b…

FASTX-Toolkit组件用法 Command Line Arguments FASTQ-to-FASTA FASTQ/A Quality Statistics FASTQ Quality chart FASTQ/A Nucleotide Distribution chart FASTQ/A Clipper FASTQ/A Renamer FASTQ/A Trimmer FASTQ/A Collapser FASTQ/A Artifacts Filter FASTQ Quality Filt…

The key to how Google AdWords works is the Quality Score. Quality Score is generally how well an ad group, keywords, ad and landing page relate to what a person is searching for, and how likely someone is to click on the ad. Here is Google's page for…

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

软件下载与说明:http://www.broadinstitute.org/software/allpaths-lg/blog/?page_id=12 原始数据的深度要达到100以上. 至少要两个库,大库和小库, 小库的一对reads要有重叠部分.并且小库的插入片段大小分布差异要在20%以内. 大库插入片段要接近3000,并且长度分布可以有较大的差异. ALLPATHS‐LG requires a minimum of 2 paired‐end libraries – one short and…

默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_paired.fq.gz lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gzlane1_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 S…

操作系统:Windows8.1 显卡:Nivida GTX965M 开发工具:Visual Studio 2017 Selecting a physical device 通过VkInstance初始化Vulkan后,我们需要在系统中查找并选择一个支持我们所需功能的显卡.实际上,我们可以选择任意数量的显卡并同时使用他们,但是在我小节中,我们坚持使用第一个适合我们需要的显卡. 我们添加函数pickPhysicalDevice并在initVulkan函数中调用. void initVulkan()…

更多原创测试技术文章同步更新到微信公众号 :三国测,敬请扫码关注个人的微信号,感谢! 原文链接:http://www.cnblogs.com/zishi/p/6856204.html 众所周知,在IT行业中技术人员的KPI考评一直是比较模糊的,尤其测试人员,更遑论自动化测试人员这个更细化的分支. 为了横向比较自动化测试人员的工作量,也同时衡量自动化测试的工作效率和质量,我们团队根据各个自动化队员的反馈和综合,对设计和维护工作加入了考评系统,综合整理出目前这套的自动化考评原则. KPI分为四个方面…

1搜索关键字广告推送:AdWords: 覆盖广泛:在全球最大的搜索和网络平台上进行推广. 定位精准:锁定目标客户群体,让潜在客户轻松找上门. 成本可控:仅当用户点击广告时,您才支付费用. 2.网站内容相关广告推送: GoogleAdSense (google AdSense,根据用户正在浏览的网页内容,推荐与网页内容相关ad) 增加收益:通过内容定位广告释放网站最大创收潜能. 改善体验:利用自定义广告完善网站外观和提升用户体验. 洞察效果:查看在线报告跟踪不同格式和位置的广告收益. 全称Goog…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

1.       对比损失函数(Contrastive Loss function) 孪生架构的目的不是对输入图像进行分类,而是区分它们.因此,分类损失函数(如交叉熵)不是最合适的选择,这种架构更适合使用对比函数.对比损失函数如下: (以判断图片相似度为例)其中Dw被定义为姐妹孪生网络的输出之间的欧氏距离.Y值为1或0.如果模型预测输入是相似的,那么Y的值为0,否则Y为1.m是大于0的边际价值(margin value).有一个边际价值表示超出该边际价值的不同对不会造成损失. Siamese网络…

更多原创测试技术文章同步更新到微信公众号 :三国测,敬请扫码关注个人的微信号,感谢! 原文链接:http://www.cnblogs.com/zishi/p/6856204.html 众所周知,在IT行业中技术人员的KPI考评一直是比较模糊的,尤其测试人员,更遑论自动化测试人员这个更细化的分支. 为了横向比较自动化测试人员的工作量,也同时衡量自动化测试的工作效率和质量,我们团队根据各个自动化队员的反馈和综合,对设计和维护工作加入了考评系统,综合整理出目前这套的自动化考评原则. KPI分为四个方面…

参考:http://blog.csdn.net/trent1985/article/details/50904173 根据国外一篇大牛的文章:No-Reference Perceptual Quality Assessment of JPEG Compressed Images 在无参考图像的质量评价中,图像的清晰度是衡量图像质量优劣的重要指标,它能够较好的与人的主观感受相对应,图像的清晰度不高表现出图像的模糊.本文针对无参考图像质量评价应用,对目前几种较为常用的.具有代表性清晰度算法进行讨论分…

Elasticsearch简介 Elasticsearch是一个基于Apache lucene的实时分布式搜索.具有以下优点: 1.实时处理大规模数据.2.全文检索,能够做到结构化检索和聚合分析.3.分布式系统. 这些优点形成了以下的应用场景: 1.站内搜索.2.NoSQL Json文档数据库,读写性能均高于MongoDB.3.搭建日志平台用于统计.监控和分析. Elasticsearch基本概念 节点(Node):物理概念,一个运行的Elasticsearch,一般是位于一台机器上的一个进程.…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

http://blog.sciencenet.cn/blog-1469385-819498.html 文章目录 一.准备工作 二.流程概览 三.流程 首先说说GATK可以做什么.它主要用于从sequencing 数据中进行variant calling,包括SNP.INDEL.比如现在风行的exome sequencing找variant,一般通过BWA+GATK的pipeline进行数据分析. 要run GATK,首先得了解它的网站(http://www.broadinstitute.org/…

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas…

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1…

版权声明:本文源自 解螺旋的矿工, 由 XP 整理发表,共 13781 字. 转载请注明:从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第4节 构建WGS主流程 | Public Library of Bioinformatics 转载地址:https://www.plob.org/article/11698.html WGS数据分析的目的是准确检测出每个样本(这里特指人)基因组中的变异集合,也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列.我把整个分析过程按照它们实际要完成的功能,将其分成了三个大的…

Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction Seven Techniques for Data Dimensionality Reduction 12 May, 2015 - 12:38 — rs The recent explosion of data set size, in number of records and attributes, has triggered the development of a number of b…

NEST.Repository A simple encapsulation with NEST client for search data form elasticsearch. github API NESTReaderRepository TEntity Get(TKey id); TEntity Get(Func<QueryContainerDescriptor<TEntity>, QueryContainer> filterExp = null, Func<Sou…

1. 对原始下机fastq文件进行过滤和比对(mapping) 对于Illumina下机数据推荐使用bwa进行mapping. Bwa比对步骤大致如下: (1)对参考基因组构建索引: 例子:bwa index -a bwtsw hg19.fa.最后生成文件:hg19.fa.amb.hg19.fa.ann.hg19.fa.bwt.hg19.fa.pac和hg19.fa.sa. 构建索引时需要注意的问题:bwa构建索引有两种算法,两种算法都是基于BWT的,这两种算法通过参数-a is 和-a bwt…