GTF文件的全称是gene transfer format,主要是对染色体上的基因进行标注.怎么理解呢,其实所谓的基因名,基因座等,都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已,还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体(DNA序列).而这个GTF文件的主要功能,就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置(coordinate),并且还标注了这一段区间的其他信息. GTF文件我一般喜欢去ensembl下载,gencode也可以. 这里给出链接: ftp://ftp.ensembl.org/pub/r…

CONTENTS *_annoTable.txt (ANNOVAR) *_annoTable.txt (SnpEff) *_genelist.txt (ANNOVAR & SnpEff) dbNSFP Information We provide here detailed Description about the files outputted from the somatic mutation annotators via ANNOVAR and SnpEff. *_annoTable.t…

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS…

基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列 这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov…

/etc/passwd 和 /etc/shadow 文件内容及其解释 默认情况下,/etc/passwd 存储有关本地用户的信息 /etc/passwd 采用以下格式: 1)username        UID到名称的一种映射,用户名 2)password         保存密码的位置,现在保存在/etc/shadow 中 3)UID                   用户ID 4)GID                  主组ID 5)GECOS            字段存储任意文本,…

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种…

1. 定义一个段名为CSTACK, 这里: NOROOT表示如何定义的段没有被关联,那么同意会被优化掉,如果不想被优化掉就使用ROOT. 后面的括号里数字表示如下: (1):这个段是2的1次方即2字节对齐 (2):这个段是2的2次方即4字节对齐 (3):这个段是2的3次方即8字节对齐 SECTION CSTACK:DATA:NOROOT(2) 2. 下面代码表示执行后面的指令函数(我理解为函数~),指令函数_iar_program_start和SystemInit为系统定义好的,在C库启动代码中…

对Android项目中的文件夹进行解释: · src:里面存放的是Activity程序,或者是以后的其他组件,在此文件夹之中建立类的时候一定要注意,包名称不能是一级. · gen:此文件夹中的内容是自动生成的,用户不可修改,即:保存的是所有的ID; |- R.java: 保存着所有的资源程序,此文件自动编写. |- 即:在以后的程序之中,程序不会直接与所有的配置文件操作,都是通过映射名称找到的,这一点符合了Java EE的Key = value的形式: · Android 2.3.3:此以现在的…

Host文件的原理解释及应用说明   Host文件位置及打开方式:   Window系统中有个Hosts文件(没有后缀名), Windows 98系统下该文件在Windows目录,在Windows 2000/XP/Vista系统中位于C:\windows\system32\drivers\etc\ 目录中.该文件其实是一个纯文本的文件,用普通的文本编辑软件如记事本等都能打开.   工作原理:   我们知道在网络上访问网站,要首先通过DNS服务器把网络域名(www.XXXX.com)解析成61.X…

关于 /proc/sys/net/ipv4/下 文件的详细解释: 1) /proc/sys/net/ipv4/ip_forward  该文件表示是否打开IP转发.      0,禁止      1,转发  基本用途:如VPN.路由产品的利用: 出于安全考虑,Linux系统默认是禁止数据包转发的.所谓转发即当主机拥有多于一块的网卡时,其中一块收到数据包,根据数据包的目的ip地址将包发往本机另一网卡,该网卡根据路由表继续发送数据包.这通常就是路由器所要实现的功能. 配置Linux系统的ip转发功能,…