RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

PS:在这几天的学习当中很多的文章都将此注入方式称之为“floor报错分析”但经过我这几天的学习.个人觉得不该如此称呼!若君有意请详细阅读此篇文章.特别感谢米怀特的开导,说句实在的研究这个注入有四天了.有点不好意思说出来.其实就是一个语句的事情!但是确实研究四天了.之前实在的虽说口上弄懂了,但脑袋里还是混混沌沌的.也怪自己愚昧.加油吧.废话多了(._.) 且看完整的payload:http://www.xishaonian.cn/sql.php?id=1+and(select 1 from(se…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

在Linq中有一些这样的操作,根据集合计算某一单一值,比如集合的最大值,最小值,平均值等等.Linq中包含7种操作,这7种操作被称作聚合操作. 1.Count操作,计算序列中元素的个数,或者计算满足一定条件的元素的个数 2.Sum操作,计算序列中所有元素的值的总和 3.Max操作,计算序列中元素的最大值 4.Min操作,计算序列中元素的最小值 5.Average操作,计算序列中所有元素的平均值 6.Aggregate操作,对集合中的元素进行自定义的聚合计算 7.LongCount操作,计算集合中…

# Deal with .seq format for video sequence # Author: Kaij # The .seq file is combined with images, # so I split the file into several images with the image prefix # "\xFF\xD8\xFF\xE0\x00\x10\x4A\x46\x49\x46". import os.path import fnmatch import…

RNA测序研究现状与发展 1 2,584 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 通常来说,某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的,只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异,才使这些细胞有所区别.诸如“为什么肿瘤细胞与正常细胞会不一样?”这样的重要问题都可以通过对这些不同细胞里的RNA进行研究来解决,比如转录组学(transcriptome)研究就是一个很好的方法,而这就需要用到RNA测序技术.本期的<自然 方法>(Nature Methods)杂志…

sbt编译spark程序提示value toDF is not a member of Seq() 前提 使用Scala编写的Spark程序,在sbt编译打包的时候提示value toDF is not a member of Seq(),出问题的代码如下: val urlDS = Seq(STU(age, count)).toDS() 其中STU是一个定义的case class,定义如下: case class STU(age: Int, count: Int) 查找原因 开始以为是toDS(…

一.事件背景 今天是2021.12.2日,距离李子柒断更已经4个多月了,这是我在YouTube李子柒油管频道上,观看李子柒2021年7月14日上传的最后一条视频,我录制了视频下方的来自全世界各国网友的评论,全世界的网友们集体期待李子柒回归,瞬间泪奔. https://zhuanlan.zhihu.com/p/440462123 针对全世界网友的热门评论,怎么分析出网友的评论态度和舆论导向呢?于是我试着用python做了情感分析,得出了一些舆情导向的结论. 二.python代码讲解 下面,通过py…