1.进入phred官网,给作者写信,获得所需的软件,大约需要两三天的时间即可收到回信. 2.根据作者的指示下载,解压相应软件. 3.以笔者本人的安装为例unbuntu系统(phred自带的installtion太麻烦了) 4.新建文件夹: mkdir phred 5:将下载的压缩文件移到新建的文件夹中: mv phred-dist-071222.c-acd.tar.gz 6.解压文件 tar -zxvf phred-dist-071220.c-acd.tar.gz 7.编译一下: make 8:…

wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/STAR-2.5.2a.tar.gz tar -xzf STAR-2.5.2a.tar.gz cd STAR-2.5.2amake STAR 由于没有设置环境变量,所以每次运行的时候要加上绝对路径/STAR/STAR-2.5.2a/bin/Linux_x86_64/STAR --·······…

1.下载相关软件,网址:http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic,它有源代码和二进制两种文件(建议都下载,然后合并成一个文件,因为里面的文件之间有互补性) 2.解压:unzip trimmomatic.zip 添加至环境变量中 vi ~.bashrc 3.trimmomatic有两种运行模式:paired end 和 single end (具体的区别本人目前还不太清楚??) 4.paired end模式运行的命令(举例):…

Kali安装Nessus 说明 Nessus是一款基于插件的系统漏洞扫描和分析软件 一.安装 1.下载安装包 https://www.tenable.com/downloads/nessus 查看kali的版本并下载相应的版本 2.安装 在root下创建一个Nessus文件夹,将安装包放进去 运行命令安装 dpkg -i Nessus-10.3.0-debian9_amd64.deb 3.启动服务 4.访问网页完成配置 查询ip 访问网址 接受,选择managed scanner模式并继续 选择…

本文首发于博客冰山一树Sankey,去博客浏览效果更好. 一.Tableau优缺点 优点 ·简单易用,只要是会用 EXCEL,几分钟就可掌握 Tableau的基本用法 急速高效 ·结果美观 ·轻松整合原始数据 ·高度交互 缺点 ·对统计数据文件的读取仍需改进 ·缺乏对数据深入分析和建模的能力 不免费 二.Tableau的产品线划分 2.1 Tableau Prep Builder (1)Tableau Prep Builder ​ 用数据流的形式整理和清理数据 (2)Tableau Prep C…

TradingView 是我们经常使用的一个分析工具!在Linux 下安装桌面版,就可以爽快的用起来了,目前是Beta测试版,相信很快就会有正式版的 1.打开终端,执行下列命令,更新系统到最新 sudo rm /etc/apt/preferences.d/nosnap.pref sudo apt update 2.安装 Snap包管理工具 sudo apt update sudo apt install snapd 3.安装TradingView 软件 sudo snap install tra…

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了.我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析. fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.[bam,sam,fastq文件格式] -o --outdir:输出文件夹指定 -t --thr…

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

pacbio 公司把三代测序常用软件整合起来,做成了一个在线的分析软件,类似于galaxy; 安装过程如下,参考官网给的指导手册 http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf 1)首先下载安装包: wget https://s3.amazonaws.com/files.pacb.com/software/smrtanalysis/2.3.0/ smrtan…

cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档:http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/ 安装:           git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/           cd cutadapt           p…