Use a regular expression for filtering sequences by id from a FASTA file, e.g. just certain chromosomes from a genome. There are other tools as part of bigger packages to install (and no regex support), mostly awk-based awkward (sorry for the pun) ba…

cut -d " " -f 1 sequences.fa | tr -s "\n" "\t"| sed -s 's/>/\n/g' > sequences.tab while read id start end; do \ g=$(grep "$id" sequences.tab | cut -f 2 | cut -c $start-$end);\ echo ">$id";\ echo $…

今天还是没事看了看elfinder源码,发现之前说的两个版本实现都是基于不同的jdkelfinder源码浏览-Volume文件系统操作类(1), 带前端页面的是基于1.6中File实现,另一个是基于1.7中的Path实现, 今天看了一个非常有意思的匿名类应用,先看基础java中一个引人深思的匿名内部类 其中引起我注意的是一个文件搜索的实现, 项目代码并没有引起我的问题,但深思的是基于1.8源码的实现使用了一个 @@@@@DirectoryStream.Filter<Path>接口,此接口是一个…

如果 Filter 属性为 Empty,将显示所有文件. 始终显示文件夹. Filter 由以下部分组成:筛选器说明,后跟竖线 (|) 和筛选模式. 筛选器可以指定一个或多个文件类型. 说明描述了对话框中显示的文件的类型. 尽管说明可以是任意字符串,但它通常由以下部分组成:筛选器中包括的文件的类型,后跟其中包含与该说明关联的扩展名的括号. 筛选器说明显示在对话框的下拉列表中. 下面是一个筛选器说明的示例. My Files (*.my) 筛选模式确定对话框显示哪些文件. 相同说明的筛选模式由分号…

前文说到python高阶函数之map,相信大家对python中的高阶函数有所了解,此次继续分享python中的另一个高阶函数filter. 先看一下filter() 函数签名 >>> help(filter)Help on class filter in module builtins: class filter(object) |  filter(function or None, iterable) --> filter object | |  Return an iterat…

Falcon Falcon: a set of tools for fast aligning long reads for consensus and assembly The Falcon tool kit is a set of simple code collection which I use for studying efficient assembly algorithm for haploid and diploid genomes. It has some back-end c…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

来源:STARmanual.pdf 来源:Calling variants in RNAseq PART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum install glibc-static PART1 Quick start #STAR Basic workflow ###1. Generating…

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi…