mdp文件-Chapter4-MD.mdp

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martini-md参数（mdp文件）

输入参数:一个典型的mdp文件 1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 ; TIMESTEP IN MARTINI 11 ; Most simulations are numerically stable 12 ; with dt=40 fs,…

mdp文件-Chapter4-MD.mdp

终于到了mdp系列的第四篇,最终MD模拟的mdp文件先上代码,md.mdp 1 title = OPLS Lysozyme MD simulation 2 ; Run parameters 3 integrator = md ; leap-frog integrator 4 nsteps = 500000 ; 2 * 500000 = 1000 ps (1 ns) 5 dt = 0.002 ; 2 fs 6 ; Output control 7 nstxout = 5000 ; save co…

mdp文件-Chapter3-NPT.mdp

mdp系列的第三篇,对NPT模拟中的mdp文件做一简单介绍. 先上代码 1 title = OPLS Lysozyme NPT equilibration 2 define = -DPOSRES ; position restrain the protein 3 ; Run parameters 4 integrator = md ; leap-frog integrator 5 nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps 6 dt = 0.002 ; 2 fs 7…

mdp文件-Chapter2-NVT.mdp

这是mdp文件系列的第二篇,介绍nvt平衡中要使用的mdp文件. 先上代码,nvt.mdp 1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ; Run parameters 4 integrator = md 5 nsteps = 50000 6 dt = 0.002 7 ; Output control 8 nstxout = 500 9 nstvout = 500 10 nstenergy = 500 11 ns…

mdp文件-Chapter1-MINIM.mdp

mdp文件是能量最小化,NVT模拟,NPT模拟与MD模拟的必须文件. mdp文件的详细解释可以参考官方文档http://manual.gromacs.org/online/mdp_opt.html 接下来我将使用四个文件为例子来解释mdp文件. 能量最小化minim.mdp 1 ; minim.mdp - used as input grompp to generate *.tpr 2 integrator = steep ; steep = steepest descent minimizat…

martini-能量最小化参数（mdp文件）

1 ; 2 ; STANDARD MD INPUT OPTIONS FOR MARTINI 2.x 3 ; Updated 02 feb 2013 by DdJ 4 ; 5 ; for use with GROMACS 4.5/4.6 6 ; 7 8 title = Martini 9 10 11 ; TIMESTEP IN MARTINI 12 ; Most simulations are numerically stable 13 ; with dt=40 fs, some (especia…

stm32启动文件ld md hd cl vl xl分析及选择

startup_stm32f10x_cl.s互联型的STM32F105xx,STM32F107xxstartup_stm32f10x_hd.s 大容量的STM32F101xx,STM32F102xx,STM32F103xxstartup_stm32f10x_hd_vl.s 大容量的STM32F100xxstartup_stm32f10x_ld.s 小容量的STM32F101xx,STM32F102xx,STM32F103xxstartup_stm32f10x_ld_vl.s 小容量的STM32F…