期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:德国Robert Koch 研究所 物种:多种 技术:新蛋白提取和酶解方法 一. 概述: 本文设计了一种仅需要三步——酸化,中和及酶解——就能完成蛋白提取和酶解的实验方法,命名为简单的蛋白提取和酶解法(SPEED).SPEED使用三氟乙酸(TFA)做裂解液,适用于不同类型的样本,包括难以裂解的样本类型.文章评估了SPEED方法对大肠杆菌,小鼠肝脏和金黄色葡萄球菌的效果,又将该方法与5种不同原理…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士 物种:人细胞系 技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜 一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋…

发表时间:(2019年4月) 一. 概述: 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法.作者通过激光捕获显微切割技术(LCM)从逝者大脑中分离出目的神经元细胞,接着尝试了一系列不同的样品收集方法,裂解液和酶解方法,最终从10 um厚,60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定到了稳定重复的1500蛋白.用此方法,作者从分出的贝兹细胞(Betz)和浦肯野细胞(Purkinje)分别得到了高度特异表达的2800-3600个蛋白. 二. 研究背景: 蛋白质组学研究通常需要毫克级…

文献名:Proteomic analysis of Rhizobium favelukesii LPU83 in response to acid stress.(酸胁迫下根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii)的蛋白质组学分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: 2019年10月 IF:3.78 单位:国立拉普拉塔大学,阿根廷 物种:根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii) 技术:非标定量蛋白质组学(Lab…

文献名:An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative proteomic assays of microbes(一种基于高通量的,自动的由细胞制备多肽的样品自动处理工作体系的微生物蛋白组定量实验) 期刊名:Journal of Proteome Research 影响因子:3.86 单位: 联合生物能源研究所,劳伦斯伯克利国家实验室,埃默里维尔,加利福尼…

简介 Capability又叫Appium Desired Capabilities,前边写了那么多实例代码,小伙伴可以发现一些规律,就是有一部分代码总是重复的出现在你的视线中.这部分就是对Capability的配置.那么今天给小伙伴们分享.介绍和讲解一下Capability.让你知道她的来龙去脉,知道为什么代码里那么写. 1. 什么是Capability 在讲capability之前大家是否还记得在讲log时给大家看过的启动时的日志?在我们的整个启动日志中会出现一些配置信息,其实那些信息就是c…

关键词:PRM,kinase,colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因子-PRPS2激酶.这项研究于2019年3月25日发表于蛋白组学主流期刊Journal of Proteome Research(原文链接:https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00119). 背景 结肠癌(CRC)是…

通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙  质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan​ 1,2,*​ , Michael F. Moran​ 2,3 ​, and Bin Ma​ 1 单…

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…

期刊名:JPR 发表时间:(2019年12月) IF:3.780 单位:Grupo de Investigación de Reumatología (GIR), Unidad de Proteómica, INIBIC − Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, SERGAS, Universidad de A Coruña, A Coruña 15006, Spain 研究对象:风湿和自身免疫疾病 技术:文献挖掘   一.…

文献名:Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics(质谱兼容的蛋白质组学的亚细胞分离) 期刊名:Jpornal of Proteome research 发表时间:(2020年1月) IF:4.173 单位: 熊本大学 京都大学 庆应大学 物种:人的细胞 技术:磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究选取细胞进行免疫印迹法和间接免疫荧光法.Nano…

文献名:利用靶向质谱策略进行上皮性卵巢癌病例的蛋白质组生物标志物研究 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年7月) IF:5.41 单位: 苏黎世联邦理工学院 美国东北大学 隆德大学 苏黎世大学附属医院 普渡大学 巴塞尔大学附属医院 巴赛尔大学生物医学系 法兰克福大学附属医院 哈佛医学院 斯科讷大学附属医院 苏黎世大学 物种:小鼠卵巢组织,小鼠卵巢肿瘤组织,人类血浆,人类卵巢组织,人类良性卵巢肿瘤组织,人类上皮卵巢癌组织 技术:非靶糖蛋白质…

文献名:iHPDM: In Silico Human Proteome Digestion Map with Proteolytic Peptide Analysis and Graphical Visualizations 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年12月) IF:3.86 单位: 资讯科学研究院,中央研究院,台湾 物种:人 技术:蛋白质组生物信息学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 在有关丢失蛋白(MP,m…

文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Proteome Res 发表时间: (2019年10月) IF:3.78 技术:宏蛋白质组综述   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 过去的十年中,宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据.尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据,但是对其功能的认识还不清楚,最重要的是,这些蛋白质分子…

期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2019年8月) IF:3.78 单位: 上海第九人民医院药学系,上海交通大学药学院 上海交通大学药物与生物化学系   物种:人源A549细胞系 技术:代谢组学及转录组学 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 持续的顺铂(cisplatin,DDP)给药会诱发耐药性而影响药效,然后机制仍未明了.通过整合代谢组和转录组数据,以药敏A549细胞株和耐药A549/DDP细胞株作为材料去挖掘潜在的代谢机制及耐药相关的关键靶标.广泛分析的…

发表时间:2019年4月 IF:3.950 单位: 威斯康星医学院生物化学系 威斯康星医学院生物医学质谱研究中心 物种:人(人体肾脏细胞和蛋白) 技术:肽段清理 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 肽段清理对于去除在自下而上(也称为鸟枪法)蛋白质组工作流程中样品制备阶段可能引入的污染物很重要.近些年的研究表明在去除洗涤剂和聚合物污染时,相较于传统的反相洗涤方法,使用羧酸盐修饰的顺磁颗粒有多种益处.但是,也面临实验结果可重复与否的挑战,实验的可重复性限制了这种方法在实验室的广泛实…

文献名:Data-independent acquisition mass spectrometry in metaproteomics of gut microbiota - implementation and computational analysis(DIA技术在肠道宏蛋白质组研究中的方法实现和数据分析) doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00606 期刊名:Journal of Proteome Research 作者:Juhani Akakko, Sami…

文献名:Proteomic and N-Terminomic TAILS Analyses of Human Alveolar Bone Proteins: Improved Protein Extraction Methodology and LysargiNase Digestion Strategies Increase Proteome Coverage and Missing Protein Identification(人类牙槽骨蛋白的蛋白质组学和n端分析:改进的蛋白质提取方法和Ly…

文献名:Down-Regulation of a Male-Specific H3K4 Demethylase, KDM5D, Impairs Cardiomyocyte Differentiation 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年12月 IF:3.78 单位:Shahid Beheshti医科大学等 一.概述: 除了决定性别,Y染色体上的基因充分表达对转录.翻译和蛋白质稳定性必不可少.本文作者观察到Y染色体上的KDM5D基因及其X染色体…

文献名:A Systems-Level Characterization of the Differentiation of Human Embryonic Stem Cells into Mesenchymal Stem Cells(人类胚胎干细胞到间充质干细胞的分化的系统性表征) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年10月) 单位: Camargo Cancer Center University of Southern Denmar…

文献名:Analysis of endogenous peptides released from osteoarthritic cartilage unravels novel pathogenic markers(分析骨关节炎软骨释放的内源肽从而揭示新致病标记) 期刊名:MCP(molecular and cellular proteomics) 发表时间:(2019年10月) 单位: 拉科鲁尼亚生物医学研究所(INIBIC) 拉科鲁尼亚大学附属综合医院(CHUAC) Grupo de In…

文献名:Multi-batch TMT reveals false positives, batch effects and missing values (多批次TMT定量方法中对假阳性率,批次效应,以及缺失值的研究) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics DOI:10.1074/mcp.RA119.001472 Online:https://www.mcponline.org/content/early/2019/07/22/mcp.RA119.001472…

文章中文名:阿尔茨海默病三联转基因小鼠模型的海马蛋白质组学改变及Donepezil治疗中PINK 1调节的意义 发表时间:(2019年4月) IF:3.95 单位:澳门大学,威斯康星大学,暨南大学,广东工业大学,深圳市疾控,北京大学深圳研究生院 物种:小鼠 技术:6-plex TMT蛋白质组学 一.概述 近年来全世界患阿尔茨海默病(AD)的人日趋增多.Donepezil 是临床认证的用于改善认知,治疗AD的药物, 但其药效和潜在分子机制还是未知的.本研究采用蛋白质检测技术和蛋白质组学定量技术方法…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:瑞典卡罗林斯卡学院 物种:人 技术:标记定量蛋白质组学,氧化还原蛋白质组学,热稳定蛋白质组学 一. 概述: 该研究使用TMT标记蛋白质组学方法研究了低氘水对于人肺癌细胞系A549的杀伤作用和效果.从定量蛋白质组学,氧化还原蛋白质组学和热蛋白质组学结果中推断低氘水作用于癌细胞时会扰乱线粒体的氧还平衡,产生活性氧促使细胞凋亡. 二. 研究背景: 低氘水的抗癌作用已在涉及人类…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:1德国海德堡大学附属医院2德国汉诺威医科大学3德国亥姆霍茲感染研究中心4德国马克斯·普朗克生化研究所5瑞典于默奥大学6葡萄牙波尔图大学7德国&柏林健康研究所 8法国里昂大学 物种:人 技术:非标定量蛋白质组学,免疫共沉淀,病毒化验 一. 概述: 该研究使用免疫共沉淀-非标定量蛋白质组学的方法发现了高尔基转运相关蛋白GBF1与乌库涅米病毒(UUKV)的感染有关.通过…

文献名:Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schistosoma mansoni Pinpoints Secreted Proteins for Vaccine Development(从人类血吸虫曼氏血吸虫中富集的食道和肠道组织的定量蛋白质组学确定了用于疫苗开发的分泌蛋白) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:…

文献名:Systematic comparison of strategies for the enrichment of lysosomes by data independent acquisition(通过DIA技术系统比较各溶酶体富集策略) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2020年1月) IF:4.268 单位: 德国波恩大学 瑞士Biognosys公司 物种:HEK293细胞 技术:数据非依赖性采集(DIA)   一. 概述: 本研究基于…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位: 朱拉隆功大学 费城威斯塔研究所 物种:人 技术:de novo从头测序,深度学习 一. 概述: 该研究开发了一种基于深度学习的肽段从头测序框架SMSNet,在保持良好的识别覆盖率的同时,氨基酸准确度能达到95%以上.SMSNet揭示了超过10000个以前未分类的人类白细胞抗原(HLA)和磷酸肽,并结合数据库搜索方法,将肽鉴定的覆盖范围扩大了近30%. 二. 研究背景:…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年10月) IF:3.78 单位: 里约热内卢联邦大学 坎皮纳斯州立大学 坎皮纳斯州立大学神经生物学中心 卡拉博大学 慕尼黑大学 物种:人类脑部眶额叶皮层组织 技术:iTRAQ标记非靶相对定量,SRM靶向相对定量   一. 概述: 该研究选取了12例精神分裂病人和8例对照健康人群的眶额叶皮层(OFC)组织,通过iTRAQ标记非靶相对定量以及SRM靶向相对定量,进行了组织细胞中线粒体,粗提细胞核以及细胞质三大类亚…

文献名:Comparing Data-Independent Acquisition and Parallel Reaction Monitoring in Their Abilities To Differentiate High-Density Lipoprotein Subclasses(比较DIA和PRM区分高密度脂蛋白亚类的能力) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年11月 IF:3.78 单位: 圣保罗大学 Universidade…