没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R…

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria…

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -…

一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 Warning 300 Info 400 Debug 500 Trace 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警告信息,程序继续运行 300 代表输出一般信息,包…

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相…

时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain=F --clobber 转换,此命令会产生TPP_0001.pdb和TPP.params两个文件: 2. 其次,如果配体需要进行构象搜索,可以使用obabel,这个免费且简单,见博客http://w…

对score.sc的便利操作: $ sort -n -k2 example_score_file.sc 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件. $ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 "\t" $3}' 此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通…

原创博客:转载请表明出处:http://www.cnblogs.com/zxouxuewei/ ROS提供了非常强大的图形化模拟环境 RViz,这个 RViz 能做的事情非常多.今天我们学习一下如何使用 RViz 对机器人在路径探索过程中对地图动态观测.我们将学习重放已经采集的数据来模拟机器人输入,从而将精力放到SLAM和地图的建立以及RViz的使用上.下面是效果图: 基本概念 ROS 对机器人导航提供了非常强大的支持,这可以让我们在不了解细节和海量复杂无比的科学计算的情况下就可以对机器人的导航…

[源码下载] 背水一战 Windows 10 (21) - 绑定: x:Bind 绑定, x:Bind 绑定之 x:Phase, 使用绑定过程中的一些技巧 作者:webabcd 介绍背水一战 Windows 10 之 绑定 x:Bind 绑定 x:Bind 绑定之 x:Phase 使用绑定过程中的一些技巧 示例1.演示 x:Bind 绑定的相关知识点Bind/BindDemo.xaml <Page x:Class="Windows10.Bind.BindDemo" xmlns=&…

背水一战 Windows 10 之 绑定 x:Bind 绑定 x:Bind 绑定之 x:Phase 使用绑定过程中的一些技巧 示例1.演示 x:Bind 绑定的相关知识点Bind/BindDemo.xaml <Page x:Class="Windows10.Bind.BindDemo" xmlns="http://schemas.microsoft.com/winfx/2006/xaml/presentation" xmlns:x="http://s…