一个画组织解剖图R包

地址: https://github.com/jespermaag/gganatogram…

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data…

如何利用R包qqman画曼哈顿图？

如何利用R包qqman画曼哈顿图? 2017-07-10 lili 生信人众多周知,R语言提供了各种各样的包,方便实现我们的目的,下面给大家介绍一个可以便捷的画曼哈顿图的包:qqman install.packages(“qqman”) # 安装包 library(“qqman”) #加载包 data(package=“qqman”) # 查看qqman包中的测试数据,此包中包含gwasResults snpsOfInterest 两个测试数据 View(gwasResults) #查…

Android一个炫酷的树状图组织架构图开源控件实现过程

Android一个炫酷的树状图组织架构图开源控件文章目录 [1 简介] [2 效果展示] [3 使用步骤] [4 实现基本布局流程] [5 实现自由放缩及拖动] [6 实现添加删除及节点动画] [7 实现树状图的回归适应屏幕] [8 实现拖到编辑树状图结构] [9 写在最后] 简介 Tree View; Mind map; Think map; tree map; 树状图:思维导图: github连接: https://github.com/guaishouN/android-tree-vie…

R包开发过程记录

目的走一遍R包开发过程,并发布到Github上使用. 步骤 1. 创建R包框架 Rsutdio --> File--> New Project--> New Directory --> R Package 创建完成后,在R包文件夹下有如下文件(夹): man: 存放*.Rd文件 R: 存放R脚本 DESCRIPTION: R包描述信息 NAMESPACE: 命令空间 rmytools.Rproj: R工程文件 2. 自定义R包上面是Rstudio为开发者创建的一个框架,接下来是…

UML九种图之包图和对象图

前言对象图和包图依然是对系统的静态的描写叙述.UML九种图加上包图,事实上是十幅图. 包图 1.构成 2.包中的元素类.接口.用例.构件.其他包等.(若包被撤销,当中的元素被撤销) 3.包之间的关系泛化.细化.依赖(经常使用) 4.包的作用 (1)逻辑上把一个复杂的图模块化 (2)组织源码 5.包的常见问题 (1)避免循环依赖 (2)以包为单位測试 (3)概念和语义相近的…

【UML 建模】UML建模语言入门 -- 静态图详解类图对象图包图静态图建模实战

发现个好东西思维导图, 最近开始用MindManager整理博客 . 作者 :万境绝尘转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/18964835 . 一. 静态图概述 1. 静态图引入 (1) 图的分类图的分类 : 图分为结构行为图和动态行为图,结构行为图包括用例图, 类图,对象图,组件图,配置图; 动态行为图包括状态图,活动图,时序图,协作图; (2) 静态图内容静态图概念 :类图,对象图,包图是静态图…

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集选自Microsoft www.tz365.Cn 作者:Lee Scott 机器之心编译参与:李亚洲.吴攀.杜夏德要学习怎么使用微软 Azure 机器学习,最重要的是获取样本数据集和进行实验. 在微软,我们有大量的样本数据集可用.这些数据集已经在 Azure Cortana Intelligence Gallery 中的样本模型中得到了应用. 其中一些数据集可以通过 Azure Blob 存储获取,所以…

R包 randomForest 进行随机森林分析

randomForest 包提供了利用随机森林算法解决分类和回归问题的功能:我们这里只关注随机森林算法在分类问题中的应用首先安装这个R包 install.packages("randomForest") 安装成功后,首先运行一下example library(randomForset) ?randomForset 通过查看函数的帮助文档,可以看到对应的example data(iris) set.seed(71) iris.rf <- randomForest(Species…

用R包来下载sra数据

1)介绍我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we…

UML建模语言入门 -- 静态图详解类图对象图包图静态图建模实战

发现个好东西思维导图, 最近开始用MindManager整理博客 . 作者 :万境绝尘转载请注明出处 : http://blog.csdn.net/shulianghan/article/details/18964835 . 一. 静态图概述 1. 静态图引入 (1) 图的分类图的分类 : 图分为结构行为图和动态行为图,结构行为图包括用例图, 类图,对象图,组件图,配置图; 动态行为图包括状态图,活动图,时序图,协作图; (2) 静态图内容静态图概念 :类图,对象图,包图是静态图…

R包对植物进行GO，KEGG注释

1.安装,加载所用到到R包用BiocManager安装,可同时加载依赖包 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") BiocManager::install("clusterProfiler") library(clusterProfiler) ##富集分析library(topGO) ###画GO图library(AnnotationHub) ##获取数据库library(BiocFileCache) ##依赖包…

R包igraph探究

前段时候由于项目的原因,需要画图,然后开始接触R语言的igraph包,网上零零散散的搜罗了不少的信息,放在这边交流分享的同时也给自己留个备份吧~ 1.首先是读取文件,基本选用的都是csv文件 edge1<-read.csv("D:/9th_smj/onetimecut.csv",header=F) vertex3<-read.csv("D:/9th_smj/vertex.csv",header=F) 2.设置变量的格式 edge1[,1]=as.char…

R(三): R包原理及安装

包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用.越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装.包的生命周期一般会经历 source.bundled.binary.installed和in-memory五个阶段.参考资料 (http://r-…

四步轻松实现用Visio画UML类图

本节和大家一起学习一下用Visio画UML类图的方法,主要有四个步骤,这里和大家分享一下,相信通过本节的学习,你对Visio画UML类图的步骤一定会有所了解. 用Visio画UML类图对于画类图的工具很多,曾经学过用starUML画类图,但这个是用于Java语言的,对于用vs编程C++语言,个人感觉用visio会好一点.以下用以前面的俄罗斯方块游戏中的一个Block类为例来讲述. 1.首先创建一个类图.接下来我们要做一下准备工作,因为我们这里用了PSDK中的POINT类型,在种数据类型在vis…

用Visio画UML顺序图

1.顺序图顺序图又称为时序图,顾名思义,它着重表现的是对象间消息传递的时间顺序.顺序图描述的对象也是一个用例,即一组行为操作,而它表现的是这组行为的先后关系(纵坐标),以及每个行为是属于哪个对象的(横坐标). 作用:用对象间的交互来描述用例. 组成成分:参与者.对象对象的生命线:用于表示某段时间内该对象是存在的,表示对象的生存时间. 消息:表示对象间的通信.当收到消息后,接收消息的对象立即开始执行活动,起到激活对象的作用.通常用消息名和参数表来标识. 横坐标:表示不同的对象.对象的左右顺序不…

matlab中，在灰度解剖图上叠加阈值图，by by DR. Rajeev Raizada

1.参考 reference 1. tutorial主页:http://www.bcs.rochester.edu/people/raizada/fmri-matlab.htm. 2.speech_brain_images.mat数据:speech_brain_images.mat. 3.showing_brain_images_tutorial显示大脑图像代码:showing_brain_images_tutorial.m . 4.overlaying_Tmaps_tutorial.m叠加t检…

R包——ggplot2（二）

关于ggplot包(二) 关于ggplot包(二) 标尺(Scale) 从前面可以看到,画图其实就是在做映射,不管是映射到不同的几何对象上,还是映射各种图形属性.在对图形属性进行映射之后,使用标尺可以控制这些属性的显示方式,如坐标刻度,如颜色属性. > ggplot(small)+geom_point(aes(x=carat,y=price,shape=cut,colour=color))+scale_y_log10()+scale_colour_manual(values=rainbow(7)…

R 包

[下面列出每个步骤最有用的一些R包] .数据导入以下R包主要用于数据导入和保存数据: feather:一种快速,轻量级的文件格式:在R和python上都可使用 readr:实现表格数据的快速导入 readxl:读取Microsoft Excel电子表格数据 openxlsx:读取Microsoft Excel电子表格数据 googlesheets:读取google电子表格数据 haven:读取SAS,SPSS和Stata统计软件格式的数据 httr:从网站开放的API中读取数据 rvest:网…

如何创建R包并将其发布在 CRAN / GitHub 上--转载

转载--https://www.analyticsvidhya.com/blog/2017/03/create-packages-r-cran-github/ 什么是 R 包?我开始创建 R 包的原因是?创建包的好处和挑战必要条件开始创建你的第一个包发布包向CRAN 做贡献后的体验附加提示Additional resources 1. 什么是 R 包? R 包就是一个可重复使用的 R 函数,附带有关如何使用的标准.简要说明文档.有时,包还附带简单的数据. 直至今日,CRAN 上有 10000多个…

HighCharts画时间趋势图，标示区以及点击事件操作

最近在用HighCharts画趋势图,如果按照设计文档上来画那太复杂了,于是根据自己多年的经验改动了设计文档,添加了highcharts的标示区,然而我也发现,最后一次画highchart趋势图还是在2年前,现在居然都不知道怎么画了(其实也不是不会画,只不过给的开发时间紧,而且我又是个急子,所以觉得加速完成,然而越急就越画不好,这点我离葛经理还差很远,所以要加强这方面的培训),熟悉之后才慢慢从它的API中解脱出来,下面贴代码吧: $(function () { $.fn.zTree.init($…

Matlab plotyy画双纵坐标图实例

Matlab plotyy画双纵坐标图实例 x = 0:0.01:20;y1 = 200*exp(-0.05*x).*sin(x);y2 = 0.8*exp(-0.5*x).*sin(10*x);[AX,H1,H2] = plotyy(x,y1,x,y2,'plot'); set(AX(1),'XColor','k','YColor','b');set(AX(2),'XColor','k','YColor','r'); HH1=get(AX(1),'Ylabel');set(HH1,'Strin…

转载：线性回归建模–变量选择和正则化（1）：R包glmnet

2013-07-15 21:41:04 #本文的目的在于介绍回归建模时变量选择和正则化所用的R包,如glmnet,ridge,lars等.算法的细节尽量给文献,这个坑太大,hold不住啊. 1.变量选择问题:从普通线性回归到lasso 使用最小二乘法拟合的普通线性回归是数据建模的基本方法.其建模要点在于误差项一般要求独立同分布(常假定为正态)零均值.t检验用来检验拟合的模型系数的显著性,F检验用来检验模型的显著性(方差分析).如果正态性不成立,t检验和F检验就没有意义. 对较复杂的数据建模(…

vue中使用echarts画饼状图

echarts的中文文档地址:https://echarts.baidu.com/tutorial.html#5%20%E5%88%86%E9%92%9F%E4%B8%8A%E6%89%8B%20ECharts 采用按需引入的方式安装echarts包就不说了,上一篇有代码今天来看看如何画饼状图 <template> <div> <div class="pie"> <div id="pie1"> <!-- 为…

公司人员组织架构图用思维导图软件MindManager怎么做

有朋友一直不太明白组织架构图怎么做,其实组织架构图就是组织结构图.小编今天就在这里以一个公司为例,来给大家演示一番人员组织结构图怎么做. 老规矩,先说一下小编使用的软件跟电脑系统,这里用的是MindManager2019年版本(win10系统),首先我们点击右上角文件两个小字,在点击新建,就可以找到MindManager软件"模板主页"里面的"空白模板",再从"空白模板"里面找到我们想要的"组织结构图导图".这是组织结构图怎么…

IntelliJ IDEA 还能画思维导图，果然最强 IDE！

最近栈长发现 IntelliJ IDEA 居然还能画思维导图,太牛逼了! 当然这得借助 IDEA 的 UML 插件,因为它本身也是一个 UML 图,所以这篇就从 UML 图开撕,看 IDEA 怎么画思维导图,顺便带大家了解下什么是 UML 图. 什么是 UML? UML 全称:Unified Modeling Language,统一建模语言,由 OMG 组织(Object Management Group 对象管理组织)于 1997 年发布. UML 是面向对象设计的建模工具,是独立于任何具体程…

多组学分析及可视化R包

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi…