需求 我有一个物种taxonomy ID的list,想获得相应的物种名,不要一个个去NCBI Taxonomy官网查.反之根据物种名list查询对应的taxid. 实现 因为之前没怎么用过,我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配.一般下载下来的数据库会有names.dmp和nodes.dmp文件,分别是物种层级关系文件和taxid与物种名对应文件.但我想要的只是species这个层级的,所以要结合这两个文件写个小程序才能实现,并且很可能出错,因为我不知道到底哪个才是标准…

MetaboAnalyst是做代谢的R包,功能十分强大.也开发了web版本,代谢组学的分析这里不介绍,主要讲讲它开发的多组学分析的相关内容. 既然是做代谢的工具,即使是增加了多组学内容,肯定也是以代谢为核心.以代谢组为中心的多组学分析想想无非就是以下几点:多元变量统计分析.网络分析.pathway分析以及mGWAS或宏组学等,这个工具就有网络分析和pathway分析.下面我们一起来试试. 网络分析 我们先看看网络分析.我这里使用软件提供的demo数据,点击进去后,会有两种ID类型供选择.第一种是…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi…

OMICtools可谓是组学研究的航空母舰,其收集了基因组学.转录组学.蛋白质组学和代谢组学等分析研究常用的4400余个工具和数据库.它允许用户submit自己的工具/数据库,每一个上传的工具/数据库都按照用途进行了分类,有相应的描述和链接,并且可以对这些工具/数据库作出评价,以利于他人借鉴和使用.网站:http://omictools.com/ Figure OMICtools structuration. (A) Classification by technologies. (B) Cla…

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

发表时间: (2019年4月) IF:3.950 单位: Fujian Provincial Key Laboratory of Soil Environmental Health and Regulation, College of Resources and Environment, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China 物种:Geobacter sulfurreducens 技术:三…

文献名:Untargeted lipidomics reveals specific lipid abnormality in nonfunctioning human pituitary adenomas(非靶向脂质组学揭示非功能人类脑垂体瘤中的特异性脂质) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2020年1月) IF:3.78 单位:中国科学院大连物理化学研究所 技术:非靶向脂质组学 一. 概述: 无功能垂体腺瘤(functionless pituit…

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

文献名:Development of a High Coverage Pseudotargeted Lipidomics Method Based on Ultra-High Performance Liquid Chromatography−Mass Spectrometry(基于超高效液相色谱-质谱法的高覆盖拟靶向脂质组学方法的开发) 期刊名:Analytical Chemistry 发表时间:(2018年5月) IF:6.38 单位: 中国科学院大连化学物理研究所 中国科学院大学 生物材料…

炎症 (inflammation) 是机体对致炎因子的损伤所发生的一种以防御反应为主的基本病理过程.翻译后修饰(PTMs)在调节多种炎症信号通路中起着重要作用,如磷酸化(phosphorylation,P).泛素化(ubiquitination,Ub)和乙酰化(acetylation,Ac)已报道对病原体识别受体(PRR)依赖性炎症反应有多种影响.已有许多研究探讨了PTMs在先天免疫中的作用,但对其中PTM的动态变化,尤其是不同PTM间的Crosstalk却依然知之甚少. 近日,浙江大学附属第一…

本次课程主题为<基于LC-MS的非靶向代谢组学>,主要分为代谢组学简介.代谢组学技术简介.非靶向代谢组学方法和数据采集.非靶向代谢组学数据分析和代谢物结构鉴定几个方面. 一.代谢组简介 基因组学--What can happen:转录组学--What appears to be happening:蛋白组学--What make it happen:代谢组学--What has happened and is happening,这里代谢组反映的是整个生命体最末端的活动,比如产生能量.物质等.…

目录 需求 实现 需求 我有一个物种taxonomy ID的list,想获得相应的物种名,不要一个个去NCBI Taxonomy官网查.反之根据物种名list查询对应的taxid. 实现 因为之前没怎么用过,我的第一个想法是通过下载到集群的taxonomy数据库文件来匹配.一般下载下来的数据库会有names.dmp和nodes.dmp文件,分别是物种层级关系文件和taxid与物种名对应文件.但我想要的只是species这个层级的,所以要结合这两个文件写个小程序才能实现,并且很可能出错,因为我不知…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士 物种:人细胞系 技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜 一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋…

入门课程 伯明翰大学: Metabolomics: Understanding Metabolism in the 21st Century 数据处理 阿拉巴马大学伯明翰分校5年(2013-2018)workshop: Metabolomics Workshop…

描述 n 个小伙伴(编号从 0 到 n-1)围坐一圈玩游戏.按照顺时针方向给 n 个位置编号,从0 到 n-1.最初,第 0 号小伙伴在第 0 号位置,第 1 号小伙伴在第 1 号位置,……,依此类推. 游戏规则如下:每一轮第 0 号位置上的小伙伴顺时针走到第 m 号位置,第 1 号位置小伙伴走到第 m+1 号位置,……,依此类推,第n − m号位置上的小伙伴走到第 0 号位置,第n-m+1 号位置上的小伙伴走到第 1 号位置,……,第 n-1 号位置上的小伙伴顺时针走到第m-1 号位置. 现在…

双机热备的概念简单说一下,就是要保持两个数据库的状态 自动同步.对任何一个数据库的操作都自动应用到另外一个数据库,始终保持两个数据库数据一致. 这样做的好处多. 1. 可以做灾备,其中一个坏了可以切换到另一个. 2. 可以做负载均衡,可以将请求分摊到其中任何一台上,提高网站吞吐量.  对于异地热备,尤其适合灾备.废话不多说了.我们直接进入主题. 我们会主要介绍两部分内容: 一, mysql 备份工作原理 二, 备份实战 我们开始. 我使用的是mysql 5.5.34, 一, mysql 备份工作…

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至…

目录 1. eggNOG简介 2. eggNOG-Mapper注释原理 3. eggNOG 5.0数据资源 4. eggNOG-Mapper使用 5. NOG.KOG.COG.KEGG.GO区别? 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了,需要更新.在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology reso…

说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可.但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程. 安装 这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse. lefse下载地址:https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/.这个网站有丰富的学习内容和教程,包括MetaPhIAn等流程,有时间去好好看看. lefse放在了bitbucket上,克隆…

目录 一.iMetaLab简介 二.内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages 5. Web development libraries and frameworks 三.报告内容 1. 谱图肽段ID统计 2. 肽段鉴定结果分析 3. 蛋白鉴定结果分析 4. 物种分析 5. 功能分析 MetaMep fo…

文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Proteome Res 发表时间: (2019年10月) IF:3.78 技术:宏蛋白质组综述   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 过去的十年中,宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据.尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据,但是对其功能的认识还不清楚,最重要的是,这些蛋白质分子…

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方式可以让我一个表存到两个数据库文件中,或者说怎么把一个表的数据平摊到其他数据库文件中?” (⊙o⊙)…,逆天数据库优化不是很强悍,不过类似的情景倒是见过,可以给你一个思路.比如说我们在创建数据库的时候就可以好好利用文件组. 举个例子: 我们一般创建数据库都是这么来的: create database…

窗体: 分为数据操作窗体,它包括单页.多页.连续.子窗口 控制窗体 信息交互窗体 窗体三种视图:“设计”视图.“窗体”视图.“数据表”视图 窗体建立的五种方式: 一:自动创建窗体 二:窗体向导(一对多关系可以选择带子窗体的窗体) 三:设计视图 四:图表向导(如果同时存在轴和系列好么数据只能有一个) 五:数据透视表向导创建类似于交叉表式的窗体.需要EXCEL的支持 自动创建窗体的三种样式:纵栏式.表格式.数据表窗体 设计视图窗口的构成: 五个区域,每个区域称为“节”,分别称为“窗体页眉”.“页面页…

ylbtech-AI-Info-Micron:人如其食:人工智能和人类微生物组 1.返回顶部 1. 人如其食:人工智能和人类微生物组 “相信你身体发出的信号”,的确是一个很好的建议.研究人员在不遗余力地向我们展示,我们体内的肠胃等器官状态对我们的生活质量有着具有巨大且往往看不见的影响. 消化道和皮肤上的细菌.真菌.病毒和原生动物被称为微生物群系或微生物组,会对我们的健康.福祉.情绪.寿命甚至体重产生重大影响.微生物组研究人员认为,就人类生命而言,微生物组扮演的角色可能与 DNA 同等重要. 微生…

不学C光搞PHP不知道还有这种东西-函数式宏,宏前面学过了Macro,编译器在对代码进行编译时会对宏表达式进行展开替换,这样宏就起到了全局变量的作用,这里函数式宏也是类似,编译器进行编译时按函数表达是进行替换展开,实现了函数的功能,不过这种函数式宏和自定义函数还是有区别的. 利用函数式宏计算两个数的平方和 #include <stdio.h> #define squares_sum(x,y) {x*x+y*y}      //这里就是定义函数式宏,但是这里不用返回,也不用给形参指定数据类型 比…

本文始发于个人公众号:TechFlow 谈及机器学习,大家想必会有许多联想,比如最近火热的人工智能,再比如战胜李世石的AlphaGo,甚至还会有人联想起骇客帝国或者是机械公敌等经典机器人电影. 但实际上目前机器学习虽然应用广泛,但是在各大互联网公司当中,最主要的应用场景变化并不大.基本上还是延续从前的三板斧——搜索.推荐.广告.今天,我们就来聊聊其中的大头——搜索.搜索算法在互联网公司最大的用户就是搭建搜索引擎,而搜索引擎几乎是各大互联网公司的标配,无论是电商.社区还是社交软件,都离不开搜索引擎…

期刊名:JPR 发表时间:(2019年12月) IF:3.780 单位:Grupo de Investigación de Reumatología (GIR), Unidad de Proteómica, INIBIC − Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, SERGAS, Universidad de A Coruña, A Coruña 15006, Spain 研究对象:风湿和自身免疫疾病 技术:文献挖掘   一.…

一.环境.[grid@rhel2 ~]$ cat /etc/issueRed Hat Enterprise Linux Server release 5.5 (Tikanga) Kernel \r on an \m[grid@rhel2 ~]$ uname -aLinux rhel2.localdomain 2.6.18-194.el5 #1 SMP Tue Mar 16 21:52:39 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux[root@rhel2 bi…