人类及其他物种基因组DNA之问

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人类及其他物种基因组DNA之问

问题1 : 不同人类个体的基因组长度总长是不是一样,如果不一样,那么人类基因组长度排序和范围区间是如何控制的?最短是多少,最长是多少?如果一样,如何理解基因的插入与缺失,INDEL等现象,如何平衡的呢? 附: 植物和高等生物在问题1的规律面前是不是对等的,一致的,这个法则普适用于全地区生物吗? 时间:2018-06-08 于南京问题也许很低级,我觉得很有意思,对长度的问题展开,意义与价值无穷,看似一个非常简单,非常基础的生物学问题,为何所有的搜索引擎在这方面的阐述那么少呢.…

【annotation】非人类物种基因组注释（MSU为例）

基因组注释工具ANNOVAR是一款非常好用的注释软件,功能强大,输出数据简单美中不足就是对于非人类物种来说UI不够完善,因此总结一下整个注释的过程,帮助别人快乐自己. 首先我们需要明确我们需要的数据和软件: 数据包括: all.gff3 #MSU的v7.0版本组装的注释文件 all.con #基因组序列这样就是所有的输入文件了,现在我们列举一下需要用到的软件: gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred (建库需要的文件) annov…

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生任鲁风于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G…

人类创造未来的思想先锋：这些 TED 演示深深震撼着我们

今年亮点之一是谷歌创始人拉里佩奇的演讲.他有一个核心观点:特别成功的公司,是那些敢于想象未来,并付出行动创造未来的公司.这听上去是老生常谈,但又确实是个真理.他实际上想说预测未来的最好方式就是创造它,这就是硅谷一直以来在做的事情.在佩奇提到的众多谷歌"未来项目"中 ,安卓就是其中一例. 这个项目最初看上去和它挣钱的主业没有关系,但恰是谷歌作为一家公司的真正风格. 谷歌从来就没想把自己局限于搜索引擎,它的口号是"组织全球信息." 谷歌的眼光远远不在当下,而是投向未来…

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

如何下载一个物种的全部EST序列 | NCBI | 表达序列标签

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载…