#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; input_fastq trim_length}; ; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die "Can't open $fastq\n"; while (my $readid = <FASTQ>) { chomp $readid; chomp (my $sequence = <FASTQ>…

测序数据中经常会接触到fastq格式的文件,比如说拿到fastq格式的原始数据后希望查看测序碱基的质量并去除低质量碱基.一般而言大家都是用现有的工具,比如说fastqc这个Java写的小程序,确实很好用,运行速度快,检查的项目也多.有时候我们也需要对这些数据进行个性化的分析,那么这个时候这些小工具就不能胜任了,需要我们自己写程序(脚本)来处理.本人目前才疏学浅,因此只有一下三种方案: 1.完全自己写脚本,读取每一行,手动解析,然后实现个性化分析.(显然这个比较慢,相当于重造了一个转速很慢的轮子)…

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX…

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include…

在生信处理流程中,从最初的fastq文件,经过分析处理后,会生成一堆的后续文件,如何在流程中合理的命名呢? 通常在批处理模式中,我们会得到多个样本*.fastq(或*.fq.*.fastq.gz.*.fq.gz)路径名文件sample.txt.如下所示: /home/yhwang/sample/sampe01_R1.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sample01_R2.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sampe…

1.截取linux文件存储路径方法 package com.tydic.eshop.action.freemarker; public class dddd { public static void main(String[] args) { String strParentUrl = "/home/tomcat7/ecp/t8086/webapps/ecp/FreeMarker/1463766670142/error/html/index.html"; String[] s = st…

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of…

Perl遍历查找文件 使用Perl查找当前目录下的所有PDF文件 ****************************************************************************************************************************** #!/usr/bin/perl -w use strict; use warnings; use File::Find; my $local_file = "./"; s…

使用Perl批量读取文件最后行 面对成百上千个文件,有时我们需要查看它的最后行,单个文件打开将耗费大量时间,而通过Perl提取出最后行,将快速的帮助我们处理繁琐的事务. 特性 整个目录完全遍历,自动提取最后行 提取出的文件结构 Perl代码 #!/usr/bin/perl use warnings; ########################################### #./readlast_line.pl log/ ##############################…

将fasta文件线性化处理 awk '/^>/ {printf("%s%s\t",(N>0?"\n":""),$0);N++;next;} {printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' < input.fa cat Rmh.fasta | awk '{printf("%s%s",$0,((NR+1)%2==1?"\n"…