python实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0…

【循序渐进学Python】3. Python中的序列——字符串

字符串是零个或多个的字符所组成的序列,字符串是Python内建的6种序列之一,在Python中字符串是不可变的. 1. 格式化字符串字符串格式化使用字符串格式化操作符即百分号%来实现.在%左侧放置一个字符串(格式化字符串),而右侧则放置希望格式化的值(可以是元组或字典等). 注意: 如果格式化里面包含了百分号,那么必须使用%%,这样Python就不会将百分号误认为是转换说明符了. 基本的转换说明符包含以下部分,注意其中的顺序: %字符:标记转换说明符的开始转换标识(可选):-表示左对齐:+表…

Python基础系列----序列（列表、元组、字符串）

1.定义 1.数据结构:通过某种方式组织在一起的数据元素的集合.这些数据元素可以说数字或者字符,甚至可以是其他数据结构.在python中,最基本的数据结构是序列. 2.索引:序列中的每个元素被分配一个序号.注意索引默认从0开始. 在python中,内建了6中序列:列表.元组.字符串.unicode字符串.buf…

python类型-序列-字符串

python中单引号和双引号的含义是一样的.字符串是一种直接量或者说是一种标量,是不可变类型,字符串是由独立的字符组成的,并且这些字符可以通过切片操作顺序的访问. python实际有三类字符串:通常意义的字符串(str)和Unicode字符串(unicode)实际上都是抽象类basestring的子类,不能实例化. 字符串的创建:直接赋值astring='abc'或者使用str()函数bstring=str(range(4)) 访问字符串:使用方括号加一个或者多于一个索引的方式获得子串改变字符…

Python基础：序列（字符串）

一.概述字符串类似于C中的字符数组(功能上更像C++中的string),它是由一个个字符组成的序列.与C/C++不同的是,Python中没有字符这个类型,而是用长度为1的字符串来表示字符的概念. 二.分类 Python中的字符串共有2种:ASCII字符串(str)和 Unicode字符串(unicode).每一种字符串又可以进一步划分:根据对转义字符处理方式的不同,分为常规字符串和原始字符串:根据字符串是否跨行,分为单行字符串和跨行字符串.每一个字符串的字面值既可以包…

Python使用函数实现把字符串转换成整数

需求:假设Python没有提供内置函数int如果使用函数方式实现把一串字符串转换成整数例如把字符串‘12345‘转换成整数12345 思路 1,字符串也是序列可以使用map函数处理分割成一个列表 2,使用reduce函数处理生成的列表计算出最终转换的整数结果 #导入reduce函数模块 from functools import reduce #定义reduce函数处理逻辑把数字列表进过处理生成整数 def fn(x,y): return x*10+y #定义map函数逻辑把数字字符串生成列表如…

Python序列——字符串

字符串 1 string模块预定义字符串 2 普通字符串与Unicode字符串 3 只适用于字符串的操作 4 原始字符串 5 Unicode字符串操作符内建函数 1 标准类型函数与序列操作函数 2 字符串类型函数字符串内建函数字符串特有性质 1 转义字符 2 三引号 3 字符串是不可变数据类型本文介绍Python序列中的字符串. 1. 字符串字符串支持序列操作. 1.1 string模块预定义字符串 >>> import string >>> string.a…

python基础之序列类型的方法——字符串方法

python基础之序列类型的方法--字符串方法 Hello大家好,我是python学习者小杨同学,经过一段时间的沉淀(其实是偷懒不想更新),我终于想起了自己的博客账号,所以这次带来的是序列方法的后半部分:字符串的方法. 接上述的列表和元组的方法,我们这次来讲讲字符串的方法,现在我们一起开始学习吧. 注:字符串是不可变类型,改.删的操作将会改变原有字符串,说人话就是改了以后它就不是原来的那个它了(滑稽). 查 index()方法与列表相同,index查询指定元素的下标值,如果没有该元素,则抛出错…

利用Python【Orange】结合DNA序列进行人种预测

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes ===================…

python 数字和字符串转换问题

一.python中字符串转换成数字 (1)import string tt='555' ts=string.atoi(tt) ts即为tt转换成的数字转换为浮点数 string.atof(tt) (2)直接int int(tt)即可. 二.数字转换成字符串 tt=322 tem='%d' %tt tem即为tt转换成的字符串…

python将字符串转换成整型

将字符串转换成,整型,从字面理解很容易让人误会. 比如,要把这个"abcabc"转换成整型,臣妾做不到啊.除成转成ascii. 我们所说字符串转成整型是这样的. s = " s = "12.12" 我们自己写一个函数,来实现这个转换. 思想:python提供转换成整型用int()这关键字,那么,如果我这样int('12') int(12.12)这样是可以转成整型的.但是如果int('abc') int('12.12') 会报类型错误那么我们就利用无法转换…

Python技巧——list与字符串互相转换

Python技巧——list与字符串互相转换在Python的编程中,经常会涉及到字符串与list之间的转换问题,下面就将两者之间的转换做一个梳理. 1.字符串转换成list 命令:list() 例子: 2.list转换成字符串命令:"".join(list) 其中,引号中是字符之间的分割符,如“,”,“;”,“\t”等等例子:…

Python技巧—list与字符串互相转换

Python技巧-list与字符串互相转换在Python的编程中,经常会涉及到字符串与list之间的转换问题,下面就将两者之间的转换做一个梳理. 1.list转换成字符串命令:list() 例子: 2.字符串转换成list 命令:"".join(list) 其中,引号中是字符之间的分割符,如",",";","\t"等等例子:数据分析师培训…

python将字符串转换成对应的python数据类型--eval和json.loads(),json.dumps()

eval()和json.loads() 都可以将字符串转换成对应的python数据类型,举个字典的例子,同样适合其他数据类型元组.列表.集合. In [3]: ss = '{"a":1,"b":2}' In [4]: type(eval(ss)) Out[4]: dict In [7]: type(json.loads(ss)) Out[7]: dict json一种轻量级数据交换格式,可以将json对象当作比较特殊的字符串,eval与json.loads都可以将大…

python :eval将字符串转换成字典

#将字符串打印成字典 b=''' {'record': {'weight':20,'server':'100.1.7.9','maxconn':50},'backend': 'www.oldboy.org' } ''' c=eval(b)# eval字符串转换成字典 print(c)…

剑指offer——python【第49题】把字符串转换成整数

题目描述将一个字符串转换成一个整数(实现Integer.valueOf(string)的功能,但是string不符合数字要求时返回0),要求不能使用字符串转换整数的库函数. 数值为0或者字符串不是一个合法的数值则返回0. 示例输入 +2147483647 1a33 输出 2147483647 0 题目描述因为题目要求不能用库函数,这就很头疼..然后百度了一下,说是可以把字符串转化为ascii码(的十进制值),对照表http://ascii.911cha.com/,转换函数是ord,也就是返…

python note 02 格式化与判断、字符串转换

1.格式化输出% %s %d name = input ('请输入姓名:') age = input ('请输入年龄:') height = input ('请输入身高:') msg = "我叫%s,今年%s身高%s" %(name,age,height) print(msg) name = input('请输入姓名:') age = input('请输入年龄:') job = input('请输入工作:') hobbie = input('你的爱好:') msg = '''-----…

python实现字符串转换整数

实现一个函数,使其能将字符串转换成整数. 首先,该函数会根据需要丢弃无用的开头空格字符,直到寻找到第一个非空格的字符为止. 当我们寻找到的第一个非空字符为正或者负号时,则将该符号与之后面尽可能多的连续数字组合起来,作为该整数的正负号:假如第一个非空字符是数字,则直接将其与之后连续的数字字符组合起来,形成整数. 该字符串除了有效的整数部分之后也可能会存在多余的字符,这些字符可以被忽略,它们对于函数不应该造成影响. 注意:假如该字符串中的第一个非空格字符不是一个有效整数字符.字符串为空或字符串仅包含…

python将科学计数法表示的数值的字符串转换成数值型数据

今天碰到一个问题,需要将科学计数法表示的数值的字符串转换成数值型数据参与算术运算, 然而,当使用int()方法进行转换时,直接报错了,如下: 然后在网上找转换方法,始终没有找到合适的方法,有的是自己写一个函数进行转换,太繁琐了. 偶然想到了float()方法,试一试: 成功转换,看来科学计数法表示的数值的字符串得用float()方法,分享一下.…

Python学习三---序列、列表、元组

一.序列 1.1.序列概念 pythn中最基本的数据结构是序列(sequence). 序列中每个元素被分配一个序号-元素索引,第一个索引是0,第二个是1,以此类推.类似JAVA中数组和集合中的下标. 从后向前,最后一个索引是-1,-2,.... python包含6种内建序列.最常用的两种类:列表和元组,其它内奸序列类型有字符串.Unicode字符串.buffer对象和xrange对象. 列表和元组的主要区别在于,列表可以修改,元组不能修改. 添加元素就用列表. 由于一些原因不能修改时就用元组.…

Python 中的反转字符串：reversed()、切片等

摘要:以相反的顺序反转和处理字符串可能是编程中的一项常见任务.Python 提供了一组工具和技术,可以帮助您快速有效地执行字符串反转. 本文分享自华为云社区<Python 中的反转字符串:reversed().切片等>,作者: Yuchuan . 当您经常在代码中使用 Python 字符串时,您可能需要以相反的顺序使用它们.Python 包含一些方便的工具和技术,可以在这些情况下为您提供帮助.使用它们,您将能够快速有效地构建现有字符串的反向副本. 了解这些在 Python 中反转字符串的工具和…

Python之列表、字符串、元组和字典的基本用法

1 模块初识 Python的强大之处在于他有非常丰富和强大的标准库和第三方库,几乎你想实现的任何功能都有相应的Python库支持,以后的课程中会深入讲解常用到的各种库,现在,我们先来象征性的学2个简单的. sys模块 import sys print(sys.argv) 输出结果 ['D:/python project/基础课程/Day2_2016-7-30/博客测试专用.py']- 打印出这个Python文件的路径 os模块 import os os.system("df -h")…

python学习笔记一--字符串

一.字符串: (一)字符串里单个元素的操作 1. 单个字符(元素)的序列组合. 2. 序列:单个字符的位置 3. 序列的操作:内置函数len获取长度,加位置索引 4. 获取字符串的里的元素:正向索引+反向索引 (二)字符串里多个元素的操作:分片 1. X[I:J]:取出X中从偏移量为I,直到但不包括偏移量为J的元素. 2. 一个分片中,左边界默认为0,并且右边界默认为分片序列的长度. 3. 作为序列,字符串支持使用加号进行合并,或重复. (三)字符串的内置方法及函数的调用: 1. 查询字符串支持…

python学习第九讲,python中的数据类型,字符串的使用与介绍

目录 python学习第九讲,python中的数据类型,字符串的使用与介绍一丶字符串 1.字符串的定义 2.字符串的常见操作 3.字符串操作 len count index操作 4.判断空白字符,判断数字 5.字符串的查找跟替换 6.字符串文本对齐 7.字符串去除空白字符 8.字符串的拆分跟拼接 9.字符串的切片二丶 python中的内置函数 1.内置函数 5.1 Python 内置函数三丶数据类型中的常用运算符 1.运算符 2.成员运算符四丶完整的for运算符 1 完整的 for 循环…

Python基础：数据类型-字符串（7）

1.字符串基本操作字符串是由字符组成的一串字符序列,字符串是有顺序的,从左到右,索引从0开始,依次递增. Python中字符串类型:str. Python中字符串的三种表示方式: (1)普通字符串:采用单引号(')或双引号(")括起来的字符串. (2)原始字符串(raw string):在普通字符串的前面加 r,字符串中的特殊字符不需要转义. (3)长字符串:字符串中包含换行.缩进等排版字符,使用三重单引号(''')或三重双引号(""")括起来的字符串. 1.1…

python学习之初识字符串

刚接触一门语言时,字符串是很容易遇到的, 例如要从读入或者写出, 字符串与数字间的转换等. 由于字符串, 列表和元组等类型具有一定的共性(由对象组成的序列,如字符串是字符序列), 在Python中统称为序列类型, 所以字符串的许多操作跟其他序列类型的操作是一样的. 1. 字符串的创建字符串的创建跟其他的语言没有什么大的区别,直接 aStr='hello world' 就可以创建, 在Python中, 创建字符可以用单引号, 也可以用双引号. 特别的, 用双引号定义可以定义包含单引号的字符串,…

Python基础总结（字符串常用，数字类型转换，基本运算符与流程控制）

一.字符串常用操作 #Python strip() 方法用于移除字符串头尾指定的字符(默认为空格) name='*egon**' print(name.strip('*'))#移除 name 变量对应的值两边的*,并输出处理结果 print(name.lstrip('*'))#移除 name 变量左边的*,并输出处理结果 print(name.rstrip('*'))#移除 name 变量右边的*,并输出处理结果 #startswith,endswith name='alex_SB' print…