示例代码: data <- mtcars[1:10, ] hc <- hclust(dist(data)) hcd <- as.dendrogram(hc) par(mfrow = c(1, 2)) par(mar = c(1,1 , 1, 0)) plot(hcd, horiz = T, yaxs = "i", axes = F, leaflab = "none") sep <- 5 * max(strwidth(rownames(data…

Molecular Architecture of the Mouse Nervous System 表示亲缘关系的树状图解 先看文章里是怎么做的: Dendrogram construction All linkage and distance calculations were performed after Log2 transformation. log2转换,很好理解. The starting point of the dendrogram construction was the…

统计学上分布有很多,在R中基本都有描述.因能力有限,我们就挑选几个常用的.比较重要的简单介绍一下每种分布的定义,公式,以及在R中的展示. 统计分布每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数函数,r――随机数函数.比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm.下面我们列出各分布后缀,前面加前缀d.p.q或r就构成函数名:norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心) unif:均匀,exp:指数,wei…

目前已知matlab的聚类方法有三种: 一.利用 clusterdata函数对样本数据进行一次聚类,其缺点为可供用户选择的面较窄,不能更改距离的计算方法: 二.层次聚类,该方法较为灵活,需要进行细节了解聚类原理,具体需要进行如下过程处理: (1)找到数据集合中变量两两之间的相似性和非相似性,用pdist函数计算变量之间的距离: (2)用 linkage函数定义变量之间的连接: (3)用 cophenetic函数评价聚类信息: (4)用cluster函数创建聚类. 三.划分聚类,包括K均值聚类和K…

clear load fisheriris X = meas; m = size(X,2); % load machine % load census % % X = meas; % X=X(1:2000,:); d = pdist(X,'euclidean'); Z = linkage(d,'ward');%Create a hierarchical binary cluster tree using linkage % [Hr,Tr]=dendrogram(Z, 0); %generates…

Determining the number of clusters/segments in hierarchical clustering/segmentation algorithms 由于unique函数在这里找矩阵不同元素的时不能有效得到,所以自己编了小程序实现. Matlab codeL: clear load fisheriris figure(1) Z = linkage(meas,'ward','euclidean');%Create a hierarchical binary…

heatmap.2 {gplots} R Documentation Enhanced Heat Map Description A heat map is a false color image (basically image(t(x))) with a dendrogram added to the left side and/or to the top. Typically, reordering of the rows and columns according to some set…

Matlab聚类分析[转] Matlab提供系列函数用于聚类分析,归纳起来具体方法有如下: 方法一:直接聚类,利用clusterdata函数对样本数据进行一次聚类,其缺点为可供用户选择的面较窄,不能更改距离的计算方法,该方法的使用者无需了解聚类的原理和过程,但是聚类效果受限制. 方法二:层次聚类,该方法较为灵活,需要进行细节了解聚类原理,具体需要进行如下过程处理:(1)找到数据集合中变量两两之间的相似性和非相似性,用pdist函数计算变量之间的距离:(2)用 linkage函数定义变量之间的连接…

数据结构 创建向量和矩阵 函数c(), length(), mode(), rbind(), cbind() 求平均值,和,连乘,最值,方差,标准差 函数mean(), sum(), min(), max(), var(), sd(), prod() 帮助文档 函数help() 生成向量 seq() 生成字母序列letters 新建向量 Which()函数,rev()函数,sort()函数 生成矩阵 函数matrix() 矩阵运算 函数t(),矩阵加减 矩阵运算 矩阵相乘,函数diag() 矩阵…

近期做图像的时候,突然有个idea,须要进行聚类,事实上算法非常easy,可是当时非常急.就直接使用了scipy的cluster. 使用起来事实上非常easy,可是中文的文章非常少,所以就简单的介绍一下.感兴趣的也能够自己去看一下英文的文档:http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/cluster.html. 这是我从stackoverflow看到的一个demo.假设仅仅是简单的使用cluster.这样就能够了. import scipy import…