NGS ngs(hisat,stringtie,ballgown) #HISAT (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts) is a highly efficient system for aligning reads from RNA sequencing experiments. HISAT uses an indexing scheme based on the Burrows-Wheeler transfor…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

HISAT2+StringTie+Ballgown安装及使用流程 2015年Nature Methods上面发表了一款快速比对工具hisat,作为接替tophat和bowtie的比对工具,它具有更快的比对速度和更高的比对率,最近把这个流程走完一遍,感觉优势还是很明显的. 一.HISAT2: 1.下载安装: hisat2下载地址:ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip his…

不多说,直接上干货! 说在前面的话   重新试多几次.编译过程中会出现下载某个包的时间太久,这是由于连接网站的过程中会出现假死,按ctrl+c,重新运行编译命令.  如果出现缺少了某个文件的情况,则要先清理maven(使用命令 mvn clean) 再重新编译.  Spark源码编译的3大方式 1.Maven编译 2.SBT编译  (暂时没) 3.打包编译make-distribution.sh 注意的是,spark1.6.X 需要搭配1.7.x的jdk和maven3.3.3版本    spar…

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_…

hisat2+stringtie+ballgown Posted on 2016年11月25日 早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦!http://www.bio-info-trainee.com/1022.html ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用.我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软…

什么是服务? 服务提供了一种能在应用的整个生命周期内保持数据的方法,它能够在控制器之间进行通信,并且能保证数据的一致性. 服务是一个单例对象,在每个应用中只会被实例化一次(被$injector实例化),并且是延迟加载的(需要时才会被创建).服务提供了把与特定功能相关联的方法集中在一起的接口.(此解释来源于AngularJS权威教程). 在笔者的认知中,服务就是用来创建数据,存储数据,也可以向后台请求数据的一个很特别的“领域”,除此之外,服务还能与控制器之间进行紧密的通信,保证数据能通过控制器显示…

从0开始搭建SQL Server AlwaysOn 第一篇(配置域控) 第一篇http://www.cnblogs.com/lyhabc/p/4678330.html第二篇http://www.cnblogs.com/lyhabc/p/4682028.html第三篇http://www.cnblogs.com/lyhabc/p/4682986.html第四篇http://www.cnblogs.com/lyhabc/p/6136227.html AlwaysOn是SQL Server2012推出…

前言: 不要问我框架为什么从收费授权转到免费开源,人生没有那么多为什么,这些年我开源的东西并不少,虽然这个是最核心的,看淡了就也没什么了. 群里的网友:太平说: 记得一年前你开源另一个项目的时候我就说过 这么多年 秋天有两点没变 一是还是单身 另外一个就是cyq.data还没开源 终于等到开源了! 也许吧,只有把cyq.data最终开源了,才能解决单身问题,不然我在这上面花的时间太多,都没时间和妹子聊天了. 几个重要网址: 源码SVN地址:https://github.com/cyq1162/c…

示例代码下载:Linq之旅:Linq入门详解(Linq to Objects) 本博文详细介绍 .NET 3.5 中引入的重要功能:Language Integrated Query(LINQ,语言集成查询).通过LINQ,我们可以使用相同API操作不同的数据源.接下来就让我们看看LINQ是什么以及如何使用? 再此之前,需要先了解的相关技术 1.        隐式类型.匿名类型.对象初始化器 1)        隐式类型,使用var关键字创建,C#编译器会根据用于初始化局部变量的初始值推断出变…