此小程序可以分析backrub,enzdes类的聚类logo分析,详细路径是: /home/wangq/Programs/rosetta_2018.09.60072_bundle/tools/protein_tools/scripts/deep_analysis 帮助文档: design_analysis.py -h…

在执行多线程编译rosetta时执行: python scons.py bin mode=release extras=mpi -j8 编译安装rosetta 会出现错误sh: mpiCC command not found导致编译终止. 解决方法: 1.首先确定已安装openmpi,不管你是安到/usr/local还是自己定义的安装目录,都要确定已经将openmpi的bin目录和lib目录放到环境变量里(我的安装目录是服务器上我的主目录下的Programs文件夹下的openmpi里).环境变量…

1.Rosetta uses SCons as a compile assistant. You will likely need to download and install this first. download website: http://www.scons.org/download.php install command: rpm -ivh scon*.rpm 2.install rosetta decompress packages: tar -xvzf Rosetta[rel…

外语学习强烈推荐Rosetta Stone 外语学习强烈推荐Rosetta Stone…

cst(constraint file)文件示例: CST::BEGIN TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_name: C6 O4 O2 TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue3: D2N TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_type: Nhis, TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue1: H CONSTRAINT:: distanceAB: CONSTRAINT:: angle_A: CONSTRAINT:: angle_…

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria…

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -…

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R…

一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 Warning 300 Info 400 Debug 500 Trace 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警告信息,程序继续运行 300 代表输出一般信息,包…

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相…