NECAT 可用于ONT数据的纠错,组装,如果想对ONT long reads进行call SV,也可以使用necatsv. githup网址:https://github.com/xiaochuanle/NECAT/blob/master/README.md 安装 两种方法: 第一种方法 wget https://github.com/xiaochuanle/NECAT/releases/download/v0.0.1_update20200803/necat_20200803_Linux-a…

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装.组装后,每个碱基正确率为98-99.8%, 可进一步通过NextPolish进行polish. 具体详情可阅读githup即可,https://github.com/Nextomics/NextDenovo 1 安装 需要如下: Python (Support python 2 and 3): Psutil Dr…

Falcon软件的组装流程 为了错误校正,将原始子reads进行overlap 预组装和错误校正 错误校正后reads的overlap检测 overlap的过滤 从overlap构建图 从图构建contigs 几个解释: sub-reads是啥?为什么要进行错误校正?校正的原理是什么?length_cutoff和length_cutoff_pre分别是什么意思,为什么要设置这两个参数? sub-reads就是机器出来的reads经过处理后的子reads,方便软件处理: 因为第三代测序是单分子测序…

转录本组装软件StringTie的使用说明 StringTie 转录本组装软件StringTie的使用说明 转录组分析流程 HISTA + StringTie 组合.其Protocol 发表在Nature Protocol 上“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown” 其中StringTie 在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cuffl…

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件. 软件的下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz StringTie 使用说明:新…

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ…

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装.long insert library; preprocessed; Overlap-Layout-Consensus algorithm 混合de novo组装.combination of PacBio and short read d…

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS…

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以…

Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing 好好读读,算法系列的好文章! Assembling large genomes with single-molecule sequencing and locality-sensitive hashing - NATURE BIOTECHNOLOGY marbl/MHAP  - Github MinHash Alignme…

SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图创建时的内存消耗,解决了contig组装时的重复区域的问题,增加了scaffold组装时的覆盖度和长度,改进了gap closing,更加适用于大型基因组组装. (SOAPdenovo是为了组装大型植物和动物基因组而设计的,同样也适用于组装细菌和真菌,组装大型基因组大小如人类时,可能需要150G内存…

之前用c写过一个程序,查找reads中是否包含了adaptor,如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads,这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多,为了提升组装效果,又不能很大地影响数据量,需要对接头进行截断处理,并过滤过短的reads,用python写了一个简短的程序,指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到,并且长度小于50bp的reads过滤,在以下程序基础上添加传入参数,可以适用比较多的情况(单端.双端.含有single等): import sys import re from…

背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:…

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性…

(组装方面):SOAPdenovo ,因为采用de Bruijn graph algorithm算法和stepwise strategy ,所以排错能力高,所以我们获得高质量数据. de Bruijn graph algorithm算法???? reads到contig :多个reads比对,比对后reads之间有重叠(overlap)区,拼接获得的序列称为Contig. contig到scaffold:把mate-pair得到的用于确立位置的短reads和insert组合,将原本孤立的cont…

摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中5mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现6mA.捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序(WGBS)和简化甲基化测序(RRBS),而随着第三代测序技术的完善,ONT单分子纳米孔测序可以从单分子的角度来检出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤电流的变化,从而实现由基因组中的一段序列中检出5mC和6mA,然而精确地从单碱基级别检出5mC和6mA扔具有挑战.本文利用第三代ONT测序技术获得的序列及其电信号来检出真核生物全基因组范围的5mC和6mA甲基化…

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html 短序列组装(Sequence assembly)几乎是近年来next-generation sequencing最热门的话题.简单来说,就是把基因组长长的序列打断(shotgun sequencing),因为我们不知道基因组整条序列是如何排列(成一条链,最后成为一条染色体)组合(如何区分不同染色体)的,而我们又无法实现一次 把整条长序列完整测序(现在有单子测序可能是一个新的sunlig…

参考:github,   https://github.com/liuxiaochen0625/MyBatis-Spring-Boot-master.git 从controller组装tk.mybatis.mapper.entity.Example 对象,操作起来较为麻烦,不符合我们日常书写习惯,因而改造一下. 调用方法: WhereBuilder builder = new WhereBuilder(UserInfo.class); Example example = builder.and(…

缘起: 在组装echart页面的时候,遇到这样一个问题,它是一个需要在循环内层的时候,同时循环外层,在内层循环中就要将外层获取的值存入,导致了一种纠缠状态,费了老劲儿,终于得到如下解决.记录之,绿色为语句功能注释. /** * @desc 获取用户使用网络数据 * @param index_type * @param chatId */ function getNetWorkData(index_type,chatId,start,end) { // 传递三个参数,index_type为数据类型…

http://www.365pcbuy.com/article-411.html 特别提示:此文已经于2016年10月12日更新!内容变动较大,请细细品鉴! 如何为客户推荐高性价比机型是我站的重要工作.极速站长-pc小虫从1995年2月安装自己第一台386DX/40电脑以来,21年来一直从事电脑软硬件工作,经历了整个家用电脑的发展历程,接触过上万台不同配置机器,精通各类电脑硬件.精通多种软件.服务器配置,拥有专利产品一项,热心传授知识.2003年pc小虫开办了成都第一个无盘网络培训班,2005年…

随笔, 昨天领导让我给一台服务器做系统,本身作为开发的我有一些挑战.而且领导说的事,怎么着也得努努力试试不是? 下午去机房找到服务器本以为仅仅是装个系统完事,而且据我了解服务器本身有系统,以为拿着系统盘放进去双机安装就是了,领导说要做RAID,问我做哪个版本,还好我上午查了查关于做系统的资料,原来共事的同事提起了RAID5,上午查阅了以下相关资料,在领导说的时候毫不犹疑的说了做RAID5~其实我都不知道怎么做,主要是不知道为什么选RAID5 说说自己的特殊情况吧,本身因为BOIS中未关闭PXE…

iCore3双核心应用开发平台基于iCore3双核心板,包含ARM.FPGA.7寸液晶屏.双通道数字示波器.任意波发生器.电压表等模块,是一款专为电子爱好者设计的综合性电子学习系统. [视频简介]本视频主要介绍了iCore3与开发平台的扩展板组装和拆卸方法 银杏科技优酷视频发布区: http://i.youku.com/gingko8…

package com.xjts.cipher.util;import java.io.File;import java.io.FileWriter;import java.io.IOException;import java.io.StringWriter;import java.util.ArrayList;import java.util.HashMap;import java.util.LinkedHashMap;import java.util.List;import java.uti…

什么是soft-clipped reads 当基因组发生某一段的缺失,或转录组的剪接,在测序过程中,横跨缺失位点及剪接位点的reads回帖到基因组时,一条reads被切成两段,匹配到不同的区域,这样的reads叫做soft-clipped reads,这些reads对于鉴定染色体结构变异及外源序列整合具有重要作用. 什么是multi-hits reads 由于大部分测序得到的reads较短,一个reads能够匹配到基因组多个位置,无法区分其真实来源的位置.一些工具根据统计模型,如将这类reads…

使用UDP数据包发送文件时,由于UDP数据包大小的限制,一个文件要放在几个UDP数据包里面发送,这就需要把一个文件分割成若干部分,分别放进若干个UDP数据包里面,在接收端,收到这些UDP数据包以后,再对文件进行组装,从而得到一个完整的文件. 定义的相关变量: // 要分割的文件 public static RandomAccessFile raf_split; // 要合并的文件 public static RandomAccessFile raf_merge; // 文件长度 public s…

Necat 是一个伟大而实用的用于 TCP 和 UPD 网络连接协议的读写程序.同时 Necat 也被誉为网络中的瑞士军刀,在许多黑客教程中 Necat 也被广泛使用.Necat 最常见用途是设置反向连接和 bind shell ,管道和重定向网络流量,端口侦听,调试程序和脚本,抓取 banner 等作用.在本教程中,我们将学到以下内容: 1. Banner 抓取 2. 原始连接 3. Webserver 交互 4. 文件传输 5. Necat 端口扫描6. 绑定和反弹 shell我们将使用运行…

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的"clean"呢?首先,我们应该做一下质控.如果质控不合格,就需要一些处理,比如去接头.去除量的reads.(1)去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具): Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER]…

组装sql字符串,丢给exec sp_executesql执行 exec sp_executesql N'exec sp_executesql N''select * from TESTTEST.dbo.Employees where Title=@title'', N''@title varchar(30)'', @title=''Employee''' 注意:这里是执行一个带有输入参数的sql语句,用两层exec sp_executesql嵌套实现…