SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载. 参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二.SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/d…

下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传. 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA archive format ("vdb") contains an md5 checksum as well as a few other consistency checks (I think). T…

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t…

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3…

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we…

转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml  我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/sra SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Ill…

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi…

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ). 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的. SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Biosystems SOLiDSystem®,HelicosHeliscope…

原文链接 简介 为发挥 SIMD1 的最大作用,除了对其进行矢量化处理2外,我们还需作出其他努力.可以尝试为循环添加 #pragma omp simd3,查看编译器是否成功进行矢量化,如果性能有所提升,则达到满意状态. 然而,可能性能根本不会提升,甚至还会降低. 无论处于何种情况,为了最大限度发挥 SIMD 执行的优势并实现性能提升,通常需要重新设计算法和数据布局,以便生成的 SIMD 代码尽可能高效. 另外还可收到额外的效果,即标量(非矢量化)版代码会表现得更好. 本文将通过一个 3D 动画算…

R语言进行数据预处理wranging li_volleyball 2016年3月22日 data wrangling with R packages:tidyr dplyr Ground rules library(tidyr) library(dplyr) ## ## Attaching package: 'dplyr' ## The following objects are masked from 'package:stats': ## ## filter, lag ## The foll…