转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度. 很容易理解,一个基因越长,测序深度越高,落在其内部的read counts数目就会相对越多. 当我们进行基因差异表达的分析时,往往是在多个样…

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F…

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq   虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN…

Java多线程学习(转载) 时间:2015-03-14 13:53:14      阅读:137413      评论:4      收藏:3      [点我收藏+] 转载 :http://blog.csdn.net/evankaka 本文主要讲了java中多线程的使用方法.线程同步.线程数据传递.线程状态及相应的一些线程函数用法.概述等. 首先讲一下进程和线程的区别: 进程:每个进程都有独立的代码和数据空间(进程上下文),进程间的切换会有较大的开销,一个进程包含1--n个线程. 线程:同一类…

转自:https://baike.baidu.com/item/RPKM/1197657 均反应基因的表达水平 1.RPKM的计算公式 分母是总共比对到这个基因的reads的数目(条 为单位),分母是:比对上的reads的总数(百万条为单位):外显子的长度也就是基因的长度(KB为单位). 2.举个计算的例子 3.为什么需要这样计算呢? Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads 具体含义是:每百万reads中来自于某基因每千…

转载:http://blog.csdn.net/fakine/article/details/42107571 一.学习点滴 1.本机服务查看:services.msc /s2.服务手动安装(使用sc.exe): 创建服务sc create ServiceName binpath=  "c:\MyServices\Test.exe" “=”  后有空格 删除服务 sc delete ServiceName 启动服务 net start ServiceName 停止服务 net stop…

声明:转载自前辈:开心的鱼a1 一 .概述 MyBatis没有提供日志的实现类,需要接入第三方的日志组件,但第三方日志组件都有各自的Log级别,且各不相同,但MyBatis统一提供了trace.debug.warn.error四个级别: 自动扫描日志实现,并且第三方日志插件加载优先级如下:slf4J → commonsLoging → Log4J2 → Log4J → JdkLog; 日志的使用要优雅的嵌入到主体功能中: 二.设计模式 将各种日志组件如(slf4J ,commonsLoging…

JVM是虚拟机,也是一种规范,他遵循着冯·诺依曼体系结构的设计原理.冯·诺依曼体系结构中,指出计算机处理的数据和指令都是二进制数,采用存储程序方式不加区分的存储在同一个存储器里,并且顺序执行,指令由操作码和地址码组成,操作码决定了操作类型和所操作的数的数字类型,地址码则指出地址码和操作数.从dos到window8,从unix到ubuntu和CentOS,还有MAC OS等等,不同的操作系统指令集以及数据结构都有着差异,而JVM通过在操作系统上建立虚拟机,自己定义出来的一套统一的数据结构和操作指令…

jqGrid API 全   JQGrid是一个在jquery基础上做的一个表格控件,以ajax的方式和服务器端通信. JQGrid Demo 是一个在线的演示项目.在这里,可以知道jqgrid可以做什么事情.下面是转自其他人blog的一个学习资料,与其说是学习资料,说成查询帮助文档更加合适. jqGrid学习之 ------------- 安装 jqGrid安装很简单,只需把相应的css.js文件加入到页面中即可. 按照官网文档: /myproject/css/             ui.…

转自:https://www.jianshu.com/p/a7af4f6e50c3 1.原始数据 以上是原有的一个,再生成一个新的: > gene_exp_tidy2 <- data.frame(GeneId = rep(),sample_name = paste(:, sep = :) > gene_exp_tidy2 GeneId sample_name expression gene5 sample1 gene5 sample2 gene5 sample3 > mode(ge…