关于转录组比对STAR软件使用

参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD…

STAR软件的学习

下载地址与参考文档 https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz [https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf](https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARma…

转录组组装软件stringtie

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件. 软件的下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz StringTie 使用说明:新…

比对软件之STAR的使用方法

建索引普通比对二次比对用于cufflinks和stringtie的比对待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用…

11、比对软件STAR（https://github.com/alexdobin/STAR）

转载:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1MjU5MjMzNA==&mid=2247484731&idx=1&sn=b15fbee5910b36341bf366860ee5df53&scene=21#wechat_redirect 这次给大家带来的是ENCODE project的御用比对软件STAR,ENCODE项目是一个由美国国家人类基因组研究所(NHGRI)在2003年9月发起的一项公共联合研究项目,旨在找出人类基因组中所有功能组件…

Nature Methods | 新软件SAVER-X可对单细胞转录组学数据进行有效降噪

图片来源(Nature Methods) 摘要单细胞转录组测序(single-cell RNA-seq, scRNA-seq)数据有高噪音和稀疏的特点.原文作者展示了跨数据集的迁移学习可显著提高数据的质量.通过将深度自动编码器与贝叶斯模型相结合,原文开发的SAVER-X软件可从不同实验室.不同条件和不同物种的数据中提取可迁移的基因关系,以对新的目标数据…

【Star CCM+实例】开发一个简单的计算流程.md

流程开发在CAE过程中处于非常重要的地位. 主要的作用可能包括: 将一些经过验证的模型隐藏在流程中,提高仿真的可靠性将流程封装成更友好的界面,降低软件的学习周期流程开发实际上需要做非常多的工作,尤其是复杂的工程模型,这涉及到计算过程中模型的验证,如网格验证.物理模型验证.模型参数验证.计算结果验证等,而且还需要在验证的基础上对计算流程进行反复修正,最终形成较为标准化的模型用于流程开发.今天的案例比较简单,因此省略了前面的流程验证工作. 本次流程开发工作在STAR CCM+ 1106版本下完成…

star ccm+ 11.02安装

STAR CCM+是CD-Adapco公司的主打软件,其安装方式较为简单,这里以图文方式详细描述STAR CCM+11.02安装过程. 1 安装准备工作2 正式安装3 软件破解4 软件测试 1 安装准备工作准备工作主要是软件包的下载.这个可以在网上找得到.有条件的童鞋还是建议购买正版. 安装文件包括: 文件夹中包括: solidSQUAD文件夹:包含了破解所需的文件 linux64:包含了64位liunx系统安装文件 win64:文件夹中包含了64位windows系统安装文件 2 正式安装 1…

规范化的软件项目演进管理--从 Github 使用说起

规范化的软件项目演进管理从 Github 使用说起 1 前言首先,本文的层次定位是:很基本很基础的 Github 工具的入门级应用,写给入门级的用户看的. 基本上工作过几年的人,下面描述的这些技能和思想,都应该被打磨成了一种习惯,或者说是标配的属性了吧,已经不齿于列为技能了.但是因为笔者也菜鸟过,在学习这些技能,接受这些思想和培养这些习惯时走过不少弯路,同时也浪费了不少时间,所以想把这些经验和教训写下来,给后来人学习时提供一点参考意见吧. 关于为什么要学会用 Github ,先用最朴…

写在MongoCola在Github上获得200个Star之后

MongoCola MongoCola是一个开源的MongoDB管理工具. 由于最初版本的设计失误,所以现在只能在Windows上使用,虽然可以在OSX上使用,但是非常别扭. 契机 MongoCola的第一个版本开始于2011年.那个时候MongoDB还刚刚开始展露头角. 我本人一直比较喜欢文档型数据库,所以对于MongoDB也就特别的关注. 由于长期使用Windows,所以我也是一个UI重度依赖着,希望任何操作都可以通过UI界面来实现.一来可以减少错误发生的概率,二来,可以不用记忆很复杂的操作…

用 phylomatic 软件生成的进化树

用 phylomatic 软件生成的进化树 Phylomatic是在线软件,可以利用植物名录,按照APGIII的被子植物科的拓扑结构,生成进化树. 参考张金龙博士工作目录 setwd("E:\\my_research\\my_scripts\\植物转录组发育进化树") 安装 plantlist install.packages("E:/my_research/my_scripts/植物转录组发育进化树/plantlist_0.0.12.zip", repos =…

工具武装的前端开发工程师 Mac 软件清单

Awesome Mac  这个仓库主要是收集非常好用的Mac应用程序.软件以及工具,主要面向开发者和设计师.有这个想法是因为我最近发了一篇较为火爆的涨粉儿微信公众号文章<工具武装的前端开发工程师>,于是建了这么一个仓库,持续更新作为补充,搜集更多好用的软件工具.请Star.Pull Request或者使劲搓它 issues 给我推荐优秀好用的Mac应用,很显然我是一个资深Mac用户,我需要它们帮助我快乐.高效的工作,同时也分享给你.格式参照awesome的清单. https://github…

对学长所谓“改变世界的游戏”《shield star》的运行感想-毛宇部分(完整版本请参考团队博客)

对于学长项目<shield star>的思考和看法: Ryan Mao ((毛宇) 110616-11061171 试用了一下学长黄杨等人开发的<shield star>游戏,其实作为一个学弟,我对cocos2d-x引擎还算是比较了解,所以对于这样一款很“典型”的cocos游戏,我想从优点和缺点两个方面来说: 优点: 1) 画面很炫,这是不得不承认的.因为游戏中的技能,炮弹等主要是cocos2d-x的自带特效,唯一的自己做的美工“飞机”,也是经过引擎的渲染,所以也没有什么好说的…

C++ MFC实现基于RFID读写器的上位机软件

C++ MFC实现基于RFID读写器的上位机软件该博客涉及的完整工程托管在https://github.com/Wsine/UpperMonitor,觉得好请给个Star (/▽＼=) 运行和测试环境 Windows 10 Visual Studio 2013 msado15.dll(工程自带) ZM124U.dll(工程自带) RFID读写器ZM124U 理论支持全部Win32运行环境参考内容 https://github.com/Wsine/UpperMonitor/blob/maste…

从 SDWebImage 谈如何为开源软件做贡献

来源:伯乐在线 - 酷酷的哀殿链接:http://ios.jobbole.com/89483/ 点击 → 申请加入伯乐在线专栏作者从 SDWebImage 谈如何为开源软件做贡献相识 – 知我者谓我心忧,不知我者谓我何求今天和别人聊天时,扯到了这个非常著名的开源库.算算日子,我和 SDWebImage 已经认识 3 年零 11 个月了.将近四年的时间,说短不短,说长不长. 作为 iOS 开发者,我接触的第一个库就是 SDWebImage(第二个是 ASIHttpRequest),研究时间…

SAS软件的使用和统计学分析的初步介绍

一般而言我们都会使用Excel来统计测试结果,除了Excel之外,还有SAS等软件,也是可以统计测试结果的,本人也是SAS的初学者,现在我就给大家介绍一下SAS的简单使用,随着我不断的学习统计学的知识,我也希望今后能更深入的探究这些统计学软件的功能,并将这些功能和测试相关联. 第一部分:SAS软件的基本使用 1: 打开SAS 软件. 2:在"Program Editor"输入框中输入如下代码( 初始时间是2010年2月1日00:00:00,每一秒钟取一个数据点,有两行统计…

windows向ubuntu过渡之常用编程软件安装

不出意外的上篇文章又被踢出首页了,心情甚是悲桑..希望更多人能看到 1.安装codeblocks 直接在软件中心搜索codeblocks就可以 2.安装jdk并配置环境变量 http://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112030.htm (1)首先去官网下载jdk:http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html,选择后缀名位.tar.gz的版本…

adb server is out of date. killing... ADB server didn't ACK * failed to star

The connection to adb is down, and a severe error has occured. [-- :: - HelloOPone] You must restart adb and Eclipse. [-- :: - HelloOPone] Please ensure that adb is correctly located at 'D:\OPhoneSDK_1.5 \platform-tools\adb.exe' and can be executed.…

IT生涯, 我的常用软件清单

IT生涯, 我的常用软件清单 SkySeraph Jan. 26th 2017 Email:skyseraph00@163.com 更多精彩请直接访问SkySeraph个人站点:www.skyseraph.com About 前两天把系统给重装了下,好像最近一次安装应该是两年前了,一般情况下不愿意再做此类耗时无聊的事情,但没法,拥有SSD和高配置内存,开几个IDE却卡成翔,系统分析折腾了老半天还是决定重装了,重装后的那个清爽真是无与伦比, 至少依旧可以在我的Win 10上折腾不用开发也搬迁到Ma…

五年 Web 开发者 star 的 github 整理说明

欢迎大家前往腾讯云技术社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~ 作者:樊东东前端从业几年,积累了不少github开源库. 有时候想查阅以前star的库,但不好找,github大多库都是英文说明,对中文开发者不太友好,这里整理下收集的github库,方便需要的时候查阅. 其实老早就有整理github上资源的想法,现在才付诸行动. 正在写的时候收到稀土圈公众号开源库功能上线的通知,英雄所见略同. node-ffmpeg ffmpeg视频处理的node库 bgrins/videoconverter.j…

## 分享一下Mac(苹果电脑)里面好用的软件！

该文章主要分享 Mac电脑常用的软件文章来源于 github小弟调调™的仓库转载说明 [Open-Source Software][OSS Icon] 表示开源软件 ,点击进入开源仓库: [Freeware][Freeware Icon] 表示免费使用,或者个人免费 : [hot][hot Icon] 表示热门的软件: [tuijian][tuijian Icon] 表示推荐的软件: [必备][bibei Icon] 表示装机必备的软件: [App Store][a…

Github 上 Star 最多的个人 Spring Boot 开源学习项目

2016年,在一次技术调研的过程中认识到了 Spring Boot ,试用之后便一发不可收拾的爱上它.为了防止学习之后忘记,就在网上连载了 Spring Boot 系列文章,没想到这一开始便与 Spring Boot 深度结缘. 近三年的时间写了一百多篇关于 Spring Boot 的文章(包含两个课程),在写文章的过程中将文中的示例项目托管在 Github 上面,随着学习 Spring Boot 的朋友越来越多,在 Github 上面的关注(Star)人数也越来越多,到现在已经高达 8300…

【转录组入门】6：reads计数

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda…

【转录组入门】3：了解fastq测序数据

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

GitHub贡献第一的公司是谁？微软开源软件列表

参考:http://www.infoq.com/cn/news/2017/03/GitHub-first-Microsoft-open-sour 提起微软公司,不少人第一反应是老牌巨头专注于私有化软件盈利模式,这大抵是源于微软前CEO Steve Ballmer曾经宣称“Linux是颗毒瘤(Linux is a cancer)”,并曾经偏执地认为所有开源软件都不值一提.但是,这是2001年的事情了,是时候更新大家对微软的刻板印象. 这里,不提继任者Satya Nadella的微软拥抱开源进行新式…

微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组--转载

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

Chrome 百度搜索热点过滤插件 - 开源软件

学习时,为了搜集最全的中文资料,有时候不得不使用Baidu搜索引擎.在你还是个小菜鸡的时候你可能会花费大量时间在百度上! 但是,时间久了你会发现,你总会被网络上一些奇奇怪怪或者有趣的事情吸引过去而逐渐忘记自己曾经打开百度是要干什么?时间就这样被一些无关紧要的有趣的事情给浪费了. 对于广告吧,还能使用广告清除插件来进行清除.但是一些非广告信息实在是广告清除插件不能判断了!无用的事情浪费了我大量时间!!!这让我十分生气!!尤其是百度的搜索热点,我真不想再看到它: 这些所谓的热搜,很多时候是带有娱乐性…