(测序方面):测三只大熊猫:得到的insert size有150bp,500bp,2kb,5kb和10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度. 为什么average reads这么短? 因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度. shotgun sequencing鸟枪法:直接从生物细胞基因组中获取目的基因的方式 single-read :单端测序(200-500bp) Paired-end :双末端测序(200-500bp…
参考:https://www.biostars.org/p/106291/#106344 1.inner mate distance : the distance from the right most end of the left read to the left most end of the right read 2.the "insert size"=sequence between adapters (actually encompasses R1 and R2 as we…
总结 1.插入单文档 db.inventory.insertOne( { item: "canvas", qty: , tags: , w: 35.5, uom: "cm" } } ) db.inventory.find({item:"canvas"}) 2.插入多文档 db.inventory.insertMany([ { item: "journal", qty: 25, tags: ["blank",…
cubrid的中sql查询语法insert into ------ 官方文档是英文的,看不明白可以参看ocracle的同类函数说明.很多都是一样的. INSERT INTO a_tbl1(id) VALUES (4), (5); --insert a single row with SET clauses INSERT INTO a_tbl1 SET id=6, name='eee'; INSERT INTO a_tbl1 SET id=7, phone='777-7777'; INSERT I…
MongoDB provides the following methods for inserting documents into a collection: db.collection.insertOne() db.collection.insertMany() db.collection.insert() This page provides examples of insert operations in the mongo shell. Insert Behavior Collect…
首先,这个pair类型是在头文件utility.h中. 一个piar保存两个数据成员,是用来生成特定类型的模板,当创建一个pair时,我们必须提供两个类型名,pair的数据成员将具有对应的类型,两个类型不要求一样:如下: pair<string,string> anon;//保存两个string pair<string,size_t> word_count;//保存一个string和一个size_t; pair<string,vector<int>> lin…
背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究全基因组? 确定基因组中缺失了什么:确定难以生化研究的基因和pathways:研究感兴趣的pathway通路中的每一个基因:研究基因组的非编码区域(introns内含子.promoters启动子.telomeres端粒等)的调控机理和结构特征:基因组提供了一个可以进行各种统计的大型数据库(provi…
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…
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