洛谷P1140 相似基因 题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,…

传送门 https://www.cnblogs.com/violet-acmer/p/9852294.html 参考资料: [1]:https://www.cnblogs.com/real-l/p/9712029.html [2]:https://www.luogu.org/problemnew/solution/P1140 题解: 方法一:枚举所有可能(记忆型DP) 相关变量解释: m,n...................................................分别…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以…

题目:https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 题意: 给定两串基因串(只包含ATCG),在其中插入任意个‘-’使得他们匹配.(所以一共是5种字符) 这5种字符两两之间有一个匹配数值,要求使这两个字符串的匹配值之和最大. 思路: dp[i][j]表示匹配了s1中前i个字符和s2中前j个字符的最大匹配值. 完成s1[i]与s2[j]的匹配只有三种可能. 1.s1[i]之前已经匹配好,s2[j]配‘-’.即dp[i][j] = dp[i][j-1]+sc…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了444种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,…

最近博客更不起来...然后又(照例)犯鼻炎了唉难受. 题目传送门 我们首先可以预处理碱基间的权值表.然后讲读入的碱基转化为数字,就变成了“数字匹配使权值最大”的问题.我们显然可以用动态规划解决. 两个序列配对上的dp状态设计相似,以前做过一道编辑距离也是类似配对的问题. 设f[i][j]表示第一个基因当前位置到了第i个碱基,第二个基因当前位置到了第j个碱基所能得到的最大相似度. 转移:lena*lenb 而且和状态也没有什么地方可以优化了. 决策:我们可以在每一次转移的时候有3种决策: A串留空…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了444种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,…

题意 : 题目链接 分析 :  可以观察到给出的配对代价表中对角线部分是正数 其余的都是负数,也就是说让相同字母的匹配的越多越好 即找出 LCS 但是这里 DP 的过程需要记录一下代价 有关 LCS 的一篇博客 ==> Click here 如果不是计算长度而是计算配对的价值,那么初始化的时候 记得将每一个串的字母作为结尾与空串配对的价值初始化一下 即 dp[i][0] 与 dp[0][i] #include<bits/stdc++.h> using namespace std; con…

思路 类似于最长公共子序列 把一段基因和另外一段基因匹配  不够长的用空基因替换 #include<bits/stdc++.h> using namespace std; const int INF=10000000; int dp[10000][10000]; const int tab[5][5]= { {5,-1,-2,-1,-3}, {-1,5,-3,-2,-4}, {-2,-3,5,-2,-2}, {-1,-2,-2,5,-1}, {-3,-4,-2,-1,0} }; int la,…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的…

题目链接: https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTT…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的…

题目:https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 分析: 本题一看就知道是一道动归,其实和字串距离非常的像,只不过多了题目规定的匹配相似度罢了. 匹配的相似度我们之间用一个二维数组读入即可 int shuzu[6][6]={{0,0,0,0,0,0},{0,5,-1,-2,-1,-3},{0,-1,5,-3,-2,-4},{0,-2,-3,5,-2,-2},{0,-1,-2,-2,5,-1},{0,-3,-4,-2,-1,0}}; PS:换行效果更佳.…

每日一题 day23 打卡 Analysis dp[i][j]表示序列A中前i个与序列B中前j个匹配的相似度最大值 所以,dp方程很容易想到: 1.让a[i]与b[j]匹配 2.让a[i]与B序列中一个空位匹配 3.让b[j]与A序列中一个空位匹配 dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-1][j-1]+form[a[i]][b[j]],dp[i-1][j]+form[a[i]][5],dp[i][j-1]+form[5][b[j]]); 对于初始化,就是分别让每个a[i]和每个b…

分析 f[i][j] 表示 1数组的第i位和2数组的第j位匹配的最大值 f[1][1]=-2 f[2][1]=-2+5=3 f[3][1]=-2+5+5=8 三个决策: 1.由f[i-1][j-1]直接推得 2.a[i]位匹配'-' f[i][j]=Max(f[i-1][j]+v[4][a]); 3.b[j]位匹配'-' f[i][j]=Max(f) f[i][j]=f[i-1][j-1]+v[a[i]][b[j]] AC代码 // luogu-judger-enable-o2 #include…

今天下午要参加海淀区的比赛了...这几天临时抱佛脚刷了几道DP,正所谓临阵磨枪,不快也光...下面我 就把最近刷到的,自己觉得不错的动态规划题列出来: 1.P2690 接苹果 :(基础二维DP) 2.P1474 货币系统 Money Systems:(线性动规,DP方程也比较好想) 3.UVA12563 劲歌金曲 Jin Ge Jin Qu hao :(01背包的变式,很基础,也很经典,紫书上的题) 4.P3974 [TJOI2015]组合数学 :(之前我还写过这题的题解,天津省选的题,DAG上…

貌似开坑还挺好玩的...开一个来玩玩=v=... 正好自己dp不是很熟悉,就开个坑来练练吧...先练个50题?小目标... 好像有点多啊QAQ 既然是开坑,之前写的都不要了! 50/50 1.洛谷P3399 丝绸之路 简单的线性dp 点我看题 因为是开坑所以题意就不讲了,自己看题吧,一些题意比较迷的会讲一下. 这题其实还挺简单的. 设 f[i,j] 表示到第 i 个城市用了 j 天所需要的最小疲劳值. 很快dp方程就出来了.  f[i,j]=min(f[i,j-1],f[i-1,j-1]+d[i…

复习一下近期练习的入门 \(DP\) .巨佬勿喷.\(qwq\) 重新写一遍练手,加深理解. 代码已经处理,虽然很明显,但请勿未理解就贺 \(qwq\) 0X00 P1057 [NOIP2008 普及组] 传球游戏 设 \(f[i][j]\) 表示传球 \(i\) 次后传到第 \(j\) 个人的方案数. 设小蛮为 \(1\) 号,则初始化 \(f[1][n]=1\),\(f[1][2]=1\). 转移方程为 \(f[i][j]=f[i-1][j-1]+f[i-1][j+1]\) 只需特判 \(1…

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo…

(19.6.17——19.6.22) 目前本周还没有过去所以还会更新 第0周 目前博客更新暂定于 [题目难度颜色见洛谷] 1.绿题以上绝对更新 2.黄题可能更新 3.其他估计不会有更新 准备工作 1.本周写了什么 6.18洛谷P1403 [AHOI2005]约数研究 P2858 [USACO06FEB]奶牛零食Treats for the Cows    [暂时没有更博客] 6.19 洛谷:P1140相似基因     [暂时没有更博客]P5019铺设道路 P5020货币系统 P2196挖地雷 P…

洛谷 P2615 神奇的幻方 洛谷 P2678 跳石头 洛谷 P1226 [模板]快速幂||取余运算 洛谷 P2661 信息传递 LOJ P10147 石子合并 LOJ P10148 能量项链 LOJ P10149 凸多边形的划分 LOJ P10150 括号配对 LOJ P10151 分离与合体 洛谷 P1309 瑞士轮 洛谷 P3956 棋盘 洛谷 P2196 挖地雷 LOJ P10163 Amount of Degrees LOJ P10171 牧场的安排 洛谷 P5020 货币系统 洛谷…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以…

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 793  Solved: 503[Submit][Status][Discuss] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基…

题目描述: 我们经常会听说DNA亲子鉴定是怎么回事呢?人类的DNA由4个基本字母{A,C,G,T}构成,包含了多达30亿个字符.如果两个人的DNA序列相差0.1%,仍然意味着有300万个位置不同,所以我们通常看到的DNA亲子鉴定报告上结论有:相似度99.99%,不排除亲子关系. 怎么判断两个基因的相似度呢?生物学上给出了一种编辑距离的概念. 例如两个字符串FAMILY和FRAME,有多种对齐方式: F   -   A  M  I  L  Y    -   F  A  M  I   L  Y   …

浅谈\(DP\):https://www.cnblogs.com/AKMer/p/10437525.html 题目传送门:https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 以已经匹配完了的长度为阶段,\(f[i][j]\)为状态,表示已匹配了第一个串的\(i\)个,第二个串的前\(j\)个. 转移则是\(f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j-1]+cost[a_i][b_j],f[i-1][j]+cost[a_i]['-'],f[i][j…

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了…

链接:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=1264 思路: n大小为20000*5,而一般的dp求最长公共子序列复杂度是 n*n的,所以我们必须优化. 题目说了一个数会出现5次,那么我们可以预处理得到 第一个序列a[]每个数字分别在哪些位置, 因为求LCS的状态转移方程中当 s1[i-1] == s2[j-1]时,dp[i][j] = dp[i-1][j-1] + 1;只有当两个点相同时 值才会+1,我们可以对第二个序列b[]遍历一遍…

思路:好难想啊, 考虑到应该从每个数字只有5个数字下手, 但是不知道到底该怎么写.. 首先我们将第一个串按数字的种类分类, 每一类里面有5个, 然后将第二个串里面的数字一个一个加,如果一个加入的第 i 个数为5, 那么也只会对第一个串中的 5 产生影响, 如果第一个串中5的位置为pos, 那么显然dp[ i ][ pos ] = max(dp[ i ][ j ] , 0 < j < pos) + 1, 这个 过程我们用树状数组维护前缀最大和实现. #include<bits/stdc++…

很有意思的一道题啊. 求两个序列的最大公共子序列.保证每个序列中含有1-n各5个. 如果直接LCS显然是TLE的.该题与普通的LCS不同的是每个序列中含有1-n各5个. 考虑LCS的经典DP方程.dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+1.(a[i]==b[j]). dp[i][j]=max(dp[i-1][j],dp[i][j-1]).(a[i]!=b[j]). 如果换个角度看看.令dp[i][j]表示a序列以i结尾,b序列到j的最大公共子序列长度. 则有dp[i][j]=max(dp[k…