生物医学大数据: SRA:Sequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for new discoveries by comparing data sets. 其中的reads是短reads,下机后得到的初级数据,是一次数据库,起到store的作用,该数据库最重要的是反应深度测序的…

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a…

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q…

##Genomic sequence variation ###1000 Genomes Projecthttp://www.1000genomes.org/Data collection and a catalog of human variation ###dbSNPhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/A catalog ofSNPs and short indels ###dbVar and Database of Genomic Varian…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

Computational Geometry The Geometry Center (UIUC) Computational Geometry Pages (UIUC) Geometry in Action (UIC) Geometric Resource (UFL) CAGD Applets (UKA) Voronoi/Delaunay Applet (CornellUniversity) Directory of Computational Geometry Software (Dr. N…

1. Detecting Performance Issues 2. Scripting Strategies 3. The Benefits of Batching 4. Kickstart Your Art 5. Faster Physics 6. Dynamic Graphics 7. Masterful Memory Management 8. Tactical Tips and Tricks 1. Detecting Performance Issues  The Unity Prof…

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医院的DICOM数据轻易不让拷出来,所以这里列出一些医学数据,但不局限于DICOM数据网址,供大家下载. 斯坦福大学体数据库(RAW DATA) http://graphics.stanford.edu/data/voldata/ Osirix提供的DICOM数据,大部分是压缩的,VTK默认无法解析.可用DCMTK解析 http://www.osirix-viewer.com/datasets/ Raw data http://www.volvis.org/ Raw data http://lg…

Awesome Deep Learning  Table of Contents Free Online Books Courses Videos and Lectures Papers Tutorials Researchers WebSites Datasets Frameworks Miscellaneous Contributing Free Online Books Deep Learning by Yoshua Bengio, Ian Goodfellow and Aaron Cou…