一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen…

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out pop1_vs_pop2 其中,input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt,只有一…

--------------------安装Samtools----------------------------------------------------------------------------------- 1) 下载 http://www.htslib.org/download/ 2) tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 3)cd samtools-1.9 4)make 5) make prefix=/home/jxdong/biosoft/sam…

VCFtools用来处理VCF文档. 筛选特定突变 比较文件 总结突变 转化文件格式 验证并合并文件 取突变交集和差集 Get basic file statistics input可以为VCF或BCF格式(--vcf --gvcf or --bcf). vcftools --vcf test.vcf less test.vcf | vcftools --vcf - Applying a filter 可以把筛选的突变写入一个新文件.--recode 表示输出筛选的内容,--recode-INF…

vcf-query: 通过 vcf-query 提取DP (reads depth). ~/zengs/Tools/vcftools/perl/vcf-query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/DP\n' my.vcf | awk '{if($1==1) print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }' > my.vcf.DP…

官网地址:https://vcftools.github.io/examples.html vcftools的软件下载:https://vcftools.github.io/examples.html 安装 第一种情况的: tar -xvf vcfools.0.X.XX.tar.gz export PERL5LIB=/path/to/your/vcftools-directory/src/perl/ cd vcftools/ ./configure make make install 第二种情况…

The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Extended documentation for all of the options can be found on the manual page. Running the program Getting basic file statistics Applying a filter Writing…

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s…

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3…