从NCBI中下载各物种参考基因组】的更多相关文章

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意…
目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto…
EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载…
正题前的唠叨 本人是才出来工作不久的小白菜一颗,技术很一般,总是会有遇到一些很简单的问题却不知道怎么做,这些问题可能是之前解决过的.发现这个问题,想着提升一下自己的技术水平,将一些学的新的'好'东西记录下来,一是加深印象:二是以后可以作为参考:三是希望博友们可以提出不足和可以优化的地方,一起讨论. 这个是我去一家公司没多久,让我做的小功能,主要是导出excel并在浏览器下载下来. 但是会有不同的细微的需求差别. 第一次发博客,有描述不清楚的地方还请见谅,希望各位多多指点. 进入正题 简单的需求描…
http://m.blog.csdn.net/blog/mayadong7349/7019208 使用curl在命令行中下载文件 linux下curl简单应用详解 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4da051a60101drqv.html (对curl命令的使用比较齐全) http://blog.csdn.net/csfreebird/article/details/9237925 用curl访问HTTPS站点并登录 http://blog.csdn.net/sji…
正题前的唠叨 本人是才出来工作不久的小白菜一颗,技术很一般,总是会有遇到一些很简单的问题却不知道怎么做,这些问题可能是之前解决过的.发现这个问题,想着提升一下自己的技术水平,将一些学的新的‘好’东西记录下来,一是加深印象:二是以后可以作为参考:三是希望博友们可以提出不足和可以优化的地方,一起讨论. 本方法是通过ajax直接下载,当然也可以直接button下载,本方法类已经实现导入导出,请执行扩展.谢谢 效果图:点击导出按钮 前端 AJAX //导出ececl function btn_excel…
问题描述 在Azure Key Vault中,我们可以从Azure门户中下载证书PEM文件到本地. 可以通过OpenSSL把PFX文件转换到PEM文件.然后用TXT方式查看内容,操作步骤如下图: OpenSSL转换命令为: openssl pkcs12 -in "C:\Users\Downloads\mykeyvault01-cscert01-20220316.pfx" -nokeys -out "C:\tool\xd12.pem" 当然,Azure也提供了通过Po…
一步步搭建docker私有仓库 #下载镜像 docker pull registry#查看镜像 docker images #运行私有仓库,指定端口和数据卷 docker run -d -p : -v /opt/data/registry:/tmp/registry docker.io/registry #-d表示后台运行 -p为端口映射 -v为数据卷挂载,宿主机的/opt/data/registry挂载到容器的/tmp/registry下 #访问私有仓库 curl /v1/search #给基…
在实施部署时,往往服务器环境无外网或无法访问国外网址.这是可以在本机虚拟机的CentOS环境中下载RPM. 方法一:yum yum命令本身就可以用来下载一个RPM包,标准的yum命令提供了--downloadonly(只下载)的选项来达到这个目的. yum install --downloadonly <package-name> 默认情况下,一个下载的RPM包会保存在下面的目录中: /var/cache/yum/x86_64/[centos/fedora-version]/[reposito…
.net中下载文件的方法 一.//TransmitFile实现下载      protected void Button1_Click(object sender, EventArgs e)      {          /*          微软为Response对象提供了一个新的方法TransmitFile来解决使用Response.BinaryWrite          下载超过400mb的文件时导致Aspnet_wp.exe进程回收而无法成功下载的问题.          代码如下…