【差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)】的更多相关文章

差异基因分析：fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性)

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is…

focus、input、keydown、keyup、change、blur方法的差异

focus.input.keydown.keyup.change.blur方法的差异: https://blog.csdn.net/yiifaa/article/details/52372022 blur与change事件在绝大部分的情况下表现都非常相似,输入结束后,离开输入框,会先后触发change与blur,唯有两点例外. 没有进行任何输入时,不会触发change 在这种情况下,输入框并不会触发change事件,但一定会触发blur事件.在判断表单的修改状态时,这种差异会非常有用,通过cha…

10、差异基因topGO富集

参考:http://www.biotrainee.com/thread-558-1-1.html http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/ http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/topGO.html https://www.jianshu.com/p/9e21f2196178 https://rpubs.com/aemoore62/TopGo_colMap_Func_Trouble…

Fold Change和t分布

基因表达谱数据 基因表达谱可以用一个矩阵来表示,每一行代表一个基因,每一列代表一个样本(如图1).所有基因的表达谱数据在“gene_exp.txt”文件中存储,第一列为基因的entrez geneid,第2~61列是疾病样本的表达,第62~76列是正常样本的表达. 图1 基因表达谱的矩阵表示 寻找差异表达的基因: 原理介绍: 差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法.它的优点是计算简单直观…

fold change的意义[转载]

转自:https://zhidao.baidu.com/question/2052933434631672387.html 1.解释 解释:表达值倍数变化 ,分析,消除可能的混杂因素,必要时可以用读段 的绝对表达值倍数变化(fold-change)来作为补充. Fold change 用于描述一个初始值到一个最终值的变化程度. 1.例如,若初始值为30,最终值为60,则相应的fold change为2,或者可以描述为一个2折的增长.fold change仅仅靠最终值与初始值的比率计算即可得到.…

fold change(ratio)

fold change 英文简称 : FC 中文全称 : 倍性变化 所属分类 : 生物科学 词条简介 : 一种用于描述两个用于相比的对象数量差异的方法.例如,第一个样本和第二个样本的量是50/10,那么FC(Ratio)就是5,反之就是0.2. 用这种方法分析微阵列的数据可以说明: 1)从基因表达的绝对值而来的表达变化是有意义的: 2)这种方法可以说明基因表达变化是否显著: 3)可以利用这种模型用于有效数据的筛选.…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

PB 级数据处理挑战，Kubernetes如何助力基因分析？

摘要: 一家大型基因测序功能公司每日会产生 10TB 到 100TB 的下机数据,大数据生信分析平台需要达到 PB 级别的数据处理能力.这背后是生物科技和计算机科技的双向支撑:测序应用从科研逐步走向临床应用,计算模式从离线向在线演进,交付效率越来越重要. 作者李鹏,原文首发于InfoQ,<容器混合云,Kubernetes 助力基因分析> 引言 James Watson 和 Francis Crick 于 1953 年发现了 DNA 的双螺旋结构,从此揭开了物种进化和遗传的神秘面纱,开启了人类对…

web兼容学习分析笔记-margin 和padding浏览器解析差异

二.margin 和padding浏览器解析差异 只有默认margin的元素 <body>margin:8px  margin:15px 10px 15px 10px(IE7) <blockquote> 定义长的引用  margin:18px 40px 18px 40px     margin:30px auto 30px auto(IE7) <dl> 定义列表详情 margin:18px 0 18px 0      margin:auto(IE7) <h1>…

Oracle Spatial分区应用研究之六：全局空间索引下按县分区与按省分区效率差异原因分析

1.实验结论 全局空间索引下,不同分区粒度之所有效率会有不同,差异并不在于SDO_FILTER操作本身,而在于对于数据字典表的访问次数上: 分区越多.表上的lob column越多,对数据字典表的访问次数越多: 对数据字典表访问次数的大概值(暂不考虑对其它数据字典表的访问)是可量算的. 2.实验目的 在04-不同分区粒度+全局空间索引查询效率对比一文中,我们看到了某种趋势:在四千万条要素量级下,分区粒度越细,全局空间索引查询效率越低.虽然看到了这种现象,但当时尚不能解释深层次的原因.本文的目的,…