转载自: http://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1033567.html 在homo species物种,随着研究的深入,注释信息不断丰富 针对CpG Islands,目前也有了较为清楚的界定,它的查找过程: 1)https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start 打开后如下图 2)在“group”点击下拉框,如下图,选择“Regulation” 3)在“track”点击下拉框,出现下图,选择“CpG…

转载至:   http://blog.csdn.net/lanxinju/article/details/5731843 一.查找 查找命令 /pattern<Enter> :向下查找pattern匹配字符串 ?pattern<Enter>:向上查找pattern匹配字符串 使用了查找命令之后,使用如下两个键快速查找: n:按照同一方向继续查找 N:按照反方向查找 字符串匹配 pattern是需要匹配的字符串,例如: 1: /abc<Enter> #查找abc 2: /…

1. 合并数组 array_merge()函数将数组合并到一起,返回一个联合的数组.所得到的数组以第一个输入数组参数开始,按后面数组参数出现的顺序依次迫加.其形式为: array array_merge (array array1 array2-,arrayN) 这个函数将一个或多个数组的单元合并起来,一个数组中的值附加在前一个数组的后面.返回作为结果的数组. 如果输入的数组中有相同的字符串键名,则该键名后面的值将覆盖前一个值.然而,如果数组包含数字键名,后面的值将不会覆盖原来的值,而是附加到后…

原文地址:http://xinzong.blog.51cto.com/10018904/1749465 一.文件查找工具常用软件 locate: locate命令其实是find -name的另一种写法,但是要比后者快得多,原因在于它不搜索具体目录,而是搜索一个数据库/var/lib/locatedb,这个数据库中含有本地所有文件信息.Linux系统自动创建这个数据库,并且每天自动更新一次,所以使用locate命令查不到最新变动过的文件.为了避免这种情况,可以在使用locate之前,先使用upda…

python字符串内容替换的方法 时间:2016-03-10 06:30:46来源:网络 导读:python字符串内容替换的方法,包括单个字符替换,使用re正则匹配进行字符串模式查找与替换的方法.   转载:http://www.xfcodes.com/python/zifuchuan/4892.htm python字符串内容替换的方法 例子: 复制代码代码如下: #单个字符替换s = 'abcd'a = ["a", "b", "c"]b = […

1) Introduction 为了理解基因组数据,通常旨在在基因组浏览器中绘制这样的数据,以及各种基因组注释特征,例如基因或转录物模型,CpG岛,重复区域等.这些功能可以从ENSEMBL或UCSC等公共数据库中提取,也可以在内部生成或策划.许多当前可用的基因组浏览器在显示基因组注释数据方面做了合理的工作,并且存在从R内部连接到其中一些的选项(例如,使用rtracklayer包).然而,这些解决方案都没有提供完整的Rgraphics系统以多种不同方式显示大数值数据的灵活性. Gviz软件包旨在通…

转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生:         DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素.这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态.如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常的开放状态,抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生.而在肿瘤细胞中,该区域的CpG岛被高度甲基化,染色质构象发生改变,抑癌基因的表达被关闭,从而导致细胞进入细胞周期,凋亡丧失,DNA修复缺陷,…

这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖. 软件排名不分先后,优先顺序可以看推荐指数. 彩蛋在最后,请坚持看完 1.GWAS4D, 推荐指数:**** 网址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持输入格式 1) Variants Coordinates: Chr, Pos, [P-value] 支持输入格式 2) VCF-like Map: Chr, Pos, SNPID, Ref, Alt, [P-value] 支持输入格式 3) Single SN…

虽然我们现在完全没有甲基化的数据,但还是可以了解一下. 什么是DNA甲基化,与组蛋白修饰有什么联系? DNA Methylation and Its Basic Function 表观的定义就是DNA序列不变.表型变了.最重要的就是DNA的修饰(甲基化)和组蛋白的修饰(chip-seq里面的那几种) 为什么说甲基化比SNP在早筛方面要靠谱得多? DNA甲基化测序的基本原理?Bisulfite Treatment,会特异的改变原来的甲基化和非甲基化的序列,无甲基化的C全部变为U. Pan-Canc…

生命组学-可遗传变异 GC content:碱基: GC content不同的植物对应的gene length,可看作上图的转置: 由GC content看出来碱基变异程度,可以找到对应碱基改变,所以gene expression也会相应改变,比如亲水到疏水. 转录偶联变异transcription-coupled repair 核苷酸切除修复(nucleotide excision repair)是一种DNA修复方法.[1]由于化学.辐射和很多其他因素的都会对DNA碱基对造成破坏,DNA时常需…