http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/   http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases     wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.2.3/jellyfish-2.2.3-CentOS6.tar.gz tar -zxvf jel…

(Evaluate):检查reads,可使用比对软件:使用SOAPaligner重新排列:采用massively parallel next-generation sequencing technology,效果很好(因为覆盖率高,精度高) 重新做有何意义:此时不需要过高的测序深度,因为用原来的read向之前assembly的基因组上比对,此时的测序深度也可以自己设定,20X以上就很好. massively parallel next-generation sequencing technolo…

Given an array nums and a target value k, find the maximum length of a subarray that sums to k. If there isn't one, return 0 instead. Example 1: Given nums = [1, -1, 5, -2, 3], k = 3,return 4. (because the subarray [1, -1, 5, -2] sums to 3 and is the…

作者: 负雪明烛 id: fuxuemingzhu 个人博客:http://fuxuemingzhu.cn/ 目录 题目描述 题目大意 解题方法 prefix Sum 日期 题目地址:https://leetcode-cn.com/problems/maximum-size-subarray-sum-equals-k/ 题目描述 Given an array nums and a target value k, find the maximum length of a subarray that…

sequencing:使用二代测序原因:高通量,短序列 不用长序列原因: 1.算法错误率高 2.长序列测序将嵌合体基因错误积累.嵌合体基因:通过重组由来源与功能不同的基因序列剪接而形成的杂合基因 sequencing: 增多的total length>N>gap>missing in genome The reads with a frequency > 1 were called duplicated reads, and we defined the duplication r…

Find the length of the longest substring T of a given string (consists of lowercase letters only) such that every character in T appears no less than k times. Example 1: Input: s = "aaabb", k = 3 Output: 3 The longest substring is "aaa"…

Find the kth largest element in an unsorted array. Note that it is the kth largest element in the sorted order, not the kth distinct element. For example, Given [3,2,1,5,6,4] and k = 2, return 5. Note: You may assume k is always valid, 1 ≤ k ≤ array'…

k近邻算法是机器学习算法中最简单的算法之一,工作原理是:存在一个样本数据集合,即训练样本集,并且样本集中的每个数据都存在标签,即我们知道样本集中每一数据和所属分类的对应关系.输入没有标签的新数据之后,将新数据的每个特征和样本集中数据对应的特征进行比较,然后算法提取样本集中特征最相似数据的分类标签作为新数据的标签.一般来说,我们只选取样本数据中前k个最相似的数据. Java实现: KNNData.java package KNN; public class KNNData implements C…

3Sum Given an array S of n integers, are there elements a, b, c in S such that a + b + c = 0? Find all unique triplets in the array which gives the sum of zero. Note: Elements in a triplet (a,b,c) must be in non-descending order. (ie, a ≤ b ≤ c) The…

[题目] 输入n个整数,找出其中最小的K个数.例如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字,则最小的4个数字是1,2,3,4,. *[思路]排序,去除k后的数. package com.exe11.offer; import java.util.ArrayList; import java.util.Collections; /** *[题目] 输入n个整数,找出其中最小的K个数.例如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字,则最小的4个数字是1,2,3,4,. *[思路]排序,去除k后…

例如 8314925去掉4个数,留下125最小,注意有前后顺序要求,要是没有顺序当然是123. 解决方案 贪心算法,在每次被访问的位置保证有最优解. 思路一 分析:求一共n位,求其中的m位组成的数最小.那么这个m位的数,最高位应该在原数的最高位到第m位区间找,要不然就不能当第m位了,如下图(得到3位数最小,要是百位数在25中找,就当不了百位数了): 同样找十位数时只能在百味数到目前位置中间搜,整个过程图示如下: 注意 在区间有多个最小值,取距离最大的,保证下一位数有足够大的查找空间. 参考代码…

无聊来写了下 一开始发现树高是O(n)的,然后就MLE了,进去看了下发现没有重构! 看了半天发现调用错了函数 然后进去又发现不满足sz = ch[0]->sz + ch[1]->sz + 1 然而全都是maintain过的啊 发现后来受某个代码的影响 返回重建节点时把引用去掉了 这样这个点的父亲的信息就不对了 又仔细去看了一下那个人为什么这样做没问题 结果他每次都把内存回收了,而且重建的根节点是最后删除第一个拿出来的(然后他竟然用的队列,当我什么都没说,我还是不知道为什么是对的..) #inc…

首先是从二叉搜索树开始,一棵二叉搜索树的定义是: 1.这是一棵二叉树: 2.令x为二叉树中某个结点上表示的值,那么其左子树上所有结点的值都要不大于x,其右子树上所有结点的值都要不小于x. 由二叉搜索树的第二条定义,可以很方便地利用这种特点在二叉树中以O(logn)的渐进复杂度完成插入.查找.删除等操作. 但是这里还是有个问题,就是弄不好的话,一棵普通的二叉搜索树经过多次修改操作之后可能会导致整棵树左右“不平衡”,出现一边结点很多,另一边结点很少的情况,这样最终每一次的操作时间就会大大偏离O(lo…

题目 输入n个整数,找出其中最小的K个数.例如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字,则最小的4个数字是1,2,3,4,. 思考 方法0: 直接排序然后返回前k个,最好的时间复杂度为 O(nlog(n)) 方法1: 快排的变种,时间复杂度 O(n),缺点:原址,需要把所有数都 load 到内存中 方法2: 利用最大堆作为辅助,时间复杂度 O(n*lg(k)),适用于处理数据量很大的情况. code #include <iostream> #include <vector> #…

去掉K位求取最小数 一个n位的数,去掉其中的k位,怎样使留下来的(n-k)位数按原来的前后顺序组成的数最小 例如 8314925去掉4个数,留下125最小,注意有前后顺序要求,要是没有顺序当然是123. 解决方案 贪心算法,在每次被访问的位置保证有最优解. 思路一 分析:求一共n位,求其中的m位组成的数最小.那么这个m位的数,最高位应该在原数的最高位到第m位区间找,要不然就不能当第m位了,如下图(得到3位数最小,要是百位数在25中找,就当不了百位数了): 同样找十位数时只能在百味数到目前位置中间…

Given an array of integers and an integer k, you need to find the total number of continuous subarrays whose sum equals to k. Example 1: Input:nums = [1,1,1], k = 2 Output: 2 Note: The length of the array is in range [1, 20,000]. The range of numbers…

Given an array of integers and an integer k, you need to find the number of unique k-diff pairs in the array. Here a k-diff pair is defined as an integer pair (i, j), where i and j are both numbers in the array and their absolute difference is k. Exa…

定一个含有n个数的序列a[1],a[2],a[3]……a[n],程序必须回答这样的询问:对于给定的i,j,k,在a[i],a[i+1],a[i+2]……a[j]中第k小的数是多少(1≤k≤j-i+1),并且,你可以改变一些a[i]的值,改变后,程序还能针对改变后的a继续回答上面的问题.你需要编一个这样的程序,从输入文件中读入序列a,然后读入一系列的指令,包括询问指令和修改指令.对于每一个询问指令,你必须输出正确的回答. 第一行有两个正整数n(1≤n≤10000),m(1≤m≤10000).分别表…

题目链接:https://leetcode.com/problems/subarrays-with-k-different-integers/ 题意:已知一个全为正数的数组A,1<=A.length<=20000,1<=A[i]<=A.length,1<=K<=A.length,问A中恰好有K个不同的元素的子数组个数有多少个 思路:对于考虑到数据范围较大,暴力显然不可取.对于每个位置i,如果用min_k[i] 表示起始位置为i的子数组存在k个元素的最小结束位置,用min…

给出集合 [1,2,3,…,n],其所有元素共有 n! 种排列. 按大小顺序列出所有排列情况,并一一标记,当 n = 3 时, 所有排列如下: "123" "132" "213" "231" "312" "321" 给定 n 和 k,返回第 k 个排列. 说明: 给定 n 的范围是 [1, 9]. 给定 k 的范围是[1,  n!]. 示例 1: 输入: n = 3, k = 3 输出:…

题目:输入n个整数,找出其中最小的K个数.例如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字,则最小的4个数字是1,2,3,4,. *知识点:Java PriorityQueue 调整新插入元素 转自https://www.cnblogs.com/CarpenterLee/p/5488070.html //siftUp() private void siftUp(int k, E x) { while (k > 0) { int parent = (k - 1) >>> 1;//pa…

解法参考 <[分步详解]两个有序数组中的中位数和Top K问题> https://blog.csdn.net/hk2291976/article/details/51107778 里面求中位数的方法很巧妙,非常值得借鉴,这里写一个用类似思想实现 求第k个最小数的值 这里没有虚加 #,因为求k个最小数的值 不需要考虑 奇偶问题,所以更简单,代码如下: //[2,3,5] [1 4 7 9] 第k个小的树的数,比如k=3 那么就返回3 int findTopKSortedArrays(vector…

题目描述 设计一个找到数据流中第K大元素的类(class).注意是排序后的第K大元素,不是第K个不同的元素. 你的 KthLargest 类需要一个同时接收整数 k 和整数数组nums 的构造器,它包含数据流中的初始元素.每次调用 KthLargest.add,返回当前数据流中第K大的元素. 示例 int k = 3; int[] arr = [4,5,8,2]; KthLargest kthLargest = new KthLargest(3, arr); kthLargest.add(3);…

这是在面试常遇到的topk问题. 题目描述: 输入n个整数,找出其中最小的K个数.例如输入4,5,1,6,2,7,3,8这8个数字,则最小的4个数字是1,2,3,4,. 解题思路: 思路一:用快排对数组做一次排序,输出前k个.这种方法会改变原数组排列,复杂度为O(nlogn). 思路二:基于partition思想,进行一次快速排序用哨兵数分割数组中的数据.由于partition每次将数组分成两段,左半部分小于关键字,右半部分大于关键字.可以递归做partition,关键字位置,若关键字位置等于k…

题目描述 给出一个链表,每 k 个节点一组进行翻转,并返回翻转后的链表. k 是一个正整数,它的值小于或等于链表的长度.如果节点总数不是 k 的整数倍,那么将最后剩余节点保持原有顺序. 示例 : 给定这个链表:1->2->3->4->5 当 k = 2 时,应当返回: 2->1->4->3->5 当 k = 3 时,应当返回: 3->2->1->4->5 说明: 你的算法只能使用常数的额外空间. 你不能只是单纯的改变节点内部的值,而是…

最近在看<机器学习实战>这本书,因为自己本身很想深入的了解机器学习算法,加之想学python,就在朋友的推荐之下选择了这本书进行学习. 一 . K-近邻算法(KNN)概述 最简单最初级的分类器是将全部的训练数据所对应的类别都记录下来,当测试对象的属性和某个训练对象的属性完全匹配时,便可以对其进行分类.但是怎么可能所有测试对象都会找到与之完全匹配的训练对象呢,其次就是存在一个测试对象同时与多个训练对象匹配,导致一个训练对象被分到了多个类的问题,基于这些问题呢,就产生了KNN. KNN是通过测量不…

Given a string and number K, find the substrings of size K with K distinct characters. If no, output empty list. Remember to emit the duplicate substrings, i.e. if the substring repeated twice, only output once. 字符串中等题.Sliding window algorithm + Hash…

In an array A containing only 0s and 1s, a K-bit flip consists of choosing a (contiguous) subarray of length K and simultaneously changing every 0 in the subarray to 1, and every 1 in the subarray to 0. Return the minimum number of K-bit flips requir…

findClosestCentroids.m m = size(X,); :m [value index] = min(sum((repmat(X(i,:),K,)-centroids).^,)); idx(i) = index; end computeCentroids.m temp = [X idx]; // pdf说能向量化实现更高效,本人对matlab实在不熟,勉强实现了下循环的,若有大神,敬请赐教. :K [index_row index_column]= find(temp(:,en…

题目描述: Given an array of integers and an integer k, find out whether there are two distinct indices i and j in the array such that nums[i] = nums[j] and the absolute difference between i and j is at most k. Example 1: Input: [1,2,3,1], k = 3 Output: t…