python scipy包进行GO富集分析p值计算

最近总是有需要单独对某一个类型的通路进行超几何分布的p值计算,这里记录一下python包的计算方法使用scipy的stat里面的hypergeom.sf方法进行富集分析的p值计算 hsaxxxxx AA and Linoleic metabolism KEGG pathways Pathways KEGG (Homo sapiens (human)) 59 17 3586 141 3.32E-11 ------------ set in set background in background…

python机器学习包 Windows下 pip安装 scikit-learn numpy scipy

1.到PIP的目录中C:\Python34\Scripts;2. 2.1 pip安装numpy pip install numpy 2.2 pip安装sklearn pip install -U scikit-learn 2.3 pip安装scipy(注:sklearn 依赖scipy包) pip install scipy 3 Python机器学习包测试 python >>> import sklearn>>> import numpy>>>…

机器学习常用Python扩展包

在Ubuntu下安装Python模块通常有3种方法:1)使用apt-get:2)使用pip命令(推荐);3)easy_instal 可安装方法参考:[转]linux和windows下安装python集成开发环境及其python包 ——[二.安装] 参考:[Install Python packages on Ubuntu 14.04] 使用pip安装以下包时可能会出现问题(某些基础库缺失),导致安装失败,所以可确定系统中是否存在以下基础库: Ubuntu dependencies A varie…

LFD,非官方的Windows二进制文件的Python扩展包

LFD,非官方的Windows二进制文件的Python扩展包 LFD,非官方版本.32和64位.Windows.二进制文件.科学开源.Python扩展包克里斯托夫·戈尔克(by Christoph Gohlke),LFD(荧光动力学实验室),加利福尼亚大学,Irvine, 网址:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ ------------------------------ A APSW,另一个Python Sqlite封装. Aspell-p…

linux和windows下安装python拓展包及requirement.txt安装类库

python拓展包安装直接安装拓展包默认路径: Unix(Linux)默认路径:/usr/local/lib/pythonX.Y/site-packagesWindows默认路径:C:\PythonXY\Lib\site-packages 测试和升级python拓展安装包pip 查看pip安装时对应的Python版本 which pip /d/python3.4.2/Scripts/pip 更新pip: python -m pip install --upgrade pip 测试python拓…

python库包大全(转)

python 库资源大全转自: Python 资源大全中文版环境管理管理 Python 版本和环境的工具 p:非常简单的交互式 python 版本管理工具.官网 pyenv:简单的 Python 版本管理工具.官网 Vex:可以在虚拟环境中执行命令.官网 virtualenv:创建独立 Python 环境的工具.官网 virtualenvwrapper:virtualenv 的一组扩展.官网包管理管理包和依赖的工具. pip:Python 包和依赖关系管理工具.官网 pip-tools…

DEPICT实现基因优化（gene prioritization）、gene set富集分析（geneset enrichment）、组织富集分析（tissue enrichment）

全基因组关联分析除了找到显著的关联位点,我们还可以做基因优化.geneset富集分析.组织富集分析,下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析. summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X 或者 UNIX, 不支持windows系统 1.2 Java SE 6(或者更高),没有安装Java请自行安装 1.3 需要PIP 怎么确定系统有没有安装PIP呢,输入命令which pip,如果没有路径弹出,说明没有PIP…

简易安装python统计包

PythonCharm简易安装python统计包及本文介绍使用pythonCharm IDE 来安装Python统计包或一些packages的简单过程,基本无任何技术难度,顺便提一提笔者在安装过程中遇到的两个小问题. ================================================================================================================== 1.pythonCharm介绍对于这款IDE的描…

Python机器学习包

常用Python机器学习包 Numpy:用于科学计算的包 Pandas:提供高性能,易于使用的数据结构和数据分析工具 Scipy:用于数学,科学工程的软件 StatsModels:用于探索数据.估计统计模型.统计检验 Scikit-learn:提供经典的机器学习算法用于数据挖掘和数据分析 matplotlib:2D绘图库,可绘制高质量的图片 Windows安装Python机器学习包网址:http://dblab.xmu.edu.cn/blog/python-machine-learning-pa…

R: 修改镜像、bioconductor安装及go基因富集分析

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster…

基于Python的信用评分卡模型分析（二）

上一篇文章基于Python的信用评分卡模型分析(一)已经介绍了信用评分卡模型的数据预处理.探索性数据分析.变量分箱和变量选择等.接下来我们将继续讨论信用评分卡的模型实现和分析,信用评分的方法和自动评分系统. 六.模型分析证据权重(Weight of Evidence,WOE)转换可以将Logistic回归模型转变为标准评分卡格式.引入WOE转换的目的并不是为了提高模型质量,只是一些变量不应该被纳入模型,这或者是因为它们不能增加模型值,或者是因为与其模型相关系数有关的误差较大,其实建立标准信用评…

python第三方包的windows安装文件exe格式

今天弄了一上午的python-ldap,发现要么安装vc,要么用其他比较麻烦的方法,都比较麻烦.幸好找到这个地址: http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ 这上面有很多python第三方包的二进制安装文件,包括32位和64位的.下载安装就ok了! 包括了mysqldb,ldap等. 如果安装了pip的话,直接pip install numpy就可以安装,但是scipy依赖于numpy+mkl,所以直接安装numpy没有Inter MKL也并没有用…

python抓取新浪微博评论并分析

1,实现效果 watermark/2/text/aHR0cDovL2Jsb2cuY3Nkbi5uZXQveGlhb2xhbnphbw==/font/5a6L5L2T/fontsize/400/fill/I0JBQkFCMA==/dissolve/70/gravity/SouthEast" width="320" height="300" alt=""> watermark/2/text/aHR0cDovL2Jsb2cuY3Nkbi…

GO富集分析示例【华为云技术分享】

版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc…

富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地址以前我会首选DAVID,原因是方便简单.有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去.至于运行速度我反而觉得比其他工具更快. 使用方法: 注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看G…

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel…

Python的包管理工具Pip (zz )

Python的包管理工具Pip 接触了Ruby,发现它有个包管理工具RubyGem很好用,并且有很完备的文档系统http://rdoc.info 发现Python下也有同样的工具,包括easy_install和Pip.不过,我没有细看easy_install的方法,这就简单的介绍一下Pip的安装与使用: 准备: $ curl -O http://python-distribute.org/distribute_setup.py $ python distribute_setup.py 安装: $…

安装python 的包 paramiko

安装python 的包 paramiko 安装依赖 yum -y install gcc python-devel 获取安装 pycryptowget https://pypi.python.org/packages/source/p/pycrypto/pycrypto-2.6.tar.gz --no-check-certificatetar xzvf pycrypto-2.6.tar.gzcd pycrypto-2.6python setup.py build && python s…

python的包和模块

python 的包即文件夹,但是必须包含_init_.py 模块就是xx.py…

websphere OSGi应用环境下服务调用saaj包加载问题分析报告

websphere OSGi应用环境下服务调用saaj包加载问题分析报告作者:bingjava 版权声明:本文为博主原创文章,转载请说明出处:http://www.cnblogs.com/bingjava/p/5254302.html. 今天业务部门的开发同事在客户现场部署系统时,出现了saaj类加载问题,本楼主经过一番java代码的翻阅,最终问题得到解决,在此进行记录. 故障情况说明系统简称基于osgi业务应用系统故障名称系统在客户生产环境:websphere7.0,基于osgi的应…

python笔记之常用模块用法分析

python笔记之常用模块用法分析内置模块(不用import就可以直接使用) 常用内置函数 help(obj) 在线帮助, obj可是任何类型 callable(obj) 查看一个obj是不是可以像函数一样调用 repr(obj) 得到obj的表示字符串,可以利用这个字符串eval重建该对象的一个拷贝 eval_r(str) 表示合法的python表达式,返回这个表达式 dir(obj) 查看obj的name space中可见的name hasattr(obj,name) 查看一个obj的na…

tcpdump 抓包让wireshark来分析

在linux下面用tcpdump 抓包非常方便, 但是抓的包要提取出来进行分析, 还是得用wireshark来过滤分析比较方便. 下面先介绍一下 TCPDUMP 的使用例:tcpdump host 172.16.29.40 and port 4600 -X -s 500 tcpdump采用命令行方式,它的命令格式为: tcpdump [ -adeflnNOpqStvx ] [ -c 数量 ] [ -F 文件名 ] [ -i 网络接口 ] [ -r 文件名] [ -s snaplen ] [ -…

Python的包管理

0.Python的包管理在刚开始学习Python的时候比较头疼各种包的管理,后来搜到一些Python的包管理工具,比如setuptools, easy_install, pip, distribute,了解到他们的大致关系如下图: Python包管理工具总而言之,pip是一个方便安装和管理Python包的工具,是easy_install的取代,使用起来相对容易. 1.安装pip 安装pip很简单. 首先进入pip官方主页,跳转到安装介绍页面,下载get-pip.py,然后在cmd中执行: p…

基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过…

python打包工具distutils、setuptools分析

在上一篇博文中总结了python中导入包,安装包一条完整的线路.其中有一个有意思的知识点,安装包的方式有很多种,模块和包管理中打包,发布,安装也是值得研究的内容. python中安装包的方式有很多种: 源码包:python setup.py install 在线安装:pip install 包名(linux) / easy_install 包名(window) python包在开发中十分常见,一般的使用套路是所有的功能做一个python模块包,打包模块,然后发布,安装使用.打包和安装包就是最常见…

使用python scipy.optimize linprog和lingo线性规划求解最大值，最小值（运筹学学习笔记）

1.线性规划模型: 2.使用python scipy.optimize linprog求解模型最优解: 在这里我们用到scipy中的linprog进行求解,linprog的用法见https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.optimize.linprog.html scipy.optimize.linprog(c, A_ub=None, b_ub=None, A_eq=None, b_eq=None, bounds=Non…