GC偏好 测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到,产生的reads更多,这些区域的覆盖度更高, 在高GC或者低GC区域,不容易被测到,产生较少的reads,这些区域的覆盖度更少. 用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标,覆盖度作为纵坐标作图,可以明显的看到该趋势.这种趋势在100kb为单位的bin中依然存在.如图A中可以看出随着GC含量的增加,counts是先增加后减少,bin的大小为10kb.图C可以看出大部分片断的GC含量0.4到0.6之间. GC偏好也…

在二代测序仪上测出的数据,通常都会表现出测序深度与GC 含量的相关性,称为GC bias. GC bias校正 为了后续生物信息分析更加准确,通常需要做GC bias的校正. 2010 年 steven Quake 在Noninvasive diagnosis of fetal aneuploidy by shotgun sequencing DNA from maternal blood提出将GC content画出bin,并算出每个GC bin里的tags number的平均值, 然后将同一…

10X Genomics已经广泛应用于单细胞测序.组装领域,现在也是火的不行. 10X Genomics原理 通过将来自相同DNA片段(10-100kb)的reads加上相同的barcode,然后在illumina平台上进行测序,从而实现长片段的测序.其基本原理是同一长片段的reads会具有同样的标签,称为linked-reads,利用这些barcode的信息,可将短reads拼接为长reads.这样的linked-reads可进行结构变异检测及单倍型定相的分析. 总结:10X Genomics…

对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域,还是会有很多的区域覆盖不到,而这些区域正是发挥调控功能的非编码基因区域,近年来,非编码功能的研究越来越多,如果拼接出来的基因组上缺少这部分序列,无法进行后续的研究: 而且由于测序读长的限制和拼接算法的原因,对于重复序列,GC异常区域,会存在组装错误,甚至组装不出来: 三代测序,其长读长和无GC偏好性…

第七章 并发gc Java 8提供两种并发gc,CMS和G1 Concurrent Mark Sweep (CMS) Collector This collector is for applications that prefer shorter garbage collection pauses and can afford to share processor resources with the garbage collection. CMS GC适用于偏好尽可能短的gc时间(因为gc会造…

运用jvm自带的命令可以方便的在生产监控和打印堆栈的日志信息帮忙我们来定位问题!虽然jvm调优成熟的工具已经有很多:jconsole.大名鼎鼎的VisualVM,IBM的Memory Analyzer等等,但是在生产环境出现问题的时候,一方面工具的使用会有所限制,另一方面喜欢装X的我们,总喜欢在出现问题的时候在终端输入一些命令来解决.所有的工具几乎都是依赖于jdk的接口和底层的这些命令,研究这些命令的使用也让我们更能了解jvm构成和特性. Sun JDK监控和故障处理命令有jps jstat j…

本PPT从JVM体系结构概述.GC算法.Hotspot内存管理.Hotspot垃圾回收器.调优和监控工具六大方面进行讲述.(内嵌iframe,建议使用电脑浏览) 好东西当然要分享,PPT已上传可供下载(点此下载),另外良心推荐阅读<深入理解Java虚拟机JVM高级特性与最佳实践.pdf>(点此下载).…

今天继续来 带大家讲解CoreCLR之GC,首先我们继续看这个GCSample,这篇文章是上一篇文章的继续,如果有不清楚的,还请翻到我写的上一篇随笔.下面我们继续: // Initialize free object methodtable. The GC uses a special array-like methodtable as placeholder // for collected free space. // //初始化释放器(对象方法表),<-不知道翻译得对不对. //GC使用一…

有几天没写GC相关的文章了哈,今天我讲GC的方式是通过一个小的Sample来讲解,这个小的示例代码只有全部Build成功了才会有.地址为D:\coreclr2\coreclr\bin\obj\Windows_NT.x64.Debug\src\gc\sample,前缀路径大家替换成自己的路径就OK了. 首先我们还是从main函数来入手吧.首先是初始化GC. int __cdecl main(int argc, char* argv[]) { // // Initialize system info…

首先谢谢 @dudu 和 @张善友 这2位大神能订阅我,本来在写这个系列以前,我一直对写一些核心而且底层的知识持怀疑态度,我为什么持怀疑态度呢?因为一般写高层语言的人99%都不会碰底层,其实说句实话,我以前也不看这些东西,只是因为自己觉得对C++感兴趣,索性乱写点东西,如果有写得不好的地方,还请上面2位大神指出. 其实我现在虽然写的是C++,但是我打算在后面把C++和.NET的一些基础类库融合起来,我发现写CLR的文章特别少,不知道什么原因.反正,废话不多,开始今天的写作吧,今天依然是把重点集中…