【awk】用awk将Fasta文件序列变成一行

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【awk】用awk将Fasta文件序列变成一行

awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile…

#!/usr/bin/perl -w use strict; die "Usage: $0 <file>\n" unless (@ARGV == 1); my $lines = 0; my $bases = 0; while (my $line = <>){ # <> operator reads one line at a time from the file specified by $ARGV[0]. chomp $line; next if…

awk同时处理多个文件

关于awk的多文件处理: awk的数据输入有两个来源,标准输入和文件,后一种方式支持多个文件,如1.shell的Pathname Expansion方式:awk '{...}' *.txt # *.txt先被shell解释,替换成当前目录下的所有*.txt,如当前目录有1.txt和 2.txt,则命令最终为awk '{...}' 1.txt 2.txt2.直接指定多个文件: awk '{...}' a.txt b.txt c.txt ...awk对多文件的处理流程是,依次读取各个文件内容,如…

AWK原理及命令和文件输入

一.awk简介 1.awk是3个姓氏的首字母,代表该语言的3个作者,awk的版本有很多,包括:旧版awk,新版awk(nawk),GNU awk(gawk)等. awk程序有awk命令,括在引号或写在文件中的指令以及输入文件这几个部分组成. 2.检查系统中是否安装有awk [root@rhel helinbash]# which awk /bin/awk [root@rhel helinbash]# which gawk /bin/gawk [root@rhel heli…

perl 多fasta文件匹配，并提取匹配文件第一条序列

目标如题,有多个fasta文件和一个文件名列表,将文件名列表中包含的文件匹配出来并提取第一条序列合并成一个fa文件. 这个采用perl实现,用法和代码如下: 1 #!/usr/bin/perl -w 2 use strict; 3 4 sub usage{ 5 die "usage:perl $0 <fa.list> <Fasta_Dir> <merged.fa>\n",unless(@ARGV==3); 6 } 7 usage(); 8 9 ope…

fasta文件拆分与合并

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f…

Linux文件排序和FASTA文件操作

文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用.我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件. # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为1,用空格分割 $ seq -s ' ' 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为2 # 如果有3个数,中间的数为步长,最后一个始终为最大值 $ seq -s ' ' 1 2 10 1 3 5 7 9 $ cat…

python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG…

FASTA/Q序列处理神器---seqkit

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本安装 1 conda install seqkit 使用序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN…

TynSerial文件序列（还原）

TynSerial文件序列(还原) 1)下载文件 procedure TForm1.DownFile(filename: string); // 下载文件 var url: SockString; i: integer; serial: TynSerial; ms: TMemoryStream; begin serial := TynSerial.Create; ms := TMemoryStream.Create; try url := 'downfile'; serial.WriteStri…