tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装: tophat-fusion 是集成在tophat软件中的,具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法: 对于tophat-fusion 而言,要求固定的目录结构,比如我在result 文件夹下进行tophat-fusion的分析 那么我需要在该目录下准备几个文件: 1)物种对应的re…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

期刊:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:June 17, 2019 DOI:10.1074/mcp.RA119.001456 分享人:任哲 内容与观点: 大家好,本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于蛋白质组基因组学工具的文章,题目是FusionPro, a Versatile Proteogenomic Tool for Identification of Novel Fusion Transc…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测: 网址如下: http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/…

定义:融合基因是指两个或者多个基因联合起来,一起转录形成一个转录本: 检测的意义:融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记,比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中: AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中: CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo型白血病的分子标志: PML/RARα融合基因是急性早幼粒细胞白血病(APL)的分子标志: 检测方法: 只有少数的融合基因是因为染色体易位等原因,在DNA水平上联合在一起,而大多数的融合基因在DNA水…

费城染色体 费城染色体(Philadelphia chromosome, Ph (or Ph') chromosome),或称费城染色体易位(Philadelphia translocation),是一种与慢性粒细胞性白血病(chronic myelogenous leukemia, CML)相关的特殊染色体易位现象.其中细胞的9号染色体长臂与22号染色体长臂进行相互易位,具体定义为t(9;22)(q34;q11).这一染色体易位现象与慢性粒细胞性白血病有高度的灵敏度,有95%的慢性粒细胞性白血…

有了Mac机,还是需在Mac上用Windows怎么办?, VMware Fusion 是运行在Mac机上的虚拟机软件, 类似于VMware workstation. 这样就可以在Mac上运行Windows 系统, 实现了Windows 和 Mac OS X平台的完美结合. 用Mac机的人,肯定会希望Mac机上也运行Windows系统. 因为很多软件只有Windows上有,而Mac没有. 特别是在国内,大家都习惯了Windows.大部分的网银, 游戏只有Windows上有, 有了Fusion, 用…

    Kinect for Windows SDK1.7中引入了Kinect Fusion功能.在1.8的SDK中对该功能进行了改进和强化,Kinect Fusion能够使得我们使用Kinect for Windows 传感器来进行真实场景的三维几何重建,目前已支持导出.obj及.stl等三维数据格式.Kinect Fusion技术在支持GPU加速的机器上能够对物体进行实时的三维建模.和传统的三维建模方式相比,Kinect Fusion最大的优势是快速便捷.     Kinect Fusion…

今天在 vmware fusion 7 中,使用 windows 10 时,突然报出一个错误(忘记截图了),当时就要求强制重启系统,也没怎么在意,但是重启之后,发现 windows 10 居然不能联网了,网络状态显示为:unidentified network. 解决过程就不详细描述了,尝试成功的解决方案: Open a command prompt with elevated privileges. For more information see Microsoft article Comm…