文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

目录 一.iMetaLab简介 二.内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages 5. Web development libraries and frameworks 三.报告内容 1. 谱图肽段ID统计 2. 肽段鉴定结果分析 3. 蛋白鉴定结果分析 4. 物种分析 5. 功能分析 MetaMep fo…

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,…

本次课程主题为<基于LC-MS的非靶向代谢组学>,主要分为代谢组学简介.代谢组学技术简介.非靶向代谢组学方法和数据采集.非靶向代谢组学数据分析和代谢物结构鉴定几个方面. 一.代谢组简介 基因组学--What can happen:转录组学--What appears to be happening:蛋白组学--What make it happen:代谢组学--What has happened and is happening,这里代谢组反映的是整个生命体最末端的活动,比如产生能量.物质等.…

一.概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率,蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点,由Ac-LysargiNase(N端蛋白酶)和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性,这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子,基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白组de novo测序. 二.研究背景 De novo测序是基于二级质谱谱图解析未知蛋白.翻译后修饰及蛋白突变位点的测序方法,这项技术适用于没有氨基酸序列信息的蛋白及蛋白组解析.De novo测序的难点…

炎症 (inflammation) 是机体对致炎因子的损伤所发生的一种以防御反应为主的基本病理过程.翻译后修饰(PTMs)在调节多种炎症信号通路中起着重要作用,如磷酸化(phosphorylation,P).泛素化(ubiquitination,Ub)和乙酰化(acetylation,Ac)已报道对病原体识别受体(PRR)依赖性炎症反应有多种影响.已有许多研究探讨了PTMs在先天免疫中的作用,但对其中PTM的动态变化,尤其是不同PTM间的Crosstalk却依然知之甚少. 近日,浙江大学附属第一…

一.引言 上一篇博文分享了消息队列(MSMQ)技术来实现分布式应用,在这篇博文继续分享下.NET平台下另一种分布式技术——.NET Remoting. 二..NET Remoting 介绍 2.1 .NET Remoting简介 .NET REmoting与MSMQ不同,它不支持离线可得,另外只适合.NET平台的程序进行通信.它提供了一种允许对象通过应用程序域与另一个对象进行交互的框架..NET 应用程序都在一个主应用程序域中执行的,在一个应用程序域中的代码不能访问另一个应用程序域的数据,然而在…

文献名:Development of a High Coverage Pseudotargeted Lipidomics Method Based on Ultra-High Performance Liquid Chromatography−Mass Spectrometry(基于超高效液相色谱-质谱法的高覆盖拟靶向脂质组学方法的开发) 期刊名:Analytical Chemistry 发表时间:(2018年5月) IF:6.38 单位: 中国科学院大连化学物理研究所 中国科学院大学 生物材料…