本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for…

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个…

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分…

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl…

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS…

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并…

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i…

本文转自:https://laravelacademy.org/post/920.html 上一节我们简单介绍了如何使用查询构建器对数据库进行基本的增删改查操作,这一节我们来探讨如何使用查询构建器实现一些更高级的查询操作. 1.连接查询(join) 连接查询指的是将两张表或多张表关联到一起进行查询,获取一个表的行与另一个表的行匹配的数据.常见的连接查询包括内连接(等值连接).左(外)连接.右(外)连接和交叉连接(完全连接)等.下面这张图形象的展示了这几种连接查询所获取的结果集: 下面我们简单演示…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

mysql50:192.168.4.50 1.构建MySQL服务器 安装MySQL-server.MySQl-client软件包 修改数据库用户root的密码 确认MySQL服务程序运行.root可控   1.1 卸载残留 ]# systemctl stop mariadb ]# rm -rf /etc/my.cnf ]# rm -rf /var/lib/mysql/* ]# rpm -e --nodeps mariadb-server mariadb  1.2 安装依赖包 ]# yum -y…

一.构建MySQL服务器 目标: 本案例要求熟悉MySQL官方安装包的使用,快速构建一台数据库服务器: 安装MySQL-server.MySQl-client软件包 修改数据库用户root的密码 确认MySQL服务程序运行.root可控 方案: 本课程将使用64位的RHEL 7操作系统,MySQL数据库的版本是5.7.17. 访问http://dev.mysql.com/downloads/mysql/,找到MySQL Community Server下载页面,平台选择“Red Hat Ente…

                                                        数据库的发展前引 MySQL的起源与发展过程 最为著名.应用最广泛的开源数据库软件 最早隶属于瑞典的MySQL AB公司 2008年1月,MySQL AB被Sun收购 2009年4月,SUN被Oracle收购 崭新的开源分支MariaDB 为应付MySQL可能会闭源的风险而诞生 由MySQL原作者Widenius主导开发 与MySQL保持最大程度兼容 MySQL的特点及应用 主要特点…

上一篇博客地址:python代理池的构建4--mongdb数据库的增删改查 一.对数据库里面代理ip检查(proxy_test.py) #-*-coding:utf-8-*- ''' 目的:检查代理IP可用性,保证代理池中代理IP基本可用 思路 1.在proxy. _test.py中, 创建ProxyTester类 2.提供-一个run 方法,用于处理检测代理IP核心逻辑 2.1.从数据库中获取所有代理IP 2.2.遍历代理IP列表 2.3.检查代理可用性 如果代理不可用,让代理分数-1,如果代…

MYSQL数据库.用户.表等基础构建: 1.->:创建数据库: 1.1. create schema [数据库名称] default character set utf8 collate utf8_general_ci;--创建数据库 采用create schema和create database创建数据库的效果一样. 例子:create schema spring4_mybatis3 default character set utf8 collate utf8_general_ci 或者:c…

上一篇博客地址:python代理池的构建3--爬取代理ip 一.mongdb数据库的增删改查(Mongo_pool.py) #-*-coding:utf-8-*- ''' 实现代理池的数据库模块 ●作用:用于对proxies 集合进行数据库的相关操作 目标:实现对数据库增删改查相关操作步骤: 1.在init 中,建立数据连接,获取要操作的集合,在del方法中关闭数据库连接2.提供基础的增删改查功能 i.实现插入功能i.实现修改该功能 ili.实现删除代理:根据代理的IP删除代理iv.查询所有代理…

package jianhua; import java.sql.*; public class ConDatabase { public static void main(String[] args) { Connection con; //驱动程序名 String driver = "com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver"; //URL指向要访问的数据库名wcy1 String url = "jdbc:sqlserver…

在 Django 中构建 Oracle 数据库支持的 Web 应用程序 了解如何配置 Django 以便与 Oracle 数据库交互,并使用 ORM 进行数据库连接.             产能在软件开发环境中意味着及时完成工作的能力.开发人员经常发现自己在重复执行相同的任务,这无疑会降低其产能.这是框架能够派上用场的地方:使用适当的框架,您可以将重点放在项目需求上,而不是处理低级.棘手的实施细节.            Django 是基于 Python 的 Web 应用程序框架,最初旨在简…

该系列文章将会详细介绍WordPress数据总体的设计思路.详细介绍WordPress10个数据表的设计.并对WordPress系统中涉及的用户信息.分类信息.链接信息.文章信息.文章评论信息.基本设置信息这6类信息做详细介绍.http://www.cnblogs.com/meetrice/archive/2013/02/16/2913144.html <WordPress数据库研究(2.6.2版本)>包括了以下内容: 1.数据库简介及数据表关系介绍 2.wp_comments评论数据表介绍…

今天小伙伴问了一个sql的问题: update t set status=2 where id in(select id from t where status=1) 这个sql,在并发的情况下,会不会有问题? 假设:下面的讨论,数据库的事务隔离级别是read_committed 其实这个可以很容易测试一下,得出结论:存在丢失更新的问题. 先来理解两个概念: 1. 一致性读 当前的数据库产品级别都实现了多版本一致性,即MVCC,那么有了MVCC,数据库实现了读写互不阻塞的效果. 但为了达到rea…

开宗明义,你不应该在阿里云上使用自建的MySQL or SQL Server数据库,对了,还有Oracle or PostgreSQL数据库. 云数据库 RDS(Relational Database Service)是一种稳定可靠.可弹性伸缩的在线数据库服务.基于飞天分布式系统和全SSD盘高性能存储,支持MySQL.SQL Server.PostgreSQL和PPAS(高度兼容Oracle)引擎,默认部署主备架构且提供了容灾.备份.恢复.监控.迁移等方面的全套解决方案. 当然,并不是指所有用户…

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组…

本周在微软年度大会上,我们正在讨论组织如何依靠开发人员创造突破性的经验.随着大数据,云和人工智能的融合,创新与破坏正在加速,从未见过.数据是这一融合核心的关键战略资产.当结合云的无限计算能力和机器学习和人工智能等新功能时,它使开发人员能够构建下一代智能应用.作为开发人员,您正在寻找更快,更简单的方式来拥抱这些融合技术并改变您的应用体验. 今天在Build,我们做了几个产品公告,增加了上个月在Microsoft Data Amp上宣布的最新动力,这将有助于通过数据驱动的智能来增强地球上的每个组织.…

  先写一个数据库帮助器: public class MyDBHelper extends SQLiteOpenHelper { private static final String DB_NAME = "M-Evolution.db"; //数据库名称 private static final int DB_VERSION = 1; //数据库的版本号 private static MyDBHelper myDBHelper = null; //数据库帮助器的实例 private…

本文为转载 原文:https://blog.csdn.net/xwnxwn/article/details/53537841 由于长时间从事企业应用系统开发,前往用户现场升级.调试系统是比较常做的事情,但是就在周一,由于同事的失误在毫无知觉的情况下误删了生产数据库几乎所有的数据.当我发现的那一刻,感觉头发都立起来了,心想这他娘的是要领盒饭了. 为了迅速恢复系统的使用,在当时的情况下立即关闭相关系统的访问入口,前后共花费不到五分钟.经过思考,立即将最近的一次备份文件进行还原,从而保证了系统的正常运…

https://www.itcodemonkey.com/article/9339.html 时序数据已用于越来越多的应用中,包括物联网.DevOps.金融.零售.物流.石油天然气.制造业.汽车.太空.SaaS,乃至机器学习和人工智能.虽然当前时序数据库仅局限于采集度量和监控,但是软件开发人员已经逐渐明白,他们的确需要一款时序数据库,真正设计用于运行多种工作负载. 如果我们考虑采用一款时序数据库产品,这可能意味着我们正面对大量时序数据的快速堆积.我们需要一个地方对这些时序数据进行存储和分析.人们…

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr…

代码开发环境 开发工具为IDEA 工程构建方式为maven 数据库为mysql 5.7.20 mybatis版本为 3.1.1 mysql-connect-java jar包版本为 5.1.34 数据库数据为mysql官方数据库实力sakila,下载地址为https://dev.mysql.com/doc/index-other.html 项目目录结构 父工程为DeepMyBatis 实例module为chapter04 mudule依赖了common module,使用了其中的SqlSessi…

数据库概述 1 提供数据库的软件都有哪些 MySQL.SQL_Server.Oracle.DB2.Mariadb.MongoDB ... (1)是否开源 开源软件:MySQL.Mariadb.MongoDB 商业软件:Oracle.DB2.SQL_Server (2)是否跨平台 不跨平台:SQL_Server 跨平台:MySQL.Mariadb.MongoDB.Oracle.DB2 2 MySQL数据库的特点 2.1 MySQL数据库为关系型数据库 创建一个空的数据库其实就是创建一个数据库外壳,…

KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容,链接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息, 以human 为例: 1) 第一步,获取每条pathway具体的描述信息 对应的API为 : http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa 内容如下: 可以看到,返回的内容一共两列,第一列为物种对应的pathway, 第二列为该pathway 对应…

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE…