Augustus指南 官方 Tutorial Index Augustus是一个真核生物基因预测软件,目前有网页服务端和本地版,它基于Hidden-Markov Model(隐马尔科夫链模型HMM)(一个不错的HMM介绍博客)的预测方法,因此需要一个已经研究清楚的物种进行training(学习)之后再对新物种进行prediction(预测),用于trainning的物种应该和需要预测的物种具有较近的亲缘关系 特点:官方介绍 目录 Augustus指南 官方 Tutorial Index Inpu…

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus…

做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

GlimmerHMM指南 官方用户手册 GlimmerHMM是一种De novo的新基因预测软件. 新基因发现基于Generalized Hidden Markov Model (GHMM). GlimmerHMM把一个基因看做几种特征序列(状态)的有序切换,这些特征序列包括内含子,基因间隔区,四种外显子(第一个外显子,中间的外显子,最后一个外显子,唯一的外显子),切换的过程形成马尔科夫链. 特征序列内部序列基于Nth-order interpolated Markov models (IMM)…

函数本身就是一段JavaScript代码,定义一次但可能被调用任意次.如果函数挂载在一个对象上,作为对象的一个属性,通常这种函数被称作对象的方法.用于初始化一个新创建的对象的函数被称作构造函数. 相对于其他面向对象语言,在JavaScript中的函数是特殊的,函数即是对象.JavaScript可以把函数赋值给变量,或者作为参数传递给其他函数,甚至可以给它们设置属性等. JavaScript的函数可以嵌套在其他函数中定义,这样定义的函数就可以访问它们外层函数中的任何变量.这也就是所谓的"闭包&qu…

虚幻引擎4为程序员提供了两套工具集,可共同使用来加速开发的工作流程. 新的游戏类.Slate和Canvas用户接口元素以及编辑器功能可以使用C++语言来编写,并且在使用Visual Studio 或 XCode之一编译后可以在虚幻编辑器中反映出全部变更内容. 蓝图可视化脚本系统是一个强劲的工具,可以让类通过连接函数区块和属性引用来在编辑器中进行创建. C++类可以作为蓝图类的基类使用,并且这样的话,程序员就可以设置基础的游戏类,随后,它们由关卡设计师来进行子类和迭代处理. 虚幻引擎API引用 虚…

JavaScript对象可以看作是属性的无序集合,每个属性就是一个键值对,可增可删. JavaScript中的所有事物都是对象:字符串.数字.数组.日期,等等. JavaScript对象除了可以保持自有的属性外,还可以从一个称为原型的对象继承属性.对象的方法通常是继承的属性.这种"原型式集成"是JavaScript的的核心特征. 1.创建对象 第一种:对象直接量表示法创建对象. 这是最简单的对象创建方式,对象直接量由若干key:value键值对属性组成,属性之间用逗号分隔,整个对象用花…

JavaScript数组是一种特殊类型的对象. JavaScript数组元素可以为任意类型,最大容纳232-1个元素. JavaScript数组是动态的,有新元素添加时,自动更新length属性. JavaScript数组元素索引可以是不连续的,它们之间可以有空缺. 1.创建数组 调用构造函数Array()创建数组: var a = new Array(); //空数组,等同于数组直接量[] var b = new Array(5); //创建指定长度的数组 var c = new Array(…

const extern static 终极指南 不管是从事哪种语言的开发工作,const extern static 这三个关键字的用法和原理都是我们必须明白的.本文将对此做出非常详细的讲解. const const是这三个中最简单的一个关键字.主要用于声明常量.常量和变量的样子没什么两样,只是前者的值是不可修改的. 举个例子: int const a; const int a; 这两条语句都把a声明为一个整数,它的值不能被修改,在这里,这两条语句是等价的,只是表现形式不同. 那么问题来了,既…

Atitit.研发管理软件公司的软资产列表指南 1. Isv模型下的软资产1 2. 实现层面implet1 3. 规范spec层1 4. 法则定律等val层的总结2 1. Isv模型下的软资产 Soft assets就是“软资产”,指人力资源(human resources).品牌(brand).技术(technology)及知识储备等资产,研发能力也是软资产 2. 实现层面implet 产品 ,框架,类库 作者::  ★(attilax)>>>   绰号:老哇的爪子 ( 全名::Att…