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外显子分析报错解决方案bin field of BAM record does not equal value computed based on alignment start and end, and length of sequence to which read is aligned

以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run 下面详细说明怎么解决这个问题. 首先需要下载htsjdk软件,下载地址: http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar 在Linux上,可以输入以下命令下载该包: w…

外显子分析弹错解决方案：Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605

最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605”这个错误. 源代码是这样的: java -jar picard.jar ReorderSam \ I=original.bam \ O=reor…

外显子分析弹错解决方案：Invalid command line: Cannot process the provided BAM/CRAM file(s) because they were not indexed.

出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index. Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题: /path/to/your/samtools index file.bam…

JMeter 报告监听器导入.jtl结果文件报错解决方案

JMeter 报告监听器导入.jtl结果文件报错解决方案   by:授客 QQ:1033553122   1. 问题描述 把jmeter压测时生成的 .jtl结果文件导入监听器报告中,弹出如下错误提示 error loadding results file -see log file 2.  原因分析与解决方案 打开logger view,查看出错日志,下,提示没有足够的列用于解析 文件比较大,windows下查看打不开,,所以在Linux上用vim命令打开,定位到那行,结果发现如下截图,数据缺…

mysql主从复制报错解决方案

mysql主从复制报错解决方案 我先制造个错误 在slave删除个info3字段 然后在master 在info3插入数据 报错如下<pre> Last_SQL_Errno: 1054 Last_SQL_Error: Error 'Unknown column 'info3' in 'field list'' on query. Default database: 'test1'. Query: 'INSERT INTO `test1`.`wef` (`id`, `info1`, `info2…

转：CentOS上安装LAMP之第三步：MySQL环境及安装过程报错解决方案（纯净系统环境）

这是AMP运行环境中最后配置的环境: 惯例传送门: 1.编译安装MySQL cd /home/zhangatle/tar tar zxvf mysql-.tar.gz cd mysql- cmake \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \ -DMYSQL_DATADIR=/usr/local/mysql/data \ -DDEFAULT_CHARSET=utf8 \ -DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci 后面四句分…

【笔记】springCloud--Alibaba--nacos介绍----启动报错解决方案

Nacos介绍 · 欢迎来到 Nacos 的世界! · Nacos 致力于帮助您发现.配置和管理微服务.Nacos 提供了一组简单易用的特性集,帮助您快速实现动态服务发现.服务配置.服务元数据及流量管理. · Nacos 帮助您更敏捷和容易地构建.交付和管理微服务平台. Nacos 是构建以"服务"为中心的现代应用架构 (例如微服务范式.云原生范式) 的服务基础设施. 什么是 Nacos? 服务(Service)是 Nacos 世界的一等公民.Nacos 支持几乎所有主流类型的&quo…

RabbitMQ>Erlang machine stopped instantly (distribution name conflict?). The service is not restarted as OnFail is set to ignore.-报错解决方案 原来是NNND。。。

>Erlang machine stopped instantly (distribution name conflict?). The service is not restarted as OnFail is set to ignore. -报错解决方案 原来是NNND... RabbitMQ安装的盘符的名字是中文字符 切记:RabbitMQ安装路径不能出现中文字符…

Updates were rejected because the remote contains work that you do(git报错解决方案)

Updates were rejected because the remote contains work that you do(git报错解决方案) 今天向GitHub远程仓库提交本地项目文件时,遇到了下列错误,很是郁闷 看报错原因是我在远程做了改动 额,想起来了,昨天刚在这个项目对应的远程仓库修改了README文件 起初以为没有指定远程仓库,尝试了如下命令但还是不行 解决方案: 执行 git pull 远程分支名 本地分支名 再执行git push命令,没有报错 问题解决!!! 欢迎转载…

Php cli模式下执行报错/usr/bin/php: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/bin/php)

centos下php cli模式报错 /usr/bin/php: /usr/local/lib/libxml2.so.2: no version information available (required by /usr/bin/php) 解决办法: 删除对应目录下的ibxml2.so.2文件…