时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/python/public/molfile_to_params.py -n TPP TPP.mol2 --chain=F --clobber 转换,此命令会产生TPP_0001.pdb和TPP.params两个文件: 2. 其次,如果配体需要进行构象搜索,可以使用obabel,这个免费且简单,见博客http://w…

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -…

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria…

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R…

一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 Warning 300 Info 400 Debug 500 Trace 使用 -out:level <integer> 选项即可控制屏幕输出: 0 代表只输出致命型错误,程序异常终止 100 代表输出一般错误信息,程序终止 200 代表会输出警告信息,程序继续运行 300 代表输出一般信息,包…

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相…

对score.sc的便利操作: $ sort -n -k2 example_score_file.sc 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件. $ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 "\t" $3}' 此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通…

合并xml输出文件: pybot --outputdir d:\test --log log1.html --report report1.html --output output1.xml -T demo.txtpybot --outputdir d:\test --log log2.html --report report2.html --output output2.xml -T Jenkins_demo.txtrebot --outputdir d:\test --output all.…

1. 重新刷新页面 同页面切换状态: $state.go('tab.index', {inviteId:inviteId}); self.location.reload();…

1. 在用||做条件判断时,如果情况较多,我们可以考虑是否能够用Array.includes()方法代替 var conditionArray = [ test1, test2, test3 ]; if ( conditionArray.includes(value) ) { // do something.. } 2. 默认参数和参数的解构 function say({ name } = {}) { console.log(name || 'unknown'); }…