CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |…

1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子 解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H: 1) 使用…

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb…

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1  Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file irest=0 Do not restart simulation maxcyc=2000 Ma…

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)…

现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程. 1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的(openmpi-1.6.5.tar.bz2) 这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话: mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9]*/ 2>/dev/null | tail -n 1` 2. 下载完成之后进行解压 一定要解压到 $AMBERHOME/AmberTools/src…

最近刚开始学习amber软件,看网上的教程勉强知道怎么操作这个amber了.就暂时跑了个分子动力学,其他的啥也没处理.先把我的操作过程记录下来吧,免得日后忘记. 一.构建kcl.pdb结构 利用GaussView构建结构,其实很简单,就分别选择K和Cl,然后在窗口点两下,保存成kcl.pdb. 二.利用xleap获得sander的输入.top拓扑文件和.crd坐标文件 ①打开xleap,在命令行输入xleap ②导入spce水的leaprc文件,这个文件包含一些基本的离子的参数,我这里使用的是s…

1. Prepare Input File $ tleap >source leaprc.protein.ff14SB ----- Source: /home/wangq/Programs/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB ----- Source of /home/wangq/Programs/amber16/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff14SB done Log file: ./leap.log Loadin…

训练做的题里有板子单独拉出来. 欧拉筛 ],prim[N+]; int cnt; void Eular() { vis[]=vis[]=; ;i<N;i++) if(!vis[i]) { prim[cnt++]=i; ; } } 辗转相除法求逆元 ll ans,re; void e_gcd(ll a,ll b) { ) { ans=,re=; return; } e_gcd(b,a%b); ll temp=ans; ans=re; ///*** re=temp-a/b*re; } SPFA找环[…