linux blast

建库减压后,改名为blast,并在blas目录在建立db文件1,建立数据库makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname 还有formatdb http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483 建立核算库: formatdb -i fa -p F -o T 2.比对 blastn为例:blastn -query tese.fa -db dbname -out…

Linux 驱动开发

linux驱动开发总结(一) 基础性总结 1, linux驱动一般分为3大类: * 字符设备 * 块设备 * 网络设备 2, 开发环境构建: * 交叉工具链构建 * NFS和tftp服务器安装 3, 驱动开发中设计到的硬件: * 数字电路知识 * ARM硬件知识 * 熟练使用万用表和示波器 * 看懂芯片手册和原理图 4, linux内核源代码目录结构: * arch/: arch子目录包括了所有和体系结构相关的核心代码.它的每一个子目录都代表一种支持的体系结构,例如i386就是关于intel c…

Linux下BLAST+的本地化（BLAST 2.2.29+）

链接:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=830496&do=blog&quickforward=1&id=640600 Linux下BLAST+的本地化(NCBI-BLAST 2.2.29+): 1. 下载软件BLAST: 在以下网址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载: ncbi-blast-2.2.29+-x6…

linux安装本地blast

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…

Linux下BLAST的使用---转载

1.把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下:2.制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin:3.在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;4.在当前目录下,将数据文件格式化,$formatdb -i filename.后缀 -p F -o T 5.将待进行blas…

Blast 如何使用Blast+（Linux）转载

下载数据 #此处下载对应物种的数据库ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/,下载fna格式的即可 wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Arabidopsis_thaliana/CHR_I/NC_003070.fna #将数据改名为Arabidopsis_thaliana.fna mv NC_003070.fna Arabidopsis_thaliana.fna #我下载的是拟兰介的1号染色体,取其前100000行作为我的测试数据 h…

linux 下更改 blast+ version

to 2.2.30 cd /usr/bin sudo su mv blastdb_aliastool blastdb_aliastool_2.25 mv blastdbcheck blastdbcheck_2.25 mv blastdbcmd blastdbcmd_2.25 mv blast_formatter blast_formatter_2.25 mv blastn blastn_2.25 mv blastp blastp_2.25 mv blastx blastx_2.25 mv con…

Linux系统调用

在前面,我们接触到了很多函数能够实现系统相关的功能,比如解析命令行参数.控制进程以及映射内存等等.实际上,这些函数能够分为两大类: 库函数--这些函数就像普通函数一样,参数放置在寄存器或者栈里,运行时就从动态库里加载. 系统调用--这类函数的参数被打包传递到内核,由内核执行作业.例如低级I/O操作,open或者read. Linux提供了200多种不同的系统调用.他们大多声明在/usr/include/asm/unistd.h文件里. 1 strace命令 strace命令能够跟踪另一个程序的执…

TOP 10 BEST LINUX GAMES RELEASED IN 2016

Gaming on Linux used to be a very rare phrase. But since the arrival of Steam on Linux, the Linux gaming community is all charged up because of the games being natively developed for Linux instead of being dependent on third-party applications like W…

Linux 桌面玩家指南：02. 以最简洁的方式打造实用的 Vim 环境

特别说明:要在我的随笔后写评论的小伙伴们请注意了,我的博客开启了 MathJax 数学公式支持,MathJax 使用$标记数学公式的开始和结束.如果某条评论中出现了两个$,MathJax 会将两个$之间的内容按照数学公式进行排版,从而导致评论区格式混乱.如果大家的评论中用到了$,但是又不是为了使用数学公式,就请使用\$转义一下,谢谢. 想从头阅读该系列吗?下面是传送门: Linux 桌面玩家指南:01. 玩转 Linux 系统的方法论前言本来我是想写完 Linux 桌面系统的美化和字体配置之…

构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site 如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

Running command-line BLAST

Ubuntu安装BLAST 2014-02-09 10:45:03| 分类: Linux/Ubuntu|举报|字号订阅下载LOFTER我的照片书 | very easy! sudo apt-get install blast2 将自动安装以下程序: bl2seq blast2 blastall blastall_old blastcl3 blastclust blastpgp 具体程序参数请在终端输入程序名查看转自:http://azaleasays.com/2008/…

linux下nginx模块开发入门

本文模块编写参考http://blog.codinglabs.org/articles/intro-of-nginx-module-development.html 之前讲了nginx的安装,算是对nginx有了最初步的了解,在配置完之后,我们就可以进行简单的nginx模块开发了. 下面本文展示一个简单的Nginx模块开发全过程,我们开发一个叫echo的handler模块,这个模块功能非常简单,它接收“echo”指令,指令可指定一个字符串参数,模块会输出这个字符串作为HTTP响应.例如,对ngi…

Linux命令运行监测和软件安装

监测命令的运行时间 time command $ time sleep 5 real 0m5.003s # 程序开始至结束的时间,包括其它进程占用的时间片和IO时间 user 0m0.001s # 进程真正执行占用CPU的时间 sys 0m0.002s # 进程在内核中调用所消耗的CPU时间 user+sys是进程实际的CPU时间.如果多线程执行,这个时间可能大于Real.如果IO是瓶颈,则real会大于user+sys (单线程). 查看正在运行的命令和其资源使用 top 统计信息区第一…

Linux系统病毒防治

Linux系统病毒防治一.Linux病毒的历史 1996年出现的Staog是Linux系统下的第一个病毒,它出自澳大利亚一个叫VLAD的组织.Staog病毒是用汇编语言编写,专门感染二进制文件,并通过三种方式去尝试得到root权限.Staog病毒并不会对系统有什么实质性的损坏,它应该算是一个演示版,但它向世人揭示了Linux可能被病毒感染的潜在危险.Linux系统上第二个被发现的病毒是Bliss病毒,它是一个不小心被释放出来的实验性病毒.与其它病毒不同的是,Bliss本身带有免疫程序,只要在运…

Xshell登陆服务器及Linux的简单命令

在之前的推文中,我已经给出了怎样利用Git登陆服务器”你在用xshell,putty登陆?推荐一个小工具(Git)登陆“其中包括xshell登陆服务器.今天讲讲常见的Linux命令,这个和之前将的利用Git中有很大一部分是一样的. 在命令中用到#井号表示注释,对该命令进行解释 #ls表示显示当前目录的文件 smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ lsgenome script1 #cd表示进入指定目录 smyang@VM-0-2-ubuntu:~$ cd genome/ smyang@V…

Nginx（三）：Linux环境（Ubuntu）下Nginx的安装

Nginx 是一位俄罗斯人 Igor Sysoev(伊戈尔·塞索斯夫)编写的一款高性能HTTP和反向代理服务器. Nginx 主要是有C编写的,安装Nginx需要GCC编译器(GNU Compiler Collection).除了这个,Nginx的一些模块需要其他第三方库的支持,例如gzip的zlilb库,rewrite的pcre库,ssl功能需要openssl库等. 1)安装Pcre Perl语言兼容正则表达式 (Perl Compatible Regular Expressions) ,首先…

MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用

目录 MEGAN 4 MEGAN 5 MEGAN 6 MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了. 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版.不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下.网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对Linux平台的使用. MEGAN的GUI版相对友好,如果你在Windows平台使用过该软件,…

【宏基因组】MEGAN4，MEGAN5和MEGAN6的Linux安装和使用

MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了. 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版.不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下.网上的关于这方面的资料也寥寥无几,这里简单记录下使用方法,主要是针对Linux平台的使用. MEGAN的GUI版相对友好,如果你在Windows平台使用过该软件,那么在Linux上使用和理解起来相对容易些. MEGA…

Linux 内核概述 - Linux Kernel

Linux 内核学习笔记整理. Unix unix 已有40历史,但计算机科学家仍认为其是现存操作系统中最大和最优秀的系统,它已成为一种传奇的存在,历经时间的考验却依然声名不坠. 1973 年,在用 C 语言重写了 Unix 系统后,大量的Unix衍生版本开始出现,许多公司把 unix 移植到新的机型上,开发者们都按照自己的方式不断增强系统的功能.Unix 系统设计简洁并在发布时提供源代码,所以许多团体都对其进行了进一步的开发.加州大学伯克利分校便是其中影响最大的一个.在BSD基础上,很多厂商也…

死磕内存篇 --- JAVA进程和linux内存间的大小关系

运行个JAVA 用sleep去hold住 package org.hjb.test; public class TestOnly { public static void main(String[] args) { System.out.println("sleep .."); try { Thread.sleep(10000000); } catch (InterruptedException e) { e.printStackTrace(); } } } java -Xmx10…

NodeJs在Linux下使用的各种问题

环境:ubuntu16.04 ubuntu中安装NodeJs 通过apt-get命令安装后发现只能使用nodejs,而没有node命令如果想避免这种情况请看下面连接的这种安装方式: 拓展见:Linux下Nodejs安装(完整详细) 如果想解决问题的话,输入下面的命令即可 sudo ln -s /usr/bin/nodejs /usr/bin/node npm intsall安装依赖报错在package.json中添加: "private": true 拓展见:npm WARN pa…

[linux]阿里云主机的免登陆安全SSH配置与思考

公司服务器使用的第三方云端服务,即阿里云,而本地需要经常去登录到服务器做相应的配置工作,鉴于此,每次登录都要使用密码是比较烦躁的,本着极速思想,我们需要配置我们的免登陆. 一理论概述 SSH介绍 SSH 为 Secure Shell 的缩写,由 IETF 的Network Working Group提出. SSH 是建立与应用层基础上的安全协议. SSH 相对可靠,专为远程s登录会话和其他网络服务提供安全性的协议. SSH好处利用 SSH 协议可以有效防止远程管理过程中的信息泄露问题. SS…

Linux平台 Oracle 10gR2（10.2.0.5）RAC安装 Part3：db安装和升级

Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part3:db安装和升级环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 5.安装Database软件 5.1 解压安装介质 5.2 开始安装db软件 5.3 root用户执行脚本 6.升级Database软件 6.1 升级db软件 6.2 root用户执行脚本 7.创建数据库 7.1 创建监听 7.2 创建ASM 7.3 创建数据库 Linux平台 Oracle 10gR2 RAC安装指导: Part1…

Linux平台 Oracle 10gR2（10.2.0.5）RAC安装 Part1：准备工作

Linux平台 Oracle 10gR2(10.2.0.5)RAC安装 Part1:准备工作环境:OEL 5.7 + Oracle 10.2.0.5 RAC 1.实施前准备工作 1.1 服务器安装操作系统 1.2 Oracle安装介质 1.3 共享存储规划 1.4 网络规划分配 2.主机配置 2.1 使用yum安装oracle-validated包来简化主机配置的部分工作 2.2 共享存储配置 2.3 配置/etc/hosts 2.4 配置Oracle用户等价性 2.5 创建软件目录 2.6…

SQL Server on Linux 理由浅析

SQL Server on Linux 理由浅析今天的爆炸性新闻<SQL Server on Linux>基本上在各大科技媒体上刷屏了大家看到这个新闻都觉得非常震精,而美股,今天微软开盘上涨1.5%,资本市场怎么看微软也非常值得关注. 微软真正要拥抱开源,拥抱Linux了吗? 本人觉得:是的,但是微软做出SQL Server on Linux这个决定也是有章可循的下面有两篇网上的文章<Windows时代完结:只占微软营收10% 越来越不重要> 文章来源:http://www.…

Microsoft Loves Linux

微软新任CEO纳德拉提出的“Microsoft Loves Linux”,并且微软宣布.NET框架的开源,近期Microsoft不但宣布了Linux平台的SQL Server,还宣布了Microsoft将重新建立对开源软件的支持,包括对Xamarin的收购,以及加入Eclipse基金会. SQL Server将会在 Linux上提供核心关系型数据库功能,旨在让SQL Server成为横跨Windows服务器和Linux的数据平台.目前有很多使用Linux但希望使用MS SQL Server的企业…

【linux blast】的更多相关文章