参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

上一篇博文中已经对全文检索有了一定的了解,这篇文章主要来总结一下全文检索的第一步:构建索引.其实上一篇博文中的示例程序已经对构建索引写了一段程序了,而且那个程序还是挺完善的.不过从知识点的完整性来考虑,我想从Lucene的添加文档.删除文档.修改文档以及文档域加权四个部分来展开对构建索引的总结,也便于我后期的查看.会重点分析一下删除文档(因为有两中方式)和文档域加权这(实际中会用到比较多)两个部分. 1. 准备阶段 新建一个maven工程,pom.xml如下: <project xmlns=&quo…

使用Spark构建索引非常简单,因为spark提供了更高级的抽象rdd分布式弹性数据集,相比以前的使用Hadoop的MapReduce来构建大规模索引,Spark具有更灵活的api操作,性能更高,语法更简洁等一系列优点. 先看下,整体的拓扑图: 然后,再来看下,使用scala写的spark程序: package com.easy.build.index import java.util import org.apache.solr.client.solrj.beans.Field import …

一.实验名称:构建索引 二.实验日期:2013/9/21 三.实验目的: 1)        能理解Lucene中的Document-Field结构的数据建模过程: 2)        能编针对特定数据生成索引文件. 四.实验用的仪器和材料: MyEclipse 10,JDK 五.实验的步骤和方法: 题目一:在指定目录生成表示3本书的索引,要求建立3个document分别存放书名数据.把生成的索引文件截好图(复合索引与一般索引各生成一次) 图1:一般索引的截图 图2:复合索引的截图 题目二:修改…

如何提高Lucene构建索引的速度 hans(汉斯) 2013-01-27 10:12 对于Lucene>=2.3:IndexWriter可以自行根据内存使用来释放缓存.调用writer.setRAMBufferSizeMB()方法设置缓存尺寸.确保你没有任何的遗留代码调用setMaxBufferedDocs方法,因为写入器可以根据两种情况一起释放缓存(哪个更早发生).使用你可以提供的全部内存.在释放缓存之前使用更多的内存,意味着Lucene写入更大的段,意味着延迟合并的发生.LUCENE-84…

Reference: http://www.totogoo.com/article/115/xapian-desc.html Xapian与开源 Xapian的官方网站是http://www.xapian.org,这是一个非常优秀的开源搜索引擎项目,搜索引擎其实只是一个通俗的说法,正式的说法其实是IR(Information Retrieval)系统.Xapian的License是GPL,这意味着允许使用者自由地修改其源码并发布之.Xapian的中文资料非常少,可以说现在互联网上连一篇完整详细的…

搭建lucene的步骤这里就不详细介绍了,无外乎就是下载相关jar包,在eclipse中新建java工程,引入相关的jar包即可 本文主要在没有剖析lucene的源码之前实战一下,通过实战来促进研究 建立索引 下面的程序展示了indexer的使用 package com.wuyudong.mylucene; import org.apache.lucene.index.IndexWriter; import org.apache.lucene.analysis.standard.Standard…

在搜索文档内容之前要做的事情就是对从各种不同来源(网页,数据库,电子邮件等)的文档进行索引,索引的过程就是对内容进行提取,规范化(通过对内容进行建模来实现),然后存储. 在索引的过程中有几个基本的概念,根据我自己的理解大概写一下: 文档(Document): 文档在索引和搜索的时候都会用到,是索引和搜索的基本单位(类似于关系数据库关系表中的记录),若我们对网页内容进行索引和搜索,则从互联网上爬下来的每一个网页最终都会经过分析,提取出其中有意义的部分(比如网页标题,URL,包含的关键字,发布日期等…

创建TCP客户端 Client client = new TransportClient() .addTransportAddress(new InetSocketTransportAddress( "localhost", 9300)); 创建索引 client.admin().indices().prepareCreate("pages").execute().actionGet(); 创建索引结构 XContentBuilder builder=XConten…

二叉树的各种遍历方式都是可以建立二叉树的,例如中序遍历,就是在第一步建立左子树,中间第二步建立新的节点,第三步构建右子树 此题利用二叉搜索树的中序遍历是递增序列的特点,而链表正好就是递增序列,从左子树开始递归利用链表的数据 控制平衡是用的递归层数,用left和right来控制 /* 各序遍历也可以建立树 利用二叉搜索树的特点,用中序遍历建立二叉树 */ //要递归listnode,所以要用全局变量 ListNode node; public TreeNode sortedListToBST(Li…