limma 包】的更多相关文章

limma:Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("l…
简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expressi…
使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo…
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) if(! require("devtools")) install.packages("devtools") if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2") if(! require(…
前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta…
最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi…
个人开发包的目录结构 ├── coverage //istanbul测试覆盖率生成的文件 ├── index.js //入口文件 ├── introduce.md //说明文件 ├── lib │   └── node-cnblogs-spider.js //主要文件 ├── node_modules //第三方包 ├── package.json ├── README.md └── test //单元测试文件 └── node-cnblogs-spider.test.js 开发步骤 注册 np…
Windows server 2012 添加中文语言包(英文转为中文)(离线) 相关资料: 公司环境:亚马孙aws虚拟机 英文版Windows2012 中文SQL Server2012安装包,需要安装操作系统的中文语言包 XenSource Windows guest agent EC2 ConfigService 参考资料 http://www.cnbeta.com/articles/226755.htmhttps://technet.microsoft.com/zh-cn/library/h…
运维相关:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#iis 先注册一个nuget账号https://www.nuget.org/ 下载并安装一下NuGetPackageExplorer:https://github.com/NuGetPackageExplorer/NuGetPackageExplorer 创建一个包(vs其实也是可以制作的,我这边说最简单的方法) 添加资源包并修改metadata 保存一下 先说第一种上传方法: 自带的上传:…
有时候想开发的时候想看APP发出的http请求和响应是什么,这就需要抓包了,这可以得到一些不为人知的api,比如还可以干些“坏事”... 需要工具: Fiddler2 抓包(点击下载) Android 手机一台 一.如何使用 Fiddler2 下载完成后安装,安装过程就不贴图了. 如下图设置Fiddler 代理: 点击OK,在这里代理就设置完成,一定要重启软件配置才生效,下面是手机端的设置. 二.手机端代理设置 以三星S4为例子, 1.如下图真机三星S4设置: 找到你的Wifi,必须电脑和手机处…
title: 带你实现开发者头条APP(四)---首页优化(加入design包) tags: design,Toolbar,TabLayout,RecyclerView grammar_cjkRuby: true --- 一 .前言 上次模仿开发者头条首页实现了一个版本,给345大神,我的产品经理一看,又被鄙视了一把,说还在用老的技术,于是乎这三天把整个design包研究了一遍,然后把首页的代码几乎重写了一遍....顺便用上了android studio,方便大家导入... 效果图如下: 从gi…
 一.安装本地开发环境 1.安装本项目 在需要保存到本地的项目的文件夹,进入到文件夹里点击右键,bash here,出现下图: 2.安装依赖项目  3.安装依赖包(进入到命令行) # 安装依赖包 $ npm install window+R,进入到命令行 ..... ..... 很多个安装的依赖包. .... 最后安装完之后的依赖包,如下图所示: 4.全局安装node-dev(进入到命令行) 5.启动服务(进入到命令行) # 启动服务 $ node-dev bin/www 出现如上图所示,红框的…
问题: 打开Visual Studio 的时候,总提示未能加载相应的Package包,有时候还无法打开项目,各种提示 解决方案: 进入用户目录 C:\Users\用户名\AppData\Local\Microsoft\VisualStudio\VS版本(12.0)\ComponentModelCache 该目录 删除 Microsoft.VisualStudio.Default.cache 该文件,即可解决VS 未能加载各种Package包的问题了…
Nuget官网下载Nuget项目包的命令地址:https://www.nuget.org/packages 今天就遇到一个比较奇葩的问题,折腾了很久终于搞定了: 问题是这样的:我的解决方案原本是好好的,但是其他朋友加个一个项目,我获取最新后,编译始终报错,说是这个项目缺少Nuget包引用,可是我在编译时明明已经还原了该项目引用的nuget包,同时也手动就行了nuget的包还原都不行,百思不得其解.报错如下: 报错信息说是:本计算机上面缺少此项目Seagull2.YuanXin.WebApi引用的…
起因: 吃饭的时间在想如果区域网内都是通过路由器上网,那如何实现拦截整个区域网的数据包,从而实现某种窥探欲. 思路:      正常是通过电脑网卡预先设置或分配的IP+网关对路由器进行通讯,比如访问百度:      A主机(指定网关) >> 路由器 >> DNS(域名转IP) >>  服务端(百度)      而我需要达到的目的是在, "A主机" 请求"路由器"的时间进行数据包的拦截,并转发至真正的路由器(转发目的是为了不断网,不…
最近有个需求,需要做两个功能相似的APP,大部分代码是一样的,只是界面不一样,以前要维护两套代码,比较麻烦,最近在网上找资料,发现可以用gradle使用同一套代码构建两个APP.下面介绍使用方法: 首先要构建两个APP需要有两个APP图标.APP名字和AndroidManifest.xml.AndroidManifest放置目录如下: gradle构建需要用的配置文件build.gradle. 要使用两个AndroidManifest需要在build.gradle文件中配置sourceSets…
rpm简介 rpm( Red Hat Package Manager )是一个开放的软件包管理系统.它工作于Red Hat Linux及其他Linux系统,成为Linux中公认的软件包管理标准. rpm将编译好的应用程序的各组成文件打包成一个或几个程序包文件,从而更方便地实现程序包的安装.升级.卸载和查询等管理操作 rpm维护一个所有已安装的软件包和文件的数据库,可以让用户进行功能强大的软件包查询和验证工作. rpm的功能 安装:-i, --install 卸载:-U, --update, -F…
笔记编者:小波/qq463431476博客首页:http://www.cnblogs.com/xiaobo-Linux/ 记下这篇mysql笔记,望日后有用! redhat6采用centos yum源,详解mysql的源码安装以及配置.这里继续上篇的博客php,Apache的配置,现在写MySQL的配置.lamp搭建到此成功! Apache源码安装的笔记:http://www.cnblogs.com/xiaobo-Linux/p/4637056.html php源码安装的笔记:http://ww…
Micrsoft Azure中国版的国际出口最近升级为电话线拨号模式,目测为10个用户共享一条56kb的电话线拨号链路.有图有真相: 中国的IT从业者,有三分之一的职业生涯时间是在跟网络斗智斗勇.这点小问题,难不住我们的! Linux Package安装: Azure上的确是保存了一些源的镜像,但是也缺少了很多.如果是CentOS或者RHEL系列的Linux,就用EPEL吧.EPEL默认包含了一些中国的镜像源(例如: mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn) sudo yum…
1.下载charles 可以去charles官网下载,下载地址:http://www.charlesproxy.com/download/    根据自己的操作系统下载对应的版本,然后进行安装,然后打开charles工具 2.设置代理(记住手机跟电脑要在同一个网络,用的同一个路由器) 1).查看默认端口    Proxy->Proxy Settings  在这个页面会看到HTTP Proxy的默认端口是8888   我们不需要修改,只需要知道有这个值就行 2).查看当前电脑的ip    例如我这…
2014.10.06 更新 编写了 IDA Pro 的插件,用来解包和打包 mkbundle程序,请参见 https://github.com/binsys/MKBundleManager 许久以后,这个续上这个系列的第三篇. 玩过mono的可能知道mono有一个工具mkbundle ,可以把mono的运行时与类库与你的程序的依赖程序集都打包成一个可执行文件,在win下为exe文件,例如mandroid.exe,mtouch.exe,在mac下的Mach-O文件,例如mtouch,mtouch-…
NuGet.exe 下载地址 本文翻译自: https://docs.nuget.org/Create/Creating-and-Publishing-a-Package https://docs.nuget.org/Create/Enforced-Package-Conventions 基本步骤 使用 nuget spec 命令生成 nuspec 文件 编辑 nuspec 文件,使用 nuget pack 命令打包 从程序集创建程序包 执行以下命令:生成  nuspec 文件: nuget s…
npm shrinkwrap 我们使用node开发时,经常需要依赖一些模块来完成功能需求,而我们所依赖的模块也必然会依赖其他模块,就这样一级一级的依赖,而且这些依赖模块并不为我们所控制.一个产品或项目的开发周期,少则几个周,多则几个月几年.开发人员往往在一开始时下载了依赖包发现能够正常工作后,便一直在依赖包的当前版本上工作,然而在线上服务器布属时往往是根据依赖配置文件,重新下载依赖包.可这个时候依赖链中的包的开发者很可能已经将某个模块升级了,而且并不能保证这些新的依赖包没有bug.一旦依赖链上的…
过去我们发布一个Java Web程序通常的做法就是把它打成一个war包,然后用SSH这样的工具把它上传到服务器,并放到相应的目录里,让Tomcat自动去解包,完成部署. 很显然,这样做不够方便,且我们在用SSH把文件拽上去的时候很可能会搞错.(当然了大厂就不会有这样的问题,因为人家有运维团队专门来干这个事情,哈哈) 现在我要的是:一行命令部署到本地服务器,在本地测试一番,没有问题的话就一行命令部署到正式服务器,另外正式服务器的密码只有我自己知道,只有我能执行这个部署(其它开发组员不知道正式服务器…
 除了spring.jar文件,Spring还包括有其它13个独立的jar包,各自包含着对应的Spring组件,用户可以根据自己的需要来选择组合自己的jar包,而不必引入整个spring.jar的所有类文件. (1) spring-core.jar 这个jar文件包含Spring框架基本的核心工具类,Spring其它组件要都要使用到这个包里的类,是其它组件的基本核心,当然你也可以在自己的应用系统中使用这些工具类. (2) spring-beans.jar 这个jar文件是所有应用都要用到的,它包…
此篇文章转载自:http://blog.csdn.net/roland_sun/article/details/30078353 工作中经常会需要对一些app进行抓包, 但是每次默认都是只抓http请求的包, 按照这篇文章设置之后就可以抓https的包了, 简单实用, 所以转载过来备用. 现在的Android应用程序几乎都会和网络打交道,所以在分析一个apk的时候,如果可以抓取出其发出的数据包,将对分析程序的流程和逻辑有极大的帮助. 对于HTTP包来说,已经有很多种分析的方法了,例如用tcpdu…
备注:本文为博主的同事总结的文章,未经博主允许不得转载. Fiddler下载和配置安装 从网上下载fiddler的安装包即可,直接默认,一直点击下一步,直至安装完成. 安装完成后直接打开Fiddler 在菜单栏Tools->Fiddler Options->Connections,勾选Allow remote computers to connect,默认的端口号为8888,这里不需要修改,在修改手机代理设置时注意与这里一致. 查看pc本机ip后,手机设置代理,填入pc本机的ip和端口号888…
mysql交互协议是开发mysql周边组件常用的协议,如JDBC,libmysql等等. 在此我们要认识到mysql交互协议其实是半双工的交互协议,至于为什么,这里就先挖个小坑,以后再填. 在探讨mysql交互协议的格式之前,我们要理清一个小问题,就是mysql交互协议会用到的基本数据类型. 1.整数类型 这里的整数类型可以用来表示mysql数据类型中的整数类型.日期时间类型.DOUBLE.FLOAT类型.比特类型以及枚举类型等等. 所有的mysql整数类型都是小端的,这是网络数据的惯例.即对于…
1.安装中文语言包 Eclipse所有的扩展功能都是以插件的形式添加上去的,安装插件时有多种形式,下面是比较常用的两种: 直接将插件中的文件复制到Eclipse对于的目录中.优点是安装时很方便,缺点是插件增多,卸载和更新的时候会比较麻烦. 一种使用使用Link的方式.优点是对插件的管理会比较方便,缺点是操作起来比第一种方式要麻烦. 1.1 将插件文件直接复制到对应Eclipse扩展目录 打开Eclipse程序目录,我们可以看到有两个文件夹:features和plugins.将中文语言包解压后,可…
通过Debian包安装Elasticsearch Elasticsearch的Debian包可以从downloaded from our website或APT repository 它可以用于在任何Debian-based的系统(如Debian和Ubuntu)上安装Elasticsearch. Elasticsearch的最新稳定版在Download Elasticsearch下载,其他的版本在Past Releases page下载. NOTE: Elasticsearch需要java8或者…