关于3D Slicer的下载.安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除 准备 此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块 使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网 在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image.atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的 下载下来之后把它们保存在无中文名…

1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘少受模糊.中值滤波可以过滤尖峰脉冲.目的在于我们对于滤波后的数据更感兴趣.滤波后的数据保留的原图像的变化趋势,同时去除了尖峰脉冲对分析造成的影响. 以一维信号的中值滤波举例.对灰度序列80.120.90.200.100.110.70,如果按大小顺序排列,其结果为70.80.90.1000.110.1…

3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是颅骨正常的颜色,需要设置颜色,设置步骤如下: (1)模块选择窗口——Segment Editor (2)点击图中1位置Logical Operators,点击2位置的颜色块 (3)得到下图所示窗口,选择Tissue(数字标签1)——Bone(数字标签2)——颜色设置位置(数字标签3)——确定即可 (…

一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软件包支持的;它被广泛用于快速成型,3D打印和计算机辅助制造.STL文件只描述三维物体的表面几何图形,没有任何颜色,纹理或其他常见CAD模型属性的表示. STL格式指定了ASCII和二进制表示.二进制文件更常见,因为它们更紧凑. STL文件使用三维笛卡尔坐标系统,通过三角形的单位法线和顶点(按右手规则…

1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator (2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置):Matlab script direc…

1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描绘感兴趣的结构.一些工具模仿像Photoshop或者gimp这样的绘画界面,但是可以在三维数组体素上而不是二维像素上工作.改进module_editor模块后的新模块.编辑器包含许多相同的功能和更多新功能,包括:交替细分,2D和3D视图中的显示,每段可视化选项,3D视图编辑,通过在几个切片上插值或外…

1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有其他(包括场景),您可以使用添加数据对话框. 有关支持的数据格式的列表,请参阅此列表. 请注意,仅部分支持列出的某些格式. ——对于一些更复杂的格式(特别是DWI),建议首先使用DICOM到nrrd转换器将DICOM数据转换为nrrd格式,然后将nrrd文件加载到Slicer中. 许多供应商正在使用…

3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具.在多种医疗应用中,包括孤独症,多发性硬化,系统性红斑狼疮,前列腺癌,精神分裂症,矫形生物力学,COPD,心血管疾病和神经外科应用. 3D Slicer作为1998年布里格姆妇女医院外科规划实验室和麻省理工学院人工智能实验室的硕士论文项目开始.3D Slicer版本2已经下载了几千次. 2007年,…

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系列属性了,比如隐藏方框和坐标轴标签等.这里我们通过使用系统函数getNode()来获得三维视图节点,需要注意的是,这里的视图结点的名字是vtkMRMLViewNode1,那么代码如下: viewNode = slicer.util.getNode('vtkMRMLViewNode1') viewNo…

在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑),图像可视化以及图像引导治疗:(2)是一个免费.开源软件,并适用于Linux.MacOSX和windows操作系统:(3)拥有强大的可扩展性,可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用.3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官:(2)兼容MRI.CT.US(超声).核医学以…

3D Slicer Reconstruct CT/MRI 1. Load DCM file of your CT/MRI 2. Go to Volume Rendering, click the eye button to show volume 3. Go to Editor -> Threshold Effect -> Change Threshold (only include the head) -> Apply 4. Go to Editor - > Make Model…

在3D Slicer中,当我们导入.mha/.mhd等格式的volume文件后,那么我们就可以在Axial, Sagittal, Coronal三个方向来观察我们的MRI或者CT的图像了.3D Slicer界面提供了很多交互的功能,比如正上方就有一个滑动条slider,可以用来滑动切片观察,如果我们不想手动来滑动slider,而是通过事件触发,或者其他功能来触发时,那么我们就是要通过代码来对切片进行交互.Slicer的用户界面是Qt写的,所有我们能通过用户交互触发的功能,都可以通过代码来触发.我…

在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改默认的鼠标响应事件的话,就需要先将原有的响应事件链接删除,然后建立自定义的响应事件链接,然后将自己要实现的功能写在响应事件函数中. 比如Slicer中默认的鼠标左键拖拽,是任意旋转视图中的Camera,默认中的滑轮操作是拉远和拉近视图摄像机,默认的鼠标右键操作也是拉远和拉近视图摄像机的操作.这样滑轮就和鼠标右键的功能重复了,我们可以让鼠标右键实现其他的功能.比如在模型的Pitch, Yaw, Roll三个旋转方向上(其实旋转的只是试图中的摄…

花了将近一周的时间的,终于在VS2010成功的编译了最新版的3D Slicer 4.7.0,感觉快要崩溃了.Slicer用了20多个外部的库,全都要一起编译,完整编译一次起码要七八个小时,光VS的Output输出窗口有十万多行,复制到txt中,文本内容居然有26MB之多,可怕!经过台式机和笔记本分别进行多次编译,出错,改错,再编译,再出错,再改错...总共编译了有二三十次,终于在台式机上成功了编译了Slicer,感觉眼泪都要掉下来了,下面整理下成功编译的心得,希望给他人开路,不要再像博主这样无数…

1.界面介绍 2.菜单及工具栏介绍 (1)菜单 File-文件菜单 文件菜单包含用于加载MRML场景的选项,用于从互联网下载样本数据集或各种类型的各个数据集.此处还提供了保存场景和数据的选项. Edit-编辑菜单 包含一个提升应用程序设置界面的选项.此界面允许用户自定义其Slicer的安装. “编辑 - >应用程序设置”可用于包含或禁止各种模块,自定义Python Interactor的外观,选择自定义字体,指定临时目录以及完成其他自定义.此外,还包含复制.粘贴,截切功能 View-查看菜单 此…

我之前有一篇博客Convert PLY to VTK Using PCL 1.6.0 or PCL 1.8.0 使用PCL库将PLY格式转为VTK格式展示了如何将PLY格式文件转化为VTK格式的文件,在文章的最后提到了VTK文件保存纹理的两种方式,第一种是需要有texture的图片,然后每个点存储上该点在图片中的x,y坐标,一般会normalize到[0,1]之间.第二种方法是直接存每个点的rgb值,上面的方法用的是第二种,因为导入的PLY格式就直接存储的texture的rgb值,并没有额外提供…

一.介绍 获取DRR图像是医疗图像配准里面的一个重要的前置步骤:它的主要目的是,通过CT三维图像,获取模拟X射线影像,这个过程也被称为数字影响重建. 在2D/3D的配准流程里面,需要首先通过CT三维图像,能够获取任意位置的DRR图像,然后去与已经获取的X光平面图像配准. 配准过程如下(下面的描述是不准确的,我只是描述了一种情况,即基于灰度的图像配准算法的过程,并且可能会有纰漏): 1- 定义一个评价函数:即相似性测度函数,通过这个函数评价当前是否已经达到了配准的要求. 2- 不断通过调整输入参数…

原文:去除WPF中3D图形的锯齿 理论上讲PC在计算3D图形的时候是无法避免不出现锯齿的,因为3D图形都是又若干个三角形组成,如果3D图形想平滑就必须建立多个三角形,你可以想象一下正5边形和正100边形哪个更接近圆形的道理一样,这样会大量消耗显卡的存储空间或是从内存共享的存储空间,导致程序的整体性能降低,但如果三角形很少,显卡的解析度毕竟有限,就会出现锯齿.最常见的处理方式在我们玩的3D游戏里都可以见到,就是所谓的反锯齿功能.反锯齿功能(反锯齿加速齿轮)的作用是为了让游戏画面中的棱角更平滑更圆润…

先说实在的:最终解决办法是实现IDocHostUIHandler接口,在GetHostInfo方法里解决,但“实现接口”意味着QueryInterface.AddRef.Release三个方法必须实现,所以相关代码是:class CMyWebBrowser : public IDocHostUIHandler{public:    CMyWebBrowser() { m_cRef = 0; }    virtual ~CMyWebBrowser() {} LONG                …

在 CSDN 上经常看到以下两个问题:1.在 MFC 应用程序中,如果创建了一个 WebBrowser 控件(包括 CHtmlView 在内),如何可以把该控件的三维边框禁止掉?2.在 MFC 应用程序中,如果创建了一个 WebBrowser 控件(包括 CHtmlView 在内),如何可以把该控件的滚动条禁止掉? 其实,这两个问题的解决办法是一样的.待老汉从头道来. 从 Internet Explorer 4.0 开始,WebBrowser 控件的容器可以通过 IDocHostUIHandle…

全文转载自 Scott Hanselman的博文. I bought a 3D printer on Friday, specifically a Printrbot Simple Metal from Amazon for US$599. I did a few days of research, looking at all the consumer models under $1000. Some were enclosed, others not. Some made of wood,…

关于本文 本文主要想介绍一下3D渲染的基本流程,及怎样把一个三角形(0,1,0),(1,0,1),(0,0,1)最终渲染到屏幕上来.文章的目的是对3D渲染流程做一个简单的介绍,其中不涉及任何语言的API 参考资料 <3D游戏编程大师技巧> PFD地址 http://download.csdn.net/detail/iamzealotwang/652886 (中文) 是我很早之前分享的一本书.非常不错,最早是在学校图书馆里面看到的,市面上一度绝版,后来找了一家淘宝店复印了一本才留了下来. 刚刚查…

[3D] 基本概念 环境光:对场景中所有的对象都提供了固定不变的照明.点光源:是从一个点发出的光.灯泡就可以理解为点光源.聚光源:正如它的的名字一样,是有方向和强弱的,电筒就是典型的聚光源. 方向光:常用于模拟太阳光和其它无穷远的光源.这种光源被看作来自无穷远,它的强度不随着接近对象而变化.在唯一的方向上,亮度是固定的. 3D坐标系统 3D图形的目标是用二维的图象来代表三维的场景.之所以图象是二维的因为观察场景的介质--平坦的计算机显示屏是二维的.所以,3D图形意味着同一场景的两种表现--一个是…

原文作者:Jake Simpson译者: 向海Email:GameWorldChina@myway.com ------------------------------------------------------------第1部分: 游戏引擎介绍, 渲染和构造3D世界 介绍 自Doom游戏时代以来我们已经走了很远. DOOM不只是一款伟大的游戏,它同时也开创了一种新的游戏编程模式: 游戏 "引擎". 这种模块化,可伸缩和扩展的设计观念可以让游戏玩家和程序设计者深入到游戏核心,用新…

三角网格(Triangle Mesh) 最简单的情形,多边形网格不过是一个多边形列表:三角网格就是全部由三角形组成的多边形网格.多边形和三角网格在图形学和建模中广泛使用,用来模拟复杂物体的表面,如建筑.车辆.人体,当然还有茶壶等.图14.1给出一些例子: 当然,任意多边形网格都能转换成三角网格,三角网格以其简单性而吸引人,相对于一般多边形网格,许多操作对三角网格更容易. 1 表示网格 三角网格为一个三角形列表,所以最直接的表示方法是用三角形数组: Listing 14.1: A trivial…

ios系统中元素被触摸时产生的半透明灰色遮罩怎么去掉 iOS用户点击一个链接,会出现一个半透明灰色遮罩, 如果想要禁用,可设置-webkit-tap-highlight-color的alpha值为0,也就是属性值的最后一位设置为0就可以去除半透明灰色遮罩 a,button,input,textarea{-webkit-tap-highlight-color: rgba(0,0,0,0;)} 部分android系统中元素被点击时产生的边框怎么去掉 Android用户点击一个链接,会出现一个边框或者…

上次,我们一起研究了css3的2d模块,这次我们一起来看一下css3的3d模块. 首先,我们来了解一下3d的坐标系,x轴在屏幕上为水平方向,y轴为垂直方向,而z轴为垂直于屏幕的方向. 不理解的话可以参考定位属性的z-index属性,那个在某种意义上就是让元素在z轴的移动. 在2d转换模块中我们研究了rotateX()和rotateY()方法,就是绕x轴和y轴旋转,这其实就是3d模块的一种表现,当然要看到近大远小的3d效果,还需要在父元素上添加透视属性:transform:perspective(…

有关3D相册的制作主要包括以下几个知识点: 1.有关图片的位置摆放,也就是一个相对定位绝对定位的使用: 2.有关CSS3中transform属性的使用(transform-style: preserve-3d): 3.jquery.js中对鼠标事件的一些处理和鼠标位置的获取. 下面详细介绍有关3D相册的一个简易实现过程: 一.首先我们定义好一个盒子div,在这个里面用来存放我们图材,一开始是处于重合状态如下: 后面将相应的照片进行一个位置的摆放,也就是说转换成3d的状态给人空间的感觉,这里主要是…

这个3D轮播切换特效是我2017年2月份写的 当初我 刚接触HTML不久,现在把源码分享给大家 源码的注释超级清楚 . <!-- 声明文档类型:html 作用:符合w3c统一标准规范 每个浏览器对html css js都有自己的编码模式(兼容模式)--> 无序列表标签  盒子模型标签  img图片标签四要素 <!-- 声明文档类型:html 作用:符合w3c统一标准规范 每个浏览器对html css js都有自己的编码模式(兼容模式) --> <!doctype html&g…

1.AppDelete中applicationDidFinishLaunching代码示范 2.当电话来了时,停止恢复游戏声音的代码(在AppDelegate中加入下面代码) boolAppDelegate::applicationDidFinishLaunching() { // initialize director autodirector =Director::getInstance(); autoglview =director->getOpenGLView(); //glview…