生物信息NGS相关软件众多. 常用的比对软件:bwa,bowtie: 去pcr重复的软件\:samtools,picard: calling variant:samtools/bcftools,gatk,varscan2,multc. 注释软件:annovar,snpneff 如何评价一个pipeline的好坏,个人愚见,应该拿一些已知突变点的标准品数据来评价,比如NIST的数据. 然后来判断假阴性率,和假阳性率. 假阴性率,就是标准品本身有的突变点,但是设计的pipeline没有检测到. 假阳…

有了一个语言模型,就要判断这个模型的好坏. 现在假设: 我们有一些测试数据,test data.测试数据中有m个句子;s1,s2,s3-,sm 我们可以查看在某个模型下面的概率: 我们也知道,如果计算相乘是非常麻烦的,可以在此基础上,以另一种形式来计算模型的好坏程度. 在相乘的基础上,运用Log,来把乘法转换成加法来计算.   补充一下,在这里的p(Si)其实就等于我们前面所介绍的q(the|*,*)*q(dog|*,the)*q(-)- 有了上面的式子,评价一个模型是否好坏的原理在于: a g…

一.开发与评价一个异常检测系统 异常检测算法是一个非监督学习算法,意味着我们无法根据结果变量…

如何评价一个VR系统的体验是好是坏?或者说,哪些因素会破坏一个VR的体验? Kruij和Riecke教授在IEEE VR会议上提到了四个角度:Congnition,Game User Experience,Presence和Vection1. Congnition即是认知角度.评价这个VR系统会不会带来用户认知上的困难或者问题. Game User Experience如其名所说,即是游戏用户体验,从通用的游戏体验角度来评价一个VR系统.常用的有:1) 游戏体验问卷Game Experience…

pipeline { agent any options { timestamps() } parameters { string(name: 'GIT_BRANCH', defaultValue: 'master', description: 'default build branch') booleanParam(name: 'RUN_SONAR_SCANNER', defaultValue: true, description: 'run the sonar scanner check.'…

协议:数据传输的格式,通信双方的契约.   传输:使用何种传输通道传输数据.   线程:接收到数据,如何分发数据进行处理.…

对于C#,coder中可以分为2类:一类是C#死忠,对它赞赏到极点:另一类刚好相反,对它极度排斥. 本文将以全面.客观的方式评价这门语言,特别是语法方面. 其实很多人评价一门语言是带着一种感情色彩的.有些人支持C#是因为他只会C#,或者因为他是微软的老用户.但更多的人支持C#,是因为他通过比较发现C#确实比其它语言做的好的多.如果将C#和C++,java比较.多个事实证明,在语法上C#确实比C++和Java做的好.下文将会详细分析好在哪.如果将C#和python, js之类的语言做比较,则会发现…

前言 原来一直使用他人的开源项目框架,异常的定位会很麻烦,甚至不知道这个异常来自我的代码还是这个框架本身.他人的框架有一定的制约性,也有可能是我对那些框架并没深入了解,因为这些开源框架在网上也很难找到高效并且规范的文档.比如别人的框架可能调用了Enterprise Library来实现权限的验证,但在我的项目中,权限验证有可以复用的模块,所以在整合时会非常不灵活.... 参考了很多网上的优秀框架,看了几本书后,突然意识到易用才是开发和使用框架的出发点与立足点,框架并不是越复杂越好,评价一个框架的…

原文 https://www.ibm.com/developerworks/cn/java/j-lo-JVMGarbageCollection/ 再插一个关于线程和进程上下文,待判断 http://blog.sina.com.cn/s/blog_75e9551f01016cm3.html 垃圾收集基础 Java 语言的一大特点就是可以进行自动垃圾回收处理,而无需开发人员过于关注系统资源,例如内存资源的释放情况.自动垃圾收集虽然大大减轻了开发人员的工作量,但是也增加了软件系统的负担. 拥有垃圾收集…

本文首先从整体上介绍ROC曲线.AUC.Precision.Recall以及F-measure,然后介绍上述这些评价指标的有趣特性,最后给出ROC曲线的一个Python实现示例. 一.ROC曲线.AUC.Precision.Recall以及F-measure 二分类问题的预测结果可能正确,也可能不正确.结果正确存在两种可能:原本对的预测为对,原本错的预测为错:结果错误也存在两种可能:原本对的预测为错,原本错的预测为对,如Fig 1左侧所示.其中Positives代表预测是对的,Negatives…