I.11 Estimating Gene Frequencies 在小样本上计算基因A的概率PA,举例如下: 通过加大样本会将通过观察值得到的数趋近于真实数据,所以该问题转化为了统计学上利用大量观察值求真实值的问题,因此通过最大似然估计得到真实值. 为了理解多项式分布可以先以二项分布为例: 该二项分布来自: 其实它的完整形式是: 因为二项分布是当多项式分布的项数为2时的分布: 所以当有三项(AA,Aa,aa)的时候我们采用多项式分布:于是就有 其中,p就是PA,就是我们估计的参数,nAA,nAa…

1.What is Maximum Likelihood? 极大似然是一种找到最可能解释一组观测数据的函数的方法. Maximum Likelihood is a way to find the most likely function to explain a set of observed data. 在基本统计学中,通常给你一个模型来计算概率.例如,你可能被要求找出X大于2的概率,给定如下泊松分布:X ~ Poisson (2.4).在这个例子中,已经给定了你泊松分布的参数 λ(2.4),…

最大似然法,英文名称是Maximum Likelihood Method,在统计中应用很广.这个方法的思想最早由高斯提出来,后来由菲舍加以推广并命名. 最大似然法是要解决这样一个问题:给定一组数据和一个参数待定的模型,如何确定模型的参数,使得这个确定参数后的模型在所有模型中产生已知数据的概率最 大.通俗一点讲,就是在什么情况下最有可能发生已知的事件.举个例子,假如有一个罐子,里面有黑白两种颜色的球,数目多少不知,两种颜色的比例也不知.我 们想知道罐中白球和黑球的比例,但我们不能把罐中的球全部拿出…

参考:Fitting a Model by Maximum Likelihood 最大似然估计是用于估计模型参数的,首先我们必须选定一个模型,然后比对有给定的数据集,然后构建一个联合概率函数,因为给定了数据集,所以该函数就是以模型参数为自变量的函数,通过求导我们就能得到使得该函数值(似然值)最大的模型参数了. Maximum-Likelihood Estimation (MLE) is a statistical technique for estimating model parameters…

Reference:MLE vs MAP. Maximum Likelihood Estimation (MLE) and Maximum A Posteriori (MAP), are both a method for estimating some variable in the setting of probability distributions or graphical models. They are similar, as they compute a single estim…

Imagination is an outcome of what you learned. If you can imagine the world, that means you have learned what the world is about. Actually we don't know how we see, at lease it's really hard to know, so we can't program to tell a machine to see. One…

学贝叶斯方法时绕不过去的一个问题,现在系统地总结一下. 之前过于纠结字眼,似然和概率到底有什么区别?以及这一个奇妙的对等关系(其实连续才是f,离散就是p). 似然函数 | 似然值 wiki:在数理统计学中,似然函数是一种关于统计模型中的参数的函数,表示模型参数中的似然性. 这里我们讨论的范围已经界定了,那就是在指定模型下(比如二项分布),我们观测数据和可能的模型参数之间的关系. (传统的贝叶斯定理的适用范围很广,是高度的总结推广,在似然函数里就不要过于推广了) 似然函数在直觉上就很好理解了,L(…

先不要想其他的,首先要在大脑里形成概念! 最大似然估计是什么意思?呵呵,完全不懂字面意思,似然是个啥啊?其实似然是likelihood的文言翻译,就是可能性的意思,所以Maximum Likelihood可以直接叫做最大可能性估计,这就好理解了,就是要求出最大的可能性(下的那个参数). 一些最基本的概念:总体X,样本x,分布P(x:θ),随机变量(连续.离散),模型参数,联合分布,条件分布 而似然函数在形式上,其实就是样本的联合密度:L(θ)= L(x1,x2,-,xn:θ)= ΠP(xi:θ)…

Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm (1977)  …

Naïve Bayes Classifier. We will use, specifically, the Bernoulli-Dirichlet model for text classification, We will train the model using both the Maximum Likelihood estimates and Bayesian updating, and compare these in terms of predictive success, and…

Maximum Likelihood 最大似然估计 这个算法解决的问题是,当我们知道一组变量的密度分布函数与从总体采样的个体的时候,需要估计函数中的某些变量. 假设概率密度函数如下: 一般来说,为了计算的方便性,我们会采取对数的方式 现在的目标是要使得上面函数取最大值,自变量为Θ,并且可以是一个向量. 求上面函数最大值,需要用到函数的一阶导数,求极值点,最终判断所要求的点. Reference: http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood…

I.7 Different Gene Frequencies in the Two Sexes 假设存在一种基因仅在第一代亲代的不同性别之间的概率有区别,比如,A 在male中频率是Pm,a是(1-Pm):A 在female中频率是Pf,a是(1-Pf) (第一代亲代,配子,第一代子代)情况如下: 因为从第二代开始,该基因不会在两性中有所区别,所以满足哈代公式,所以第一代中基因m的频率和基因f的频率一致(为什么会一样?其实Pf即代表来自母亲的基因,而Pm代表来自父亲的基因,由于二倍体配子结合时是…

maximum estimator method more known as MLE of a uniform distribution [0,θ] 区间上的均匀分布为例,独立同分布地采样样本 x1,x2,-,xn,我们知均匀分布的期望为:θ2. 首先我们来看,如何通过最大似然估计的形式估计均匀分布的期望.均匀分布的概率密度函数为:f(x|θ)=1θ,0≤x≤θ.不失一般性地,将 x1,x2,-,xn 排序为顺序统计量:x(1)≤x(2)≤⋯≤x(n).则根据似然函数定义,在此样本集合上的似然函…

最近在看深度学习的"花书" (也就是Ian Goodfellow那本了),第五章机器学习基础部分的解释很精华,对比PRML少了很多复杂的推理,比较适合闲暇的时候翻开看看.今天准备写一写很多童鞋们w未必完全理解的最大似然估计的部分. 单纯从原理上来说,最大似然估计并不是一个非常难以理解的东西.最大似然估计不过就是评估模型好坏的方式,它是很多种不同评估方式中的一种.未来准备写一写最大似然估计与它的好朋友们,比如说贝叶斯估计 (Beyasian Estimation), 最大后验估计(Max…

似然与概率 https://blog.csdn.net/u014182497/article/details/82252456 在统计学中,似然函数(likelihood function,通常简写为likelihood,似然)是一个非常重要的内容,在非正式场合似然和概率(Probability)几乎是一对同义词,但是在统计学中似然和概率却是两个不同的概念.概率是在特定环境下某件事情发生的可能性,也就是结果没有产生之前依据环境所对应的参数来预测某件事情发生的可能性,比如抛硬币,抛之前我们不知道最…

https://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood_estimation http://mathworld.wolfram.com/MaximumLikelihood.html…

一.定义     最大似然预计是一种依据样本来预计模型參数的方法.其思想是,对于已知的样本,如果它服从某种模型,预计模型中未知的參数,使该模型出现这些样本的概率最大.这样就得到了未知參数的预计值. 二.过程     举例而言,我们要统计全国人口的体重,首先如果全国人口的体重服从正态分布,但均值和方差未知.因为我们没有那么多的人力和物力来统计,因此我们能够採样,通过最大似然预计的方法来评估这个正态分布的均值和方差. 1. 列出似然函数     如果样本是独立同分布,正态分布的概率密度函数用表示,未…

模型已定,参数未知 已知某个随机样本满足某种概率分布,但是其中具体的参数不清楚,参数估计就是通过若干次试验,观察其结果,利用结果推出参数的大概值.最大似然估计是建立在这样的思想上:已知某个参数能使这个样本出现的概率最大,我们当然不会再去选择其他小概率的样本,所以干脆就把这个参数作为估计的真实值. 假设模型满足某种总体分布,但是不知道模型的参数,通过样本去估计参数. 最大似然估计提供了一种给定观察数据来评估模型参数的方法,假设我们要统计全国人口的身高,首先假设这个身高服从服从正态分布,但是该分布的…

最大似然估计提供了一种给定观察数据来评估模型参数的方法,即:"模型已定,参数未知".简单而言,假设我们要统计全国人口的身高,首先假设这个身高服从服从正态分布,但是该分布的均值与方差未知.我们没有人力与物力去统计全国每个人的身高,但是可以通过采样,获取部分人的身高,然后通过最大似然估计来获取上述假设中的正态分布的均值与方差. 最大似然估计中采样需满足一个很重要的假设,就是所有的采样都是独立同分布的.下面我们具体描述一下最大似然估计: 首先,假设为独立同分布的采样,θ为模型参数,f为我们所…

https://en.wikipedia.org/wiki/Least_squares 動差估計法( MM, The Method of Moment ) 最小平方法( LSQ, The Method of Least Square ) 最大概似估計法( ML, The Method of Maximum Likelihood ) https://zh.wikipedia.org/wiki/最小二乘法 https://en.wikipedia.org/wiki/Least_squares…

网易公开课,第15课 notes,11 参考, PCA本质是旋转找到新的基(basis),即坐标轴,并且新的基的维数大大降低 ICA也是找到新的基,但是目的是完全不一样的,而且ICA是不会降维的 对于ICA,最经典的问题,"鸡尾酒会"问题 在鸡尾酒会,上很多人同时在说话,还有背景音乐,如果我们放若干个话筒进行声音采集 是否可以从采集到的数据中,分离出每个人独立的声音 假设有n个不同的人,m个时间采集点,一般会用和人数一样多的话筒,也是n个 is an n-dimensional vec…

目录:Matrix Differential Calculus with Applications in Statistics and Econometrics,3rd_[Magnus2019] Title -16 Contents -14 Preface -6 Part One - Matrices 1 1 Basic properties of vectors and matrices 3 1.1 Introduction 3 1.2 Sets 3 1.3 Matrices: additio…

Abstract Bayesian networks are a powerful probabilistic representation, and their use for classification has received considerable attention. However, they tend to perform poorly when learned in the standard way. This is attributable to a mismatch be…

摘要:Wright’s F‑statistics, and especially FST, provide important insights into the evolutionary processes that influence the structure of genetic variation within and among populations, and they are among the most widely used descriptive statistics in…

In computer science, the maximum subarray problem is the task of finding the contiguous subarray within a one-dimensional array of numbers which has the largest sum. For example, for the sequence of values −2, 1, −3, 4, −1, 2, 1, −5, 4; the contiguou…

Projects typically involve many dynamic aspects, yet they're often constrained by finite conditions. These contradictory forces make it very difficult to determine with pinpoint accuracy the time and effort required. By using a set of proactive estim…

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

当提到 Linear Regression 或是 Logistic regression 等关键词时,都会涉及一个概念,叫做 Likelihood Function 以及 Maximum Likelihood Estimation 等等.中文的翻译叫做『似然估计』,按照我自己的理解,认为这个翻译并不是那么的贴切,就如同『鲁棒性』一样. 以下是我对这个概念的理解和解读,如果能促进你的理解,是我的荣幸,如果有错误,还请及时支出: 义务教育阶段的数学,卷子上面的题目,都是直接把条件给你了,例如让你解一…

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

Problems[show] Classification Clustering Regression Anomaly detection Association rules Reinforcement learning Structured prediction Feature engineering Feature learning Online learning Semi-supervised learning Unsupervised learning Learning to rank…