常用生物信息 ID 及转换方法

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常用生物信息 ID 及转换方法

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accessio…

常用数据库ID格式

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG…

常用Gene ID转换工具--转载

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI…

字符串和id的转换方法

在项目中经常会遇到一个需求就是字符串和id的转换,比如标签和标签id.因为在存储系统里面存储字符串会比较浪费内存,而存储id会节省内存和提高效率. 问题分解通过字符串获得id 通过id获得字符串实现思路通过字符串获得id 可以通过MD5等方法,获得一个整数值,然后到系统中去查,如果存在这个id就增加一个质数,再次查找,直到找到一个没有映射的id 通过id获得字符串简单的将id和字符串存成hash,就可以很方便的查找了这种实现思路的优点只需要存储一份id到字符串的映射就可以了方便扩容…

常用的JS数据类型转换方法

JS 数据类型转换的方法有以下3种:1)使用转换函数2)强制类型转换3)利用js变量弱类型特性进行转换 1:js提供了parseInt()和parseFloat()这两个转换函数. 这里输入内容parseInt() 将字符串转换为int型.parseFloat() 则是转换为float型.parseInt() 在转换过程中,会从字符串位置0开始判断该字符是否为有效数字,如果不是返回 NaN(Not a Number)如果是,则继续判断位置1,以此类推.例:parseInt("256blue…

NuGet控制台有几个常用命令

NuGet控制台有几个常用命令 Get-Package 获取当前项目已经安装的类库 Install-Package 安装指定类库,命令格式如下:Install-Package 类库ID,如Install-Package Newtonsoft.Json 这里需要注意的是类库的ID是唯一的,指向命令后会自动搜索指定类库源里指定ID类库,若找到则自动下载并添加引用,找不到则会出现找不到类库的提示 Uninstall-Package 卸载指定类库,命令格式如下:Uninstall-Package 类库I…