SUPPA 可变剪切分析

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SUPPA 可变剪切分析

SUPPA是一款通过转录本定量来获取可变剪切定量结果的软件.转录本的定量方式有很多,例如count,FPKM, TPM等,作者建议使用TPM,因为先均一化了基因的长度,然后均一化了测序的深度.同时建议使用salmon软件进行定量软件的下载与安装首先下载salmon二进制版本 wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.14.0/salmon-0.14.0_linux_x86_64.tar.gz tar z…

Deep-learning augmented RNA-seq analysis of transcript splicing | 用深度学习预测可变剪切

可变剪切的预测已经很流行了,目前主要有两个流派: 用DNA序列以及variant来预测可变剪切:GeneSplicer.MaxEntScan.dbscSNV.S-CAP.MMSplice.clinVar.spliceAI 用RNA来预测可变剪切:MISO.rMATS.DARTS 前言废话科研圈的热点扎堆现象是永远存在的,且一波接一波,大部分不屑于追热点且不出成果也基本都被圈子给淘汰了. 做纯方法开发的其实是很心累的,费时费力费脑,特别是自己的研究领域已经过时的时候,另外还得承受外行的歧视:“你…

利用circpedia 数据库探究circRNA的可变剪切

circpedia 中收录了利用circexplorer 软件识别到的circRNA, 覆盖了人,小鼠,鸟类,昆虫多个物种的多种细胞系的数据官网链接如下: http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/about 对于circRNA的来源基因(通常又叫做parent 基因) 来说,其可能产生的circRNA的类型是很多的,来源于同一个parent 基因的circRNA 叫做可变剪切的isoforms 利用数据库的搜索功能,查找在染色体的某一段上存在的circR…

转录组分析综述A survey of best practices for RNA-seq data analysis

转录组分析综述转录组文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-…

【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所一. 研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng…