Near-optimal RNA-Seq quantification https://pachterlab.github.io/kallisto 文章标题:   Pseudoalignment for metagenomic read assignment   文章摘要:   We explore connections between metagenomic read assignment and the quantification of transcripts from RNA-Seq…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

[题目描述] 给定一个序列,下标从0开始,分别为a0,a1,a2...an−1,有m个询问,每次给出l和r,求满足ai=aj且l<=i<=j<=r时j−i的最大值 本题强制在线,l和r均进行了加密,解密过程为 l′=min((l+ans)modn,(r+ans)modn) r′=max((l+ans)modn,(r+ans)modn) 其中ans为上次答案 [输入格式] 第一行,两个正整数n,m 第二行,n个非负整数a0,a1,a2...an−1 以下m行,每行两个数l,r,表示询问 […

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

张宁 Optimal Trajectory Generation for Quadrotor Teach-And-Repeat链接:https://pan.baidu.com/s/1x0CmuOXiLu_BHQFfhnrwSA 提取码:9npg Optimal Trajectory Generation for Quadrotor Teach-and-Repeat 四旋翼重复示教的最优轨迹生成 Fei Gao, Luqi Wang, Kaixuan Wang, William Wu, Boyu…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组…

函数式编程其实就是按照数学上的函数运算思想来实现计算机上的运算.虽然我们不需要深入了解数学函数的知识,但应该清楚函数式编程的基础是来自于数学. 例如数学函数\(f(x) = x^2+x\),并没有指定返回值的类型,在数学函数中并不需要关心数值类型和返回值.F#代码为let f x = x ** 2.0 + x,F#代码和数学函数非常类似,其实这就是函数式编程的思想:只考虑用什么进行计算以及计算的结果(或者叫"输入和输出"),并不考虑怎样计算. 其实,你可以把任何程序看成是一系列函数,输…